可熊開元的行為成功地激起了崇禎皇帝的怒火。他見熊開元明明要攻擊的是周延儒，說出話來卻陰陽怪氣小人氣十足，非常惱怒，厲聲讓他明言所指。熊開元卻一直摭摭掩掩，指桑罵槐。最終，崇禎皇帝就不願聽他混扯，命他退下把要說的話寫在本章裏奏上。
但周延儒畢竟勢力龐大。熊開元在這次被召見後聽到了許多好友同鄉的勸告，都以為周延儒在曆屆首相中還算是寬和老成的，攻劾周延儒絕非明智之舉。本來就首鼠兩端猶豫不決的熊開元因此銳氣全無，在補奏的本章中隻是把召對時說過的話又複述了一遍，“隻就臣次第所奏，恭列上聞，臣奏雲：……”
而滿肚子火的崇禎皇帝見到熊開元這樣一份毫無內容的補牘，覺得簡直是在被這個小人耍弄，於是大怒，立刻派錦衣衛把熊開元抓起來，送北鎮撫司嚴刑拷問。
薑埰和熊開元在朝中不過是兩個小人物，所謂“罪狀”也不過是在皇帝征求直言的情況下說了幾句不相幹的話，並非在重大國策上同皇帝及內閣重臣們有什麼根本性抵觸，卻被皇帝當作國家大敵，巨奸大惡，送進最黑暗的錦衣衛鎮撫司獄中嚴刑逼供。
朝臣們對皇帝這種沒來由的暴怒議論紛紛，也頗為薑、熊二人不平。周延儒由於熊開元的入獄是為攻劾自己而起，更是深感不安。於是在接下來的禦前會議上，言官和部、閣大臣們相繼為薑埰和熊開元開脫申辯。
其中，以道學而名滿天下的左都禦史劉宗周說的最為懇切：“朝廷待言官自有體製，言官進言，可用則用之，不可用則置之。即使有應得之罪，也應敕下法司，據情節定罪。如今熊開元、薑埰狂躁無知，不能無罪。但目前皇上急切求言，而二臣因進言下詔獄，於聖政國體大有傷害，恐非皇上求言的本意。臣願皇上俯念時事艱危，放開如天一般寬宏的度量，以開辟諸臣諍諫之路。”
本來這種事，崇禎皇帝發泄一番。把這兩位小人物罷官免職就行了。可這時候的崇禎皇帝已經是鑽入了牛角尖，他覺得劉宗周的話是極為刺耳，以為明明是在譏諷自己度量狹窄，濫用私刑。
於是崇禎皇帝大發雷霆，強詞奪理地說道：“三法司、錦衣衛都是朝廷的衙門。有什麼公私之分？你說言官自有體製，難道貪贓壞法、欺君罔上、混亂紀綱的。通都不該問罪嗎？”
“熊開元這疏。定有人主使，想來這背後主使的人就是劉宗周！”
這麼一來，火藥桶就被點燃了。閣臣周延儒、蔣德暻、吳甡，兵部尚書張國維、侍郎馮元飆，刑部尚書徐石麒，工部尚書範景文。都察院僉都禦史金光辰以及五府的勳戚武臣一起為劉宗周申辯，甚至痛哭濕了衣袖。可是崇禎皇帝卻愈發惱火，堅持要大行處治。
在這次不歡而散的召對之後，崇禎皇帝發旨將劉宗周革職下刑部議罪。內閣對此進行了堅決的抵製。扣住中旨不發，聯名懇請皇帝收回成命。崇禎皇帝臨禦以來還很少遇到過這樣的抵製，又不想同朝臣鬧到勢如水火的地步，隻好改令將劉宗周罷斥為民。徐石麒和金光辰也為了這個案件分別被罷免和降級調用。
而大臣們能在抗爭中幸免於難，可是作為小人物的薑埰和熊開元，他們就在劫難逃了。在召對過後的當日，崇禎皇帝就向錦衣衛指揮使駱養性發出了一道密旨：“取熊開元、薑埰畢命，以病故報聞。”
而駱養性見到密旨，立刻是大驚失色。錦衣衛曆來是皇帝施行暴政的得力工具，在明朝曆史上為皇帝秘密處決過不知多少人。但那些助紂為虐的錦衣衛主管們卻大都沒有什麼好下場，遠的不講，天啟時期主持錦衣衛的“五虎”就為了私刑殺人全部被處決了。