第3卷手稿中，有些章隻有一個標題，未寫具體內容，但問題又極為重要，因此，恩格斯隻好親自執筆加以補寫。第4章《周轉對利潤率的影響》就是如此。馬克思在標題下注明“這個因素，我們暫且放在一旁，因為它對利潤率的影響，在後麵的某一章中將專門予以研究。”顯然，馬克思是準備在修訂手稿時補寫的。後來這個計劃未能實現，隻好由恩格斯來完成。恩格斯根據《資本論》第2卷關於資本周轉對剩餘價值的影響的原理，指出“在資本百分比構成相等，剩餘價值率相等，工作日相等的時候，兩個資本的利潤率和它們的周轉時間成反比。”[43]資本周轉的時間越長，利潤率就越低；資本周轉的時間越短，利潤率就越高。這是因為，資本周轉時間縮短，一定量可變資本在一年時間內周轉次數增加，榨取的剩餘價值量也增加；利潤率是剩餘價值與預付總資本的比率，剩餘價值量增加，利潤率也必然提高。由此可見，“周轉時間的縮短對剩餘價值的生產，從而對利潤的生產的直接影響，在於使可變資本部分由此提高效率。”[44]經過恩格斯的補充，全書內容更加豐富，論述更加全麵，理論上更加光彩奪目。
恩格斯說，第五篇的整理工作遇到真正的困難。這篇探討了本卷理論上最複雜的“利潤分為利息和企業主收入（生息資本）”的問題。馬克思在寫作這一篇手稿時，舊病複發並加重了，“因此，這一篇不但沒有現成的草稿，甚至沒有可以提供輪廓、以便加以充實的綱要，隻不過是開了一個頭，不少地方隻是一堆未經整理的筆記、評述和摘錄的資料。”[45]他曾經嚐試按照整理第一篇的方法，把空白補足，把隻有提示的片斷進行加工；但後來覺得這條路行不通。因為這樣做，需要補寫和加工的內容太多，最後搞成的東西，與馬克思手稿的差別太大。這不符合整理《資本論》的原則。因此，他決定盡可能限於整理現有的材料，隻作一些必不可少的補充。這樣做的工作量仍然很大。例如這一部分手稿中，有一篇題為《混亂》的東西，摘錄了英國議會關於1848年和1857年危機的報告，彙集了23個企業主和經濟學家關於貨幣和資本、貴金屬的流動、過度投機等等的證詞，有些地方加了簡短的評注。恩格斯把這些材料加以挪動、刪節和加工，一部分用於第31章，其餘部分編成第33-35章。采用這種方法，成功地把馬克思所有同這個問題有關的論述都收進正文。經過這番細心的整理和編輯，大量的摘錄資料成了論述信用製度與貨幣流通、銀行在資本集中的作用、國際彙兌和彙兌率以及批判資產階級通貨學派的材料。恩格斯補寫的介紹李嘉圖貨幣數量論的內容，對於更好地理解第34章正文，批判通貨學派的理論，都有很大的意義。
研究地租理論的第六篇，手稿寫得比較完整，但也有一些內容隻有標題，還未成文；一些表格設計不妥或計算錯誤。恩格斯整理這一篇也耗費了大量勞動。例如從第41-43章，依次研究級差地租Ⅱ的三種情況：生產價格不變、生產價格下降、生產價格上漲。前兩種情況手稿中已經作了研究；第三種情況手稿中隻有一個標題，沒有詳細的闡述。於是恩格斯按照馬克思論述第一、二種情況的思路，補寫了第三種情況的內容。此外，他還對級差地租Ⅱ包含的三種主要情況和九種派生情況進行全麵研究，作出一般性的結論。為了說明級差地租Ⅱ的各種情況，給研究結果提供數量的基礎，恩格斯編製和插入21個表格。他說，手稿中雖然存在某些計算上的錯誤，但絕對“不會影響這些表所闡明的理論觀點”[46]。他所增補和編製的表格，對於我們深入了解和掌握級差地租理論，有著重要的意義。