在國會兩院，民主黨掌握了絕對優勢，參議院是76票∶16票，眾議院是332票：89票。羅斯福成了自門羅總統以來114年接連兩屆由本黨控製國會兩院的第一個總統。
1937年1月20日，羅斯福發表第二次就職演說。他坦率地承認，國家還沒有達到他在第一任之初所設想的“幸福河穀”的目標。但他發誓要繼續努力，消除“全國1／3的人住得糟、穿得糟、吃得糟”的貧困狀態。他決心向最高法院挑戰。
做成完美的一件事離不開正確的方法。死板固執、缺乏靈活隻會把事情辦糟。
——富蘭克林·羅斯福針對最高法院對憲法所持的保守態度，羅斯福在1937年1月6日致國會谘文中提出警告，應該正確地對憲法作出解釋，使它成為進步的手段，而不是作為阻撓進步行動的工具。他建設最高法官們去反複讀讀賦予國會立法權的美國憲法序言和第一條，而且應該重溫150年前製憲會議上的辯論情況。
一個月後，2月5日，羅斯福向國會提出了他考慮已久的司法改革計劃：聯邦法院法官年滿70歲的如果在6個月內不自動退休，則由總統另外增派一名新法官進入法院。這不是代替老法官，而是增加法官名額，按照這個計劃，整個聯邦司法機構將指派額外的大約50名聯邦法官，最高法院將增派6名，連原來的9名，一共是15名，原來9名法官中有3～4人對“新政”還不是堅決敵視的，加上新增派的6人，就可以基本扭轉最高法院唱反調的局麵。羅斯福的政敵、前總統胡佛把羅斯福的司法改革叫做“囊括”法院計劃。
雖然改組法院的計劃提案經過一番鬥爭未能通過，最高法院的調子卻出乎意料地變得開明些了。它確認州有權規定最低工資線，還宣布：根據憲法中關於“一般福利”條款的規定，可以確認《聯邦社會保險法》是符合憲法的，等等。隨著時間的推移，由於老法官中不斷有人死亡，羅斯福也就得以任命一個新的首席法官和八個助理法官，他們都是比較開明的人物。隨著最高法院的新陳代謝，新政受到的阻力也就越來越小了。
未雨綢繆，積極為二戰做好準備
殘疾本已讓羅斯福痛苦萬分，而戰亂的時局更使這個殘疾總統費盡心血。但有智謀的領袖往往能以遠見預知，以戰略應急。二戰中的羅斯福表現得令人歎服。
1938年9月，英法屈從希特勒的壓力，聽任捷克斯洛伐克被肢解。羅斯福對局勢的發展感到震驚。不久美國在東西方的利益都受到了嚴峻挑戰。1939年1月4日，羅斯福在致國會的谘文中又重提一年多以前在芝加哥發表的“隔離”概念，他提出“有許多除戰爭以外的方法可以用來幫助被侵略的受害者，最重要的一項是取消中立法案的禁運條款”。他認為中立法“可能實際上幫助侵略者，卻不給受害者以幫助”。在此後的300天中，羅斯福為修改中立法進行了艱苦的鬥爭。
1939年9月21日，國會召開特別會議，羅斯福在致詞中回顧了18世紀末美國在拿破侖戰爭中所持的立場。他說，為了避免卷入，美國許多年是根據所謂“禁運和不交往法”行動的。可是，這一政策是一場災難性的失敗，使美國接近毀滅，它成了美國在1812年反英戰爭中積極卷入歐洲戰爭的一個重要因素。羅斯福對國會說：“這隻不過是引用曆史來提醒諸位，禁運和不交往政策的結果之一，就是我們今天在此集會的首都在1814年遭到部分焚毀。”他談到作為1937年中立法原型的1935年中立法時說：“我對國會通過此法表示遺憾，我同樣對我簽署此法感到遺憾。”
參議院在10月27日以63票比30票，眾議院在11月2日以243票比181票通過了廢除武器禁運條款，但仍保留“現購自運”的規定（即美國不給予貸款，也不得用美國船裝運的規定），羅斯福在1939年11月4日簽署了1939年新中立法。
中立法軍火禁運條款的廢除，隻是一場戰略搏鬥的序幕，事實上，1939年歐洲戰爭爆發後，羅斯福就預計到美國終究會參戰。
1940年是美國總統選舉年。羅斯福的第二屆任期將在這一年過年後不久屆滿。他是否要打破傳統，爭取第二次連任，不但成了美國各階層人民熱烈討論的大事，也是世界各方矚目的重大事件。