薪酬水平偏低導致公務員的低滿意度和人員流失。據調查統計，聯邦政府雇員對薪酬感到滿意的比率，1989年僅為28%，其中高級公務員的薪酬滿意度隻有11%（U．S．Merit Systems Protection Board， Working for America：A Federal Employment Survey （Washington， DC：U．S．Government Printing Office，1990） and U．S．General Accounting Office， Senior Executive Service：Options about the Federal Working Environment（Washington， DC：U．S．Government Printing Office，1992）．）；1990年《聯邦雇員薪酬比較法》頒布後有所回升，1991年為31%，1992年為42%，1996年為50%，但仍然屬於較低的滿意度水平（U．S．Office of Personnel Management， Survey of Federal Employees （Washington， D．C．， May 1992）， p．60．U．S．Merit Systems Protection Board， The Changing Federal Workplace：Employee Perspective （Washington， DC：U．S．Government Printing Office，1998）， p．28．）。20世紀80年代末和90年代初，許多比較優秀的聯邦政府雇員離開公共部門進入私營部門，其中，71%的人是因為感到薪酬水平過低而離開政府部門的，因為去私營部門後可以得到高於政府部門約25%的薪酬。這種情況在州和地方政府中較少出現，因為在80年代末和90年代初，許多州政府雇員的薪酬水平略高於私營部門，地方政府雇員的薪酬水平與私營部門大致平衡（〔美〕尼古拉斯·亨利著：《公共行政與公共事務》（英文第8版），中國人民大學出版社2002年版，第428429頁。）。為了能夠留住優秀公務員尤其是專業技術人員，常常就會通過晉升職位級別的方法來提高其薪酬，由此導致專業技術類公務員為增加收入而不得不從事更高職位級別的行政管理工作，形成了“聯邦政府中的級別分布與私營部門相比顯得頭重腳輕的狀況”（〔美〕詹姆斯·W·費斯勒等著：《行政過程的政治：公共行政學新論》（英文第2版），中國人民大學出版社2002年版，第163頁。）。
公共部門薪酬製度的內部公平性困境在於薪酬與績效相關度低。
在公務員的薪酬製度中，與忽視公務員薪酬水平外部公平性的特征相反，注重強調公務員薪酬的內部公平——薪酬的平等原則。然而，內部公平體現的是職位本位的“同工同酬”原則，即做相同的工作給予相同的報酬，而不是按照工作績效或實際貢獻支付報酬的原則。“同工同酬”的製度化內容，就是通過職位評價確定每一職位工作相對於其他職位工作的價值，凡是相對價值相同的職位列為同一薪酬等級，由此形成結構化的薪酬等級序列。同時輔之以年資的原則，也就是在一定薪酬等級上工作一定的年份後可以提升到上一薪酬等級。在一般職（GS）序列的各個職等中，13低等級職位公務員每一年升一級薪酬，46中等級職位公務員每過兩年晉升一級薪酬，79高等級職位公務員每過3年晉升一級薪酬。由此計算，在某一薪酬職等內，從1級升到10級通常情況下需要18年時間。
這一製度安排的假設是：工作本身具有的相對價值決定工作貢獻，或者說不同人員任職於某一職位上的貢獻是相同的；工作年限長的人由於積累了更多經驗，因而會做出更多貢獻。這是一種建立在職位工作價值和任職者年資基礎上的內部公平。事實上，這兩個假設難以成立。前一假設恐怕永遠無法成立，因為難以想象具備不同知識、能力及工作態度的人，會在同一工作職位上做出相同的貢獻。後一假設隻是在社會變遷速率比較緩慢的時代能夠成立，而在社會變遷速率大大加快的當今時代卻失去其真理性，因為經驗的價值或效用與社會變遷速率以及事物變化周期之間存在著負相關關係，某些情況下經驗可能成為變革或創新性工作的障礙。“雇員僅僅是工作時間長久並不能保證他們做得更好。事實上，考慮到麵對技術變遷時對創新的特別需要，經驗似乎越來越成為工作績效的一個障礙。”（〔美〕羅納德·克林格勒等著：《公共部門人力資源管理：係統與戰略》（英文第4版），中國人民大學出版社2001年版，第191頁。）公務員薪酬製度的這一核心特征導致薪酬難以發揮應有的激勵作用，在同一職位工作上“幹多幹少一個樣”的製度環境，會助長“不求有功、但求無過”以及“熬年頭”的工作行為模式，直接導致行政效率的低下。
公務員的薪酬製度，之所以在內部公平性上存在薪酬與績效相關度低和在外部公平性上存在薪酬水平偏低的問題，主要有兩大方麵的原因。
一方麵的原因是，在公平與效率這一對天生的矛盾中，與市場化運作的企業追求效率不同，政治化運作的政府更推崇公平的價值。這不僅因為政府很大程度上是一種自在自為的壟斷組織，既缺乏企業追求效率那種不進則退、不強便弱甚至不生便死的強製性外動力，更缺乏追求效率的內在動力；而且還因為政府與市場及企業之間的社會分工，就是政府充當公平維護者的神聖角色，其天職是維係市場及企業在追求效率中可能喪失的公平。政府的這種角色行為無疑會有意或無意地體現於其自身管理係統的製度安排之中。“在報酬結構中，‘公平’是一種公共服務領域中的特定的世界觀，而在私營部門中卻幾乎沒有‘公平的’報酬結構。”（〔澳〕歐文·E·休斯著：《公共管理導論》，中國人民大學出版社2001年版，第217頁。）這是解釋公務員的薪酬製度之所以在內部公平性上存在薪酬與績效相關度低的背景原因。
另一方麵的原因是，政府係統薪酬製度以及薪酬水平的確定，與企業主要取決於外部市場和企業效益兩項因素不同，而主要是取決或受製於其他的因素，如法律的規定、立法部門審核或授權、公眾的認同、內部的統一性以及國家財政狀況等，市場因素隻具有參考的意義。在多種因素製約下，公務員的薪酬水平很難與外部非政府組織同類雇員保持平衡。同時，借用全麵報酬概念來進一步分析，報酬包括經濟報酬與非經濟報酬兩大部分，非經濟報酬又包括諸如工作成就感、挑戰性、自主性、趣味性、可學習性、自我實現性、晉升機會以及職業生涯前景等工作特征價值，以及組織形象、組織文化、人際關係、製度與政策的公平性等工作環境價值。對於公務員的報酬來說，除了貨幣化的薪酬之外，還包括一些優於企業組織的非經濟、非物質報酬，如服務於公共利益的榮譽感、產生社會效益的工作成就感、職業的穩定性以及負麵意義上的權力效用等，這些薪酬以外的報酬可以產生一定程度上補償薪酬水平低的效果。這是解釋公務員薪酬的外部公平性中存在薪酬水平偏低問題的複雜原因。