恩格斯在整理出版第2卷時，為自己確定了這樣的原則：“使本書既成為一部連貫的、盡可能完整的著作，又成為一部隻是作者而不是編者的著作。”[28]這確實不是一件容易的事情，需要做大量的工作，有些地方還得“絞盡腦汁”。
首先，辨認筆跡。為了整理付印的稿子，第一步是要辨認筆跡，謄清手稿。做完這一步，真正的整理工作才能開始。除了恩格斯，沒有其他人能夠辨認這些手稿。開始時，恩格斯自己邊辨認邊謄清，1883年10月，由於勞累過度而病倒。考慮到任務艱巨，身體不好，1884年初，他請了一位秘書幫助抄寫。每天從上午10時至下午5時，他躺在沙發上向秘書口授手稿，由秘書謄清；晚上他再對謄清稿進行加工。秘書埃森加爾滕工作勤奮，手稿整理進展順利。
其次，選擇文稿。第2卷的八份手稿中，第Ⅰ稿和第Ⅱ稿比較完整，其餘各稿，都是在不同時期寫成、帶有片斷性質的修訂稿，沒有一份是完整的。要從這許多份手稿中搞出一份定稿來，是一件十分吃力的事情。[29]恩格斯細心地研究對比各份手稿的內容。由於晚年的文稿在理論上最為成熟，因此他決定以最後的文稿為根據，並參照以前的文稿。第一篇《資本形態變化及其循環》選自第Ⅴ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅵ、Ⅱ稿和馬克思1877年或1878年筆記本中一個長注；第二篇《資本周轉》大部分選自第Ⅱ稿，一部分選自第Ⅳ稿；第三篇《社會總資本的再生產和流通》大部分選自第Ⅷ稿，一部分選自第Ⅱ稿。這兩個手稿寫作的時間相隔11年，從完全不同的方麵考察社會再生產。恩格斯把兩個手稿有機地連接起來。經過他的精心選擇和安排，這些取自不同稿本的內容形成一部完整的著作。
再次，重新安排結構。馬克思在第Ⅰ稿和第Ⅱ稿中，擬了兩份關於《資本論》第2卷的計劃，把全卷分成3章11節17小節。恩格斯基本上按照馬克思分章的原則，把3章編成3篇，把11節擴編為21章，把17小節擴編為45小節。一些章節的標題，也是由恩格斯根據正文的內容加上的。經過恩格斯的重新安排，結構更加嚴謹，層次更加分明，章節標題更加突出正文的內容。
複次，修改補充正文。馬克思遺留的手稿，理論內容是異常精彩的；但由於它並不是為了供直接付印使用，而是作為進一步加工的材料，文字上未經反複推敲，往往是按照作者的原始思路直接記錄下來，因而有些提法不夠準確，有些表達不夠清晰，有些內容比較繁雜，有些重點不夠突出。這就要求恩格斯在手稿的基礎上進行大量的改動。雖然恩格斯一再強調，他自己的任務“隻是把這些手稿盡可能逐字地抄錄下來；在文體上，僅僅改動了馬克思自己也會改動的地方，隻是在絕對必要而且意思不會引起懷疑的地方，才加進幾句解釋性的話和承上啟下的字句。意思上隻要略有疑難的句子，我就寧願原封不動地編入。我所改寫和插入的文句，總共還不到十個印刷頁，而且隻是形式上的改動。”[30]事實上，他的改動決不僅僅限於“形式上”，改動的地方也不少。例如，第3篇第20章第2節社會生產的兩大部類是由第Ⅱ稿和第Ⅷ稿編成的。在第Ⅱ稿中，馬克思把消費資料稱為第Ⅰ部類，生產資料稱為第Ⅱ部類；在第Ⅷ稿中，馬克思把生產資料稱為第Ⅰ部，消費資料稱為第Ⅱ部。恩格斯保留了第Ⅱ稿中關於每一部類的定義，又按照第Ⅷ稿調換了兩大部類的次序；並把原稿中“社會年總產品”改為“社會總產品”，因為不僅年總產品可以分成兩個部類，日產品、月產品，等等也可以分成兩個部類。這就使內容更加準確。又如第2篇第15章，馬克思對周轉時間對預付資本量的影響作了非常複雜、不厭其煩的計算。恩格斯把計算大大簡化。他在說明這樣做的原因時寫道：馬克思把一件實際上並不怎麼重要的事情看得過於重要了；而且，“馬克思雖然精通代數，但他對數字計算，特別是對商業數字的計算，還不太熟練，盡管他在留下的一大包練習本中，親自用許多例題演算商業上的各種計算方法。各種計算方法的知識，和商人日常的實際計算的習慣完全不是一回事，而他又如此糾纏在周轉的計算中，以致除了有一些未完成的計算外，最後還出現了一些不正確的和互相矛盾的地方。在前麵印的各個表格中，我隻保存了最簡單的和計算正確的部分。”[31]同時，恩格斯還對正文作了若幹增補，插入一些說明性的文字，增加一些注釋。經過恩格斯的改動，文體更加精練，提法更加準確，表達更加清晰。
最後，編輯加工和文字潤色。由於手稿本身的性質，編輯加工的工作量也是很大的。例如把大段的文字按照內容加以分段，把複雜的長句子改成簡練的短句；調整一些詞句和段落，使敘述更合邏輯；恢複各種縮寫和符號的原意，刪掉重複的內容；檢驗數據，核對引文出處；把夾雜著外文的句子改成德文，統一名詞術語；增加一些腳注，編製必要的索引，等等。