上午8時46分－10時29分：至少有20名（主要集中在北樓）被大火和濃煙圍困在大樓頂樓的人員從高空跳下。有證據顯示在遭襲擊後北樓中部很大一塊區域立即坍塌，或許這是讓這些人以為大樓很快就要坍塌而跳樓求生。一名位於底層的消防隊員被一名從天而降的跳樓者砸死。由於煙霧與上升氣流太過濃烈，空中救援活動無法進行，而且紐約市本身就缺乏專門進行空中救援的直升機。
大約上午9時04分：美國聯邦航空管理局（FAA）波士頓空中交通控製中心發布命令，暫停其管轄區內所有飛機的起飛（新英格蘭與紐約州東部）。
上午9時06分：美國聯邦航空管理局（FAA）禁止任何飛機進入紐約以及附近的波士頓、克利夫蘭與華盛頓領空。
上午9時08分：美國聯邦航空管理局（FAA）禁止全美國所有飛往或經過紐約領空的飛機起飛。
上午9時21分：紐約市全部隧道及大橋關閉。
上午9時24分：正在佛羅裏達州一所小學教室參觀的美國總統喬治·布什接到第二架飛機撞擊世貿大樓的消息。他在該堂課結束後立即在學校的另一個教室發布了一段簡短的講話稱，美國正遭到恐怖分子襲擊，美國政府將對飛機失事原因展開全麵調查。另外他稱事件是“國家的悲劇”。
上午9時24分：FAA通知NORAD東北空防部門，美國航空公司77次航班已經被劫持。FAA與NORAD連線討論美國航空公司77次航班與聯合航空公司93次航班的有關事宜。
上午9時26分：美國聯邦航空管理局（FAA）宣布禁止全國所有民航班機起飛。
上午9時37分：美國航空公司77次航班（波音757）撞入五角大樓西翼並且引起大火。被襲擊的部分剛剛翻新過，還沒有完全投入使用，但是仍然造成五角大廈西翼百餘人喪命。
上午9時45分：美國關閉其領空，禁止任何民航班機起飛，所有在飛行的班機必須立即在距離最近的機場降落，所有飛往美國的航班即刻改飛加拿大。之後，FAA宣布禁飛令至少會持續到9月12日午後。禁飛令最終持續到9月14日，此其間隻有軍事及救援飛機被允許起飛。這次是美國曆史上第四次停止所有在美商業航班的運作，並且是唯一一次未經計劃的緊急措施。在此之前都因國防需要而停飛所有飛機。
上午9時45分：白宮與美國國會山關閉，周圍地段戒嚴。
上午9時50分：美聯社報導美國航空公司11次航班事實上在起飛後就被劫持。一個小時內美國航空公司11次航班與聯合航空175次航班被劫持的消息得到確認。
上午9時57分：總統布什離開佛羅裏達州。
上午9時59分04秒：世界貿易中心南樓倒塌。通過電視台的現場直播，全球億萬觀眾目睹了大樓的坍塌！
上午10時03分：聯合航空公司93次班機（波音757）在賓西法尼亞州尚克斯維爾東南部墜毀。警方調查報告表明，機上無人生還。後來的進一步調查顯示，飛機墜毀前有旅客通過移動電話與地麵取得過聯係，並且已經得知世界貿易中心與五角大樓遭到襲擊。在得知自身即將成為自殺炸彈後，至少有3名乘客冒險奮勇還擊，試圖從劫機者手中重奪飛機控製權。很有可能是由於激烈的反抗導致飛機在未到達目的地前便墜毀；一架形似波音747的白色飛機在出事後幾分鍾曾在白宮上方盤旋，事後部分媒體推測該架飛機為美軍的E－4B空中指揮所。但該架飛機的出現並沒有被描述在任何官方報告中。
上午10時05分：白宮、財政部、國務院及其它主要政府機構內的人員開始撤離。
上午10時10分：五角大樓部分地區坍塌。
上午10時13分：紐約聯合國總部開始進行疏散，上萬人受影響。