自然療法在治療疾病時，有其特異的方法。它在“不吃藥、不打針、不開刀”的原則下，運用西醫學的理論原理與中醫學的方法手段，並回歸於自然仿真治療方法，進行自然治療。人們通過飲食調節，健身運動，穴位按摩，精神調劑，心理平衡，使人體疾病獲得生理、病理、心理的調整，從而促進人體內髒與肢體的舒適，血液循環的暢順，而達到正常的軀體功能，及至恢複健康。自然療法簡單、方便、經濟、實用，用途廣，療效高。而且對某些藥物效力不高或藥物無能為力的疾病，有其顯著的效果。對某些需動手術的疾病，可以免除手術之痛苦而獲得預期的療效。
運用自然療法治療疾病時，可以消除藥物治療中的不良反應。誰都知道，藥物可以治病救人，促進病人的生理、生化功能的恢複。但也可引起病人生理、生化功能的紊亂或結構的變化等。主要包括藥物的不良反應、毒性作用或成癮性，以及致癌作用。
對藥品不良反應問題應該特別引起重視。一些疾病如果采用自然療法，即可避免一些藥物的負效應。因此，從人們的健康安全和經濟效益考慮，采用自然療法，即非藥物療法治療疾病，有其重要的戰略意義。
此外，亞健康狀態，即人的機體雖無明確疾病，卻呈現出活力降低，適應能力呈不同程度減退的狀態。這種介於健康與疾病之間的生理功能低下的狀態（國外稱“機體第三狀態”或“灰色狀態”），卻時時在侵擾著人們，使人們煩惱、困惑。為此，國際上已提出“未病醫學”的概念。其實，我國早在2000年前就提出了“不治已病治未病”的觀點，與此吻合。采用非藥物的方法來防或治“未病”，亦是行之有效的方法。
自然療法或非藥物療法有：飲食療法、飲水療法、運動療法、生物全息療法、按摩療法、刺激療法、沐浴療法、練功療法、外敷療法、精神療法、心理療法，以及其他的非藥物療法。不同疾病采用不同療法，或采用數種方法進行綜合治療，對某些疾病完全可以取得理想的效果。特別是對那些運用藥物治療效果不佳，或藥物已無能為力，或藥物對人體不良反應過大的疾病，有時卻可以取得意想不到的效果。