東林書院既講學又議政，吸引著許多有誌之士，包括一些因批評朝政而被貶斥的官吏。他們不顧路途遙遠，紛來遝至，人數之多，竟使東林書院的學舍都容不下。一部分在朝任職的正直官員，也同東林講學者遙相應合。東林書院實際上成了一個輿論中心，這裏的人們逐漸由一個學術團體形成為一個政治派別，從而被他們的反對者稱為“東林黨”。
風聲、雨聲、讀書聲，聲聲入耳；
家事、國事、天下事、事事關心。
這是東林黨首領顧憲成撰寫的一副對聯，鐫刻在東林書院的大門口。
天啟年間，東林黨議的性質發生了變化，由士大夫們政見不同的論爭，轉而為與閹黨（大致是魏忠賢一派勢力）的血腥鬥爭，東林黨人表現出了“一堂師友，冷風熱血，洗滌乾坤”的大無畏的犧牲精神。
記得之前天啟落水，李澤熙刺殺天啟是在天啟七年，而早在天啟五年，東林黨中的楊漣、左光鬥、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章等六人殉難，時稱“六君子”。
六君子被捕入獄時，朝中大權盡掌在閹黨手中。東閣大學士顧秉謙、魏廣微均因投靠魏忠賢而居於顯職。這兩個人，一個庸劣無恥，一個陰險狡詐，天啟四年以後，魏忠賢殘害的許多忠直賢臣，都是這兩人借內閣旨意羅織陷害的。並且還有崔呈秀為兵部尚書，倪文煥為太常寺卿。以及田爾耕、許顯純、孫雲鶴、楊寰、崔應元都是武官，都在錦衣衛鎮撫司或東廠任職。其中田爾耕曆官至少師兼太子太師，許顯純是錦衣衛都指揮僉事，兼掌北鎮撫司詔獄，崔應元為錦衣衛指揮，孫雲鶴為東廠理刑官，楊寰為錦衣衛東司理刑。這些人把持了錦衣衛和東廠，在魏忠賢的授意下，瘋狂地向東林黨人及朝中的正直之士進行殘害，成為直接殺害六君子的元凶和劊子手。
楊漣等六君子被殘害身死後，魏忠賢仍不肯罷休，命令打手們用利刀將他們的喉骨剔削出來，各自密封在一個小盒內，直接送給魏忠賢親驗示信。……他竟然把楊漣等人的喉骨燒化成灰，與太監們一齊爭吞下酒。流氓嘴臉，小人心態，由此可見一斑。
“東林六君子”楊漣，忠心報國，力戰“閹逆”，“為人磊落負奇節”。他在獄中寫下了著名的《獄中絕命辭》。然而，就是這樣一位“大笑大笑還大笑”的英雄人物，他的死狀卻是無比淒慘的：“土囊壓身，鐵釘貫耳”，屍體被領出時，竟已全部潰爛，慘不忍睹。等到收殮時，僅得破碎血衣數片，殘骨數根。
“東林六君子”中的魏大中死後，魏忠賢不許下葬，一直拖了六天才準許從牢中抬出。還有錚錚傲骨不遜於楊漣的忠毅公左光鬥，當史可法看到他“骨斷筋折、血肉俱脫”，卻依然以死相抗、誓不屈服時，由衷敬佩地歎一聲“吾師乃鐵石鑄造之肺腑也”。