於是這就成為佛教的一把鋒利無比的寶劍，它是摧邪顯正的利器，也就是因明學。科學雖然也用邏輯，但因為科學處處根據事實，不像哲學家的高談玄理，所以實際上也並不靠它過日子，隻是偶作參數罷了。數學實在是實用的邏輯，所有自然科學有關數量的部分，都拿數學來推測，來表達，不怕發生錯誤。但如有論到有關心的部分，那就不是數量的邏輯所能濟事，非用因明不可了。
物理學曾有兩條顛撲不破的定律：一是“物質不滅定律”一是“能量不滅定律”以前的物理學家認為物質與能量是互不相關，不能相互轉換，且兩者都是“不滅”的。
物質在佛經中稱為“色”而佛教認為“色”即是“空”，這就跟科學衝突了。而且依照佛法的解釋，宇宙一切事物都是無常的。本體是空的，沒有一樣是“不滅”的，這也跟科學不合。
自從愛因斯坦發現了“能質交變的等量公式”說明每一磅物質毀滅的時候，可以變成驚人的大量能量（E=mO2)，再等到原子彈的試爆成功，才證明物質可以變為能量，那麼物質（色）的本體豈不是“空”了嗎？於是陳舊的物理學定律被否定了，佛學再一次從科學的千錘百煉中屹立不移。
色即是空，物質（色）是由原子所組成，而原子中有原子核和電子、原子核中又有質子和中子、質子和中子又可以打破而變成能量（空）。以前的物理學家認為原子不可再分的觀點顯然是錯誤的。
空即是色，能量（空）可以變成物質（色）亦已經得到科學界一致的承認。
再舉愛因斯坦“相對論”中的一個例子：時間是隨著速度而改變的，人要是坐上一架速度等於光速的火箭到某一星球去，早餐在地球吃，中飯在那個星球上吃，晚飯他準備回地球上來吃。可是等他回來以後，地球已經過了數百年了，他的親友全死光了。
科學家們現在沒有人敢否定這個例子的可能性，但佛教“妙法蓮華經”上記載，佛對著聽他講經說法的人說你們在這幾聽我講經說法，覺得時間並不長，但外在的世界卻已經過了幾千億年了。愛因斯坦“時間相對”的理論佛在三千年前就說過了。因此，孫中山先生才會說：“研究佛學可補科學之偏”。