乾隆沒了紀曉嵐，文辭方麵再無人能想紀曉嵐那樣與自己相和，有些失落。加上紀曉嵐做官這麼多年，從不擅權，也不結黨營私，文筆又好，心中很是不忍。不久就宣旨，赦免紀曉嵐的罪責，命他返回京城任職。
和珅見紀曉嵐居然又被乾隆帝召回了京師，知道了他在乾隆帝眼中的分量，也就不敢隨意打擊他。乾隆帝想編纂《四庫全書》，重新啟用博學多才的紀曉嵐。乾隆安排紀曉嵐任翰林院編修之職。不久，《四庫全書》正式開始編纂，紀曉嵐成為當之無愧的總纂官，和珅任《四庫全書》總裁。二人不得不開始通力合作。
此後十餘年間，紀曉嵐為了《四庫全書》，殫精竭力，絲毫不敢鬆懈。全書完成後，和珅在文淵閣中翻看，發現了一些抄錄有錯的地方。和珅這麼多年之所以沒出手，是因為乾隆給了紀曉嵐曆史性任務，自己不敢隨便治他的罪，如今《四庫全書》已經完稿，又想打擊這個宿敵。
和珅細心地把書中的錯誤一一抄錄，整理好後呈給乾隆，奏說道：“《四庫全書》的本意是為了體現大清的文法盛事，紀昀、陸錫熊等人故意漠然視之，視同兒戲，不認真校對其中的錯誤。”
乾隆對《四庫全書》也非常重視，見其中有這麼多錯誤，當然不滿。他當即命令紀曉嵐率人重檢《四庫全書》，重新把文淵閣的藏書校正一遍，陸錫熊率人前往沈陽，把文溯閣的藏書全部校正一遍，產生的費用全部由自己來支付。這個決定可害苦了紀曉嵐。
幾個受處罰的人中，陸錫熊到沈陽後不久，想到自己這麼多年把書完成，竟然是這樣的一個結果，最後悲憤而死。總校官陸費墀被免去所有職務，還得自己出錢把《四庫全書》所有的藏書都裝裱一番。陸費墀不久也因勞苦不堪而去世。好在紀曉嵐心態淡然，最後總算順利完成了任務。
此後，年老的紀曉嵐看到和珅深得乾隆寵幸，皇上屢次想拿自己開刀，就變得十分謹慎。紀曉嵐心中明白，自己的才學在乾隆麵前隻是閑暇時的消遣，和珅才是乾隆最信任的人，自己隻能暫時避一避。
一次，禮部侍郎尹壯圖得罪了和珅，被和珅陷害彈劾，紀曉嵐準備為他求情，不料卻被乾隆當場痛罵了一頓。監察禦史曹錫寶與紀曉嵐素來交好，他彈劾和珅的家奴劉全，被陷害革職，紀曉嵐再也不敢出來為他說話了。
其實，紀曉嵐和曹錫寶關係很好，他卻不敢與和珅作對，隻有寫了一首《題曹劍亭綠波花霧圖》，聊以言誌：
其一
醉攜紅袖泛春江，人麵桃花照影雙。
名士風流真放達，蘭舟不著碧紗窗。
其二
灑落襟懷壞壕身，閑情偶付夢遊春。
如何樂府傳桃葉，隻賦羅裙打動人。
詩中不曾明寫曹錫寶，為的是不讓和珅抓住把柄，但隱秘表達了同情之意。
在乾隆帝看來，紀曉嵐雖滿腹經綸，但畢竟隻是一個學者，而學者型的人缺乏經世之才，不可委以重任。所以，無論是有實權的軍機處，還是享有榮譽的內閣，都不會安排紀曉嵐與身其中。
嘉慶元年(1797年)，內閣準備增補一名大學士，論資排輩紀曉嵐也夠了。但是太上皇卻繞過紀曉嵐而破格擢用董誥為大學士。董誥比紀曉嵐小十六歲，中進士也比紀曉嵐晚九年，乾隆就這樣一直不重用紀曉嵐。
乾隆曾經對劉墉、紀昀、彭元瑞、董誥幾個人評價道：“劉墉、紀昀、彭元瑞三人皆資深，墉遇事模棱，元瑞以不檢獲愆，昀讀書多而不明理，惟誥在直勤勉，超拜東閣大學士，明詔宣示，俾三人加愧勵焉。”可見，在乾隆的心中，紀昀雖然才學甚高，但施政能力不足，隻能做文學方麵的事，這在兩淮鹽引案中有深刻體現。
紀曉嵐一生在朝廷就做了兩件事：一是主持科舉，二是編修書籍。他曾兩次為鄉試考官，六次為文武會試考官，故門下學子甚眾，在文士中影響頗大。紀曉嵐主持修書的次數更多，先後做過武英殿纂修官、三通館纂修官、功臣館總嬖官、國史館總纂官、方略館總校官、四庫全書館總纂官、勝國功臣殉節錄總纂官、職官表總裁官、八旗通誌館總裁官、實錄館副總裁官、會典館副總裁官等。
紀曉嵐編修《四庫全書》期間，“自始至終，無一息之間”，其辛勞不言而喻，卻受益匪淺。紀曉嵐曾經寫詩《自題校勘四庫書硯》：
檢校牙簽十餘萬，濡毫滴渴玉蟾蜍。
汗青頭白休相笑，曾讀人間未見書。
《四庫全書》修成後，紀曉嵐遷禮部尚書，充經筵講官。乾隆帝格外開恩，特賜其紫禁城內騎馬。紀曉嵐六十歲以後，五次出掌都察院，三次出任禮部尚書。禮部尚書主管朝廷中的禮儀、祭祀、宴餐、貢舉等事務，是教育和文化事業的一把手。
嘉慶親政後，立即將和珅處死，並重用紀曉嵐。紀曉嵐立刻上奏天子為曹錫寶和尹壯圖平反，並負責主持《四庫全書》最後一部分官修書籍的補遺工作，使這部巨著更加完善。
(本章完)