“啥話也不說了！這裏有著皇陵，隻要失守，我們可都是要丟腦袋的。我老朱過來以後也沒有虧待過弟兄們，隻要這次把賊軍打退，所缺的餉銀全部補齊，所有的弟兄還有五兩銀子的賞賜！”鳳陽留守朱國相大叫道。
朱國相的承諾惹得自己的親兵是大聲叫好，可是其他的兵丁卻在一旁冷眼旁觀。雖然上次兵變以後朝廷補發了一批軍餉，可是那些大頭都讓朱國相這些官員們瓜分了，那些兵丁隻拿到些塞牙縫的活命錢，所以他們一點兒也不相信朱國相的話。
因為鳳陽無城可守，所以在見到農民造反軍大軍以後，在正月十九日，鳳陽留守朱國相帶領指揮袁瑞征、呂承蔭等五千五百人出城狙擊。
當戰鬥一開始，農民造反軍一千人靠近試著攻打的時候，一隊隊明軍就開始轉身而逃了。接著整支明軍開始崩潰，見勢農民造反軍主力也全部壓上。
之後的戰鬥中，鳳陽留守朱國相被擊死，四千明軍被殺逃散，餘下的明軍則跪在地上舉手投降。鳳陽也就沒有了出城一戰之力了。
而到了二十日淩晨，大霧彌漫，伸手不見五指。農民造反軍在城下部署攻打策略。先前混入城內的內應也大力配合。入夜，農民造反軍發起猛烈攻擊。
在這個時候，守軍也在鼓樓下發現有農民造反軍在活動，急向長官稟報，可長官卻以為這是蠱惑人心，將稟報人斥責一頓。
可就在話音未落的時候，守軍卻自己亂了起來，都還不知是怎麼回事，隻見士兵一個接一個地跪地下求饒。可笑的是。他們也不知道是向哪裏投降，要知道，這時候農民造反軍的主力還沒有進城呢。
就這樣，鳳陽失去了最後抵抗的機會。沒過多久，城外的農民造反軍就湧入城內。號稱中都的鳳陽，就這樣落入農民軍手中。城中餘下三千多的守城明軍根本來不及還手，就全部被殲了。
隻有墳監楊澤等聊聊幾位官員逃出城外，城中士紳也隻有極少部分向著城東、城南逃了出去。
張獻忠進入鳳陽以後，懷著對大明朝的憤恨，挖掉朱元璋的祖墳。放火焚燒了朱元璋祖墳的樓殿和朱元璋曾經出家的龍興寺。共燒毀巡撫、府署衙門近六百間，鼓樓、龍興寺六十七間，民房二萬多間。
之後又殺掉了平日作威作福、抗拒農民造反軍的指揮程永寧等官員四十一人，還有諸生六十六人、太監六十餘人。
並且農民造反軍還打開監獄釋放了獄中的囚犯，關押在高牆裏麵的“罪宗”（宗室囚犯）也被釋放。而知府顏容喧則躲進監獄裏。換上囚服，裝成囚犯。希圖蒙混過關。最終被農民造反軍查出，在堂下杖之二十後推出斬首。他可真是死也死得很難看啊！
接著農民造反軍就開始大掠全城了。因為鳳陽的百姓極其貧苦，所以財富的集中也相當驚人。共掠獲金銀財物上百萬，糧食超過六十萬石。大批宗室、官宦士紳人家的女眷飽受淩辱，使得張獻忠他們也好好地過了一把癮。
此外，雖然鳳陽的明軍不堪一擊。可其兵器裝備卻相當精良，就是那些兵器裝備大多數都儲存在庫房中，等待著官員們的監守自盜，基本上都沒有下發給兵丁們守城。