這場“官場戰爭”的全過程是這樣的。在攻下天京中立下頭功的曾國荃，在曾國藩的勸說下，功成身退回到家鄉隱居。不過，後來清廷又讓他重新出山，前往湖北任巡撫。但曾國荃的到來，使久與曾氏兄弟有矛盾的湖廣總督官文心生敵意。
官文坐鎮湖廣，是清政府插在長江上遊的一顆釘子。湘軍、淮軍在長江流域的崛起，清朝滿洲貴族是不放心的，而利用官文控扼長江，是清政府對付湘軍、淮軍的一個籌碼。胡林翼做湖北巡撫時，知道其中緣由，所以一直對官文采取籠絡政策，督撫同城，關係融洽，官文對胡林翼也是有求必應。胡林翼死後，官文與湘軍的矛盾暴露，湘軍進攻安慶時他不發兵、不供餉，曾國荃兵駐雨花台，在急需救援時他奏調多隆阿去陝甘“剿回”。但當時清廷用得著湘軍，曾氏兄弟與他亦無多大幹係，所以矛盾也沒有公開爆發。可是，如今曾國荃做了湖北巡撫，又在那裏組建“新湘軍”，加上曾國荃其人鋒芒畢露，目空一切，並沒把他這個滿洲貴族放在眼裏。於是，他下定決心要整一整這個不可一世的曾國荃。
官文與湖北臬司唐際盛商量對策，唐際盛為官文出謀劃策，讓官文出麵給皇帝上奏折，保奏曾國荃為“幫辦軍務”，讓他率軍去鄂北“剿撚”，離開武昌，駐兵襄陽，拔去這個眼中釘。官文依計而行，諭旨很快批複，正如官文所請。
曾國荃不知是計，他一直帶兵打仗也不知“幫辦軍務”的官銜有多大，應不應該專折謝恩，隻好寫信給大哥。曾國藩回信說，幫辦軍務屬於毫無實權的空名，如李昭壽、陳國瑞等降將，劉典、吳棠等微品職銜時，都曾得到過幫辦軍務之名目。故此不必謝恩，但也不可推辭或氣惱，權當沒有此事，以後在公牘上也別署這個頭銜，不然會惹人笑話。
恰在此時，湖北糧道丁守存向曾國荃撥弄是非，說湖北“新湘軍”組建，所需糧草由糧台籌集，但官文卻不讓給“新湘軍”供糧。原來這個丁守存曾因貪汙公款被官文發現，官文敲詐了他大部分家產才沒有參劾他，他這次想借曾氏兄弟之手報複官文。曾國荃把這兩件事合起來考慮後，大為惱火，決定向皇帝告發官文。
曾國荃幕中並無文吏，恰在此時曾國藩的長子曾紀澤來到湖北，他遂同侄子商量擬稿。曾紀澤時年已27歲，由於父親的熏陶，已知官場之險惡，叔叔之魯莽。所以當即提出官文是滿洲貴族，為太後和皇上所寵信，要彈劾他實非小事，最好先同父親商量後再定。然而曾國荃卻認為自鹹豐八年（1858年）複出後，哥哥的膽子越來越小，反而辦不成大事，這次彈劾官文最好不要讓他知道，以免被他阻撓。曾紀澤隻好按九叔提供的內容擬稿，最終稿成，列舉了官文貪庸驕蹇、欺罔徇私、寵任家丁、貽誤軍政、籠絡軍機、肅順黨孽等多條罪狀，此折從襄陽郭鬆林營中發出。
曾氏叔侄不甚明了彈劾官文的利害，也不善於具疏與人爭辯。因此奏折過於草率，文字洋洋數千餘，語言也未甚斟酌，參劾內容雖多是事實，但疏奏多不中肯。曾國藩聞聽九弟具疏彈劾官文，深恐此舉會遭大禍，趕緊從曾國荃手中要來底稿，看看奏言是否立得住腳，或可設法補救。看罷底稿，曾國藩認為所奏倒是事實，但言辭涉及軍機處和“肅黨”，怕是要引出更多的麻煩。於是，他立即寫信給九弟，讓他隱忍、克己、修身而自保自強，不要“在勝人處求強”，不要“因強而大敗”，信中對兒子反複責怪，不該做出此等招非惹患之舉。
曾國荃讀罷哥哥的來信，方知事情的利害，但後悔已遲，隻能等著事態的發展。曾紀澤受責，趕緊離開武昌，避開了這個是非圈子。
正如曾國藩所料，曾國荃的奏折在清廷中引起了軒然大波，尤其折中牽連軍機處，說官文籠絡軍機處，軍機處“故意與鄂撫為難”等，立即引起軍機處的不滿。軍機大臣胡家玉麵稟慈禧太後，說曾國荃誣告官文，指責軍機處，存心不良，所奏情事亦多不合，要求擬旨駁之。還說曾國荃指官文為“肅順黨孽”，更是凶險之詞，要求照例反坐，治其誣陷之罪。