再有一種情況是，《史記》在“發掘”某些當時已所知很少的事件或人物時，由於素材的缺乏而不得不李代桃僵，乃至化虛為實。前麵說到過《史記》塑造的屈原形象，就是這方麵最好的例證。直到司馬遷生活的時代，屈原在人們的印象裏，包括在賈誼著名的《吊屈原賦》裏，不過是一個過度敏感和自尊而偏偏又懷才不遇的文學家而已。他在先秦文獻中幾乎沒有留下什麼記錄，所以司馬光編寫《資治通鑒》時，竟對他一字未提。司馬遷要為屈原寫傳，最大的困難便是材料不足。他的依據無非有這麼兩種:一是由屈原本人所寫、也包括後人依托屈原之名創作的那些被稱為楚辭的作品;二是武帝時的淮南王劉安遵照武帝命令撰寫的《離騷傳》。他要把屈原在楚辭《漁父》裏虛擬的“主客答問”當作他的一段真實遭遇寫進傳記裏去，其實跟屈原的故事實在太少也有密切的關係。有人甚至認為，《史記》中提到的陷害屈原的楚國貴族“子蘭”其人，實際上也根本不存在。《離騷》在極言世道衰亂、風氣澆薄、人無操守時，用了一個比喻，說百草不香，連蘭、椒這兩種最有代表性的香草，其氣味也都變臭了。而《史記》所謂“子蘭”(此人在《漢書》裏又被寫作“子椒”)，很可能就是從楚辭的“蘭椒之語”裏化出來的。在這裏我們可以發現，屈原的形象在曆史上至少經曆過兩次重大的變化。他先從賈誼《吊屈原賦》裏的一個牢騷滿腹的冤死文人(我們可以把他叫作“賈誼版的屈原”)，變成司馬遷筆下以勇於一死來向黑暗、罪惡的社會勢力進行抗爭的道德英雄(“司馬遷版的屈原”)。再後來，他又變成對自己國家愛到近乎癡情程度的一個愛國主義的典型人物，但那已經是現代的事情了(“郭沫若版的屈原”)。
最後，司馬遷其實還特別愛好講述生動曲折的故事。他既講究“實錄”，但也抑製不住“愛奇”的心性。《史記》關於戰國曆史的敘述，有將近一半來源於一本類似於《戰國策》的故事集。它顯然不屬於嚴格意義上的曆史記載。看來司馬遷並沒有仔細地考慮過，在這本書所記載的許多巧妙的陰謀故事裏，究竟哪些才真正經得起推敲、因而值得寫進嚴肅的曆史著作裏去。古人因此批評司馬遷“大膽莽撞”。有一個當代西方學者稱，司馬遷既是嚴肅的曆史學家，又是有一點華而不實的軼聞編纂者。他認為，在《史記》裏，曆史學的標準經常被“故事本身的打動力”所取代，從而使司馬遷“失去對書寫的控製”。
這麼說起來，《史記》到底還能算一本可以被我們信賴的曆史著作嗎?回答仍然是絕對肯定的!已經過去的經曆一旦成為口耳相傳或者記錄在紙上的某種敘述，其中就一定會不可避免地帶有敘述者本人主觀上對那段曆史的想象、理解和闡釋。在這個意義上，任何人都做不到完全客觀地去“複原”某一段曆史，或者所謂“還曆史的本來麵目”。司馬遷做不到，別人也一樣做不到;古人做不到，今天的人也一樣做不到。衡量一部曆史著作的好壞，不是看其中有沒有摻入作者的主觀想象和理解，而是要看這種想象或理解是否來源於曆史事實，並且是否經得起所有已知曆史事實的驗證與核查。
為了編寫《史記》，司馬遷曾利用他做太史令的職務讀遍了“石室金匱之書”(指國家圖書館的藏書)。但是除了古帝王的譜牒之外，他在當時能看到的書籍，其實並不比我們今日所能掌握的資料更加豐富多少。而要憑這點原始文獻寫一部通貫兩三千年的全麵曆史，他所麵臨的素材和資料短缺的困難是極大的。據日本學者的研究，《史記》關於周文王之前的早期西周曆史的記述，實際上就是由得自各種古書的三十七則片段敘述拚湊而成的。其中有九則源於今日已遺失的古帝王譜牒，二十四則資料來源於《禮記》、《尚書》、《詩經》、《孟子》和《韓非子》等常見著作，隻剩下四則資料來源不詳。他撰寫的孔子傳把《論語》的五分之一都作為孔子的言論抄了進去，引用的範圍涉及《論語》全部篇目的六分之五。秦始皇燒書，把除本國以外其他六國的資料都銷毀了。因此除了非常簡單的秦國編年史，還有前麵說到過的那本故事集，關於《春秋》紀事結束到秦統一的這一段，也就是關於所謂戰國時期，更是缺少可資參考的史料。所以《史記》戰國部分的寫作，隻好先根據相對來說還稍微豐富一點的秦代史料編成“秦本紀”，而後將“秦本紀”中與六國相關的信息分散到有關各國，製成“六國年表”。再據年表、各國君主譜係和戰國故事寫成韓、趙、魏、楚、燕、齊等世家的戰國史部分。我們所以要指出司馬遷的種種苦心經營，因為隻有這樣才可以看出，這部曆史書的寫作，在把盡可能多的資料和作者個人對這些資料的認識盡可能完美地結合在一起的方麵，已經達到了何等了不起的程度。《史記》創立了一種綜合的敘事體裁，分別由本紀(編年史)、表(按專題製作的曆史年表)、書(政治、軍事、經濟、思想文化等方麵的專題性記載，後代改稱“誌”)、世家及列傳(王族家庭史和一般人物傳記)等四部分構成。它成為曆代王朝在此後兩千年裏編寫“正史”的標準範式。