年羹堯的失寵和繼而被整肅是以雍正二年（公元1724年）十月第二次被召進京為導火線的。在這次赴京途中，他令總督李維鈞、巡撫範時捷等跪道迎送。到京時，王公以下官員跪接，年羹堯安然坐在馬上行過，看都不看一眼。王公大臣下馬向他問候，他也隻是點點頭而已。在京期間，年羹堯“傳達旨意，書寫上諭”，儼然成為總理事務大臣。更有甚者，他在雍正麵前，態度竟也十分驕橫，根本不像一個臣子。結束召見回任後，年羹堯接到雍正帶有威脅性質的批評朱諭，提醒他：“若倚功造過，必致反恩為仇。”
分析年羹堯失寵獲罪的原因，大致有以下幾點：
第一，擅作威福。年羹堯自恃功高，驕橫跋扈之風日甚一日。他在官場往來中趾高氣揚、氣勢淩人：贈送給屬下官員物件，“令北向叩頭謝恩”；發給總督、將軍的文書，本屬平行公文，卻擅稱“令諭”，把同官視為下屬；甚至蒙古紮薩克郡王額附阿寶見他，也要行跪拜禮。
對於朝廷派來的禦前侍衛，理應優待，但年把他們留在身邊當做“前後導引，執鞭墜鐙”的奴仆使用。按照清代的製度，凡上諭到達地方，地方大員必須迎詔，行三跪九叩大禮，跪請聖安，但雍正的恩詔兩次到西寧，年羹堯竟“不行宣讀曉諭”。
更有甚者，他曾向雍正進呈其出資刻印的《陸宣公奏議》，雍正打算親自撰寫序言，尚未寫出，年羹堯自己竟擬出一篇，並要雍正帝認可。年羹堯在雍正麵前也行止失儀，“禦前箕坐，無人臣禮”，雍正心中頗為不快。
第二，結黨營私。當時在文武官員的選任上，凡是年羹堯所保舉之人，吏、兵二部一律優先錄用，號稱“年選”。他還排斥異己，任用私人，形成了一個以他為首，以陝甘四川官員為骨幹，包括其他地區官員在內的小集團。小說《兒女英雄傳》所寫紀縣唐實指年羹堯，說他是經略七省的大將軍，“他那裏雄兵十萬，甲士千員，猛將如雲，謀臣似雨”。這些都是藝術上的誇張，與實際情形有很大的出入，但也說明年羹堯的勢力之大。
第三，貪斂財富。年羹堯貪贓受賄、侵蝕錢糧，累計達數百萬兩之多。而在雍正朝初年，整頓吏治、懲治貪贓枉法是一項重要改革措施。在這種節骨眼上，雍正是不會輕易放過的。
張廷玉曾經說過：“本來就是用年羹堯來攘外，外患既除，還不知收斂，死期不遠。”本來，功高蓋主之人是最應該懂得韜光養晦的，更應該懂得要及時抽身，但年羹堯天生的張狂卻讓他不知進退，想把10萬大軍培養成軍閥勢力，又插手地方政務，培植個人勢力，並且已經開始準備利用自己在西部的軍事、政治勢力進行叛亂。
雍正對年羹堯的懲處是分步進行的。第一步是在雍正二年（公元1724年）十一月年羹堯晉見離京前後給他提醒。第二步是給有關官員打招呼，雍正或叫他們警惕、疏遠和擺脫年羹堯，或叫他們揭發年羹堯的劣跡，為處罰年羹堯作準備。第三步將年羹堯調離西安老巢。雍正先將年羹堯的親信甘肅巡撫胡期革職，把四川提督納泰調回京，使其不能任意妄為。雍正三年（公元1725年）四月，雍正解除了年羹堯川陝總督職務，命他交出撫遠大將軍印，調任杭州將軍。最後一步是勒令年羹堯自裁。
年羹堯調職後，內外官員更加看清形勢，紛紛揭發其罪狀。雍正以俯從群臣所請為名，盡削年羹堯官職，於當年九月下令捕拿年羹堯押送北京會審。十二月，朝廷議政大臣向雍正提交審判結果，給年羹堯開列92款大罪。雍正說，這92款中應服極刑及立斬的就有30多條，但念年羹堯青海戰功，格外開恩，賜他獄中自裁。年羹堯父兄族中任官者俱革職，嫡親子孫發遣邊地充軍，家產抄沒入官。叱吒一時的年大將軍以身敗名裂、家破人亡告終。
年羹堯打仗是一把好手，進行********卻不行。********最重要的是看時機，年羹堯之所以被重用就是因為打仗，打仗完了，一步步地被削減權力是應有之事，年羹堯看不到這一點，妄想保住自己的權力乃至謀取更大的權力，這就是不識時。他沒有選擇做一個忠臣，卻做了一個“天下第一負恩之人”，是他的不幸，也是他的必然。