官吏屢屢得咎，使得朝廷之上人心惶惶，人人生怕禍及己身。尤其是汪廣洋被賜死，更使胡惟庸覺得震動，他知道朱元璋遲早要懲治自己，就下定了反叛的決心。
首先，他把那些遭到朱元璋懲治而心懷不安的官吏爭取過來，結成黨羽，然後又托親家李存義到他的哥哥李善長那裏探聽口風，李善長知道這是禍滅九族的事，起初不肯應允，經李存義再三說明利害，最後默許了。
從李善長的態度裏胡惟庸得到了鼓舞，於是加緊謀反的準備活動。他把一些亡命之徒結納為心腹，又暗地裏招募了一些勇士組成衛隊，並把天下兵力部署情況了解得一清二楚，再派人去同東南沿海一帶的倭寇聯結，引為外援，還結交了一些掌握兵權的人，準備一旦事發，就起兵響應。他又秘密結交日本國派來的貢使，作為事敗之後的退路。
胡惟庸在覺得一切準備完畢之後，就於洪武十三年（1380年）正月，奏告朱元璋說京宅井中出了一眼甜泉，乃是大吉大利之兆，請朱元璋前去觀看。朱元璋竟信了他的話，車駕從西華門出發，準備前往。就在這時，內使雲奇突然闖入蹕道，勒住了朱元璋的馬韁繩，極力勸阻朱元璋，說是不可前往，由於情勢太急，雲奇聲調急促，以至不能說得明白。朱元璋見此情景大怒，以為雲奇放誕不敬，就喝命左右用金錘撾擊。雲奇斷了胳膊，撲倒在地，氣息奄奄，但卻用手指著胡惟庸宅第的方向。
這時，朱元璋忽然有悟，忙登上高處向胡惟庸的宅第方向看去，但見胡宅中隱隱透出兵氣，朱元璋大驚，立即發兵前往捕捉。不一會兒，羽林軍就將胡惟庸及埋伏的甲士捉拿歸案，經人對質，胡惟庸無法抵賴，隻得承認。
胡惟庸被牽至市曹，淩遲處死。
朱元璋當然不肯罷休，派出官吏四處拷掠，把胡惟庸一案的新賬舊賬一同清算，由擅權枉法到私通日本、蒙古，再到串通李善長等人謀反，由此牽連到的胡惟庸的親族、同鄉、故舊、僚屬以及其他關係的人皆被連坐族誅，此案先後殺掉了三萬多人。
過了十二年，藍黨之獄又成。
涼國公藍玉，是著名的武將，也是開國功臣，但為人桀驁不馴。藍玉與太子朱標是間接的親戚，往來很親密。藍玉在北征時看到燕王朱棣的行止，深感不安，回來後對太子說：“我看燕王在他的封地裏實在是太威風了，其行止不亞於皇帝。我還聽說燕地有天子氣，願殿下細心防備，免生不測。”太子生性忠厚，不願生事，就對藍玉說：“燕王對我十分恭順，決不會有這樣的事。”藍玉見太子不信，隻好自找台階說：“我蒙受殿下的恩惠，所以才秘密地告訴你涉及利害的大事。但願我說的不中，不要被我言中。”
不久，太子病死，朱元璋覺得燕王朱棣為人陰鷙沉穩，很像自己，就想立他為太子，但一些大臣反對，覺得於古禮不合，也對其他皇子無法交代，朱元璋隻得立了朱標的兒子做皇太孫。
燕王朱棣見太子已死，無人替藍玉說話，在入朝奏事的時候就對朱元璋說：“在朝諸公，有人縱恣不法，如不處置，將來恐成尾大不掉之勢。”朱棣雖未明指藍玉，但大家心裏都清楚，藍玉曾在太子麵前說過朱棣，朱棣現在要施行報複了，再加上“縱恣不法”四字，更是確指藍玉。
在這種情況下，藍玉竟還率性而為，一點兒也不檢約自己。他出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌衛的叛帥，自認功勞更大了，愈發得意揚揚，本以為回朝後定會大有封賞，沒想到朱元璋根本就不理他。到冊立皇太孫時，他滿以為會讓自己做太子太師，卻沒想到自己還是太子太傅，反倒讓馮勝、傅友德兩人做了太子太師。藍玉十分憤怒，扯著袖子大喊道：“難道我還做不得太子太師嗎？”他這一番鬧騰弄得朱元璋更不高興。
自此以後，藍玉上朝奏事，沒有一件能夠獲準，但他不僅不知收斂，還更肆無忌憚，即使陪皇上吃飯，也出言不遜。一次，他見朱元璋乘輿遠遠經過，便指著說：“那個乘輿的人已經懷疑我了！”
此語一出口，大禍即來。其實，藍玉並未像胡惟庸那樣謀逆，隻是“禍從口出”罷了。
錦衣衛聽到了這句話，立刻告及朱元璋說藍玉謀反，並說他與鶴慶侯張翼、普定侯陳桓、景川侯曹震、舳艫侯朱壽、東莞伯河榮、吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等人設計起事，欲劫皇上車駕。朱元璋聽了，正想殺人而找不到借口，便不問青紅皂白，一齊拿到朝廷，並親自審問，再由刑部鍛煉成獄，以假作真，全部殺死。