第二次誤會，是楊杏佛被暗殺後，林語堂沒有出席其入殮儀式。
1932年底，蔡元培、宋慶齡等社會名流成立了中國民權保障同盟，魯迅、林語堂皆是骨幹。翌年楊杏佛被國民黨特務暗殺，許多人冒著危險前去吊唁。林語堂正被嚴密監控，故而沒去，魯迅在靈堂上沒見到林語堂，非常生氣，撰文道：“這種時候就看出人來了，林語堂就沒有去，其實，他去送殮又有什麼危險！”事實上，林語堂參加了後幾天的下葬儀式，魯迅則沒去。1934年，林語堂因與股東不合，離開《論語》，辦起了《人間世》，一如既往提倡“幽默”，魯迅則認為“在血與火的鬥爭中，是沒有幽默可言的”，“隻要我活著，就要拿起筆，去回敬他們的手槍”。此後，左翼聯盟不斷攻擊林語堂文學上的趣味主義和自由主義，魯迅和林語堂徹底分道揚鑣。
或是念及舊誼，魯迅曾寫信勸告林語堂別再故作幽默了，不如多翻譯點英文名著。林語堂回信“等老了再說”，魯迅以為對方在諷刺他，很鬱悶。他給曹聚仁的信中還提到了此事說：“這時我才悟到我的意見，在語堂看來是暮氣。”林語堂聞之無奈地解釋道：“我的原意是說，我的翻譯工作要在老年才做。因為我中年時有意把中文作品譯成英文……我說四十譯中文，五十譯英文，是工作時期的安排，哪有什麼你老了，隻能翻譯的嘲笑意思呢？”
兩年之後，林語堂遠赴美國，終此一生，兩人再沒有相見。坊間還有傳言，說魯迅與林語堂的絕交源於一床蚊帳。
魯迅與林語堂曾同住在上海北四川路橫濱橋附近。一次魯迅不小心把煙頭扔在了林語堂的帳門下，把林語堂的蚊帳燒掉了一角，林語堂心裏十分不悅，責怪魯迅。魯迅覺得林語堂小題大做，因為一床蚊帳這麼大火氣，未免太傷人了，便回敬說一床蚊帳不過五塊錢，燒了又怎麼樣，兩人就這樣爭吵了起來。
文學上的分歧加上誤會的積累，魯迅和林語堂最終由朋友而成陌路。魯迅去世後，林語堂寫下了這樣的文字：“魯迅與我相得者二次，疏離者二次，其即其離，皆出自然，非吾與魯迅有輊軒於其間也。吾始終敬魯迅；魯迅顧我，我喜其相知，魯迅棄我，我亦無悔。大凡以所見相左相同，而為離合之跡，絕無私人意氣存焉。”
橫跨中西
林語堂實在是一位天性純厚的真正英美式的紳士，他決不疑心人有意說出的不關緊要的謊言。
——鬱達夫
林先生隻有三十上下。經常穿長袍黑馬褂，梳得亮亮的頭發，俊秀英慧之態，不但光彩照人，而且慧氣逼人。
——馬星野回憶在廈大任教時期的林語堂
林博士以淵博的西方知識，導引他的國家和人民舊有觀念現代化。
——美國《紐約時報》
林語堂作品所反映中國文化的觀點，至今仍在影響美國政府。
——美國總統老布什於1989年在美國國會上說
林先生對於讓外國人了解中國以及中國文化所做的貢獻，超越十名大使的價值。
——日本《每日新聞》
林氏可能是近百年來受西方文化熏染極深而對國際宣揚中國傳統文化貢獻最大的一位作家與學人。其《吾國與吾民》及《生活的藝術》以各種文字的版本風行於世。若幹淺識的西方人知有林語堂而後知有中國，知有中國而後知有中國的燦爛文化。尤可貴者，其一生沉潛於英語英文，而絕不成為“西化”的俘虜，其重返中國文化的知識勇氣，及其接物處世的雍容謙和皆不失為一典型的中國學者。