從下達《定國是詔》起至變法被徹底鎮壓的一百多天裏，光緒共下詔書一百一十多道，有時一天竟達五六道之多，其改革內容包括：設立學堂、學習西學、派人出國遊曆學習；改革科舉、廢除八股；獎勵創辦報刊、提倡上書建議；鼓勵修鐵路、開礦業及農工商業；獎勵新發明、新著作；撤驛站、辦郵政；裁減官員、精簡機構、改訂規章條例；改革軍隊訓練、對海陸軍用新法操練；改革財政、製定財政預算；準許旗人自謀生路等等。
毫無疑問，這些對政治、軍事、經濟、文化等領域進行全麵改革的措施對於增加中國的國力是有用處的，但其中許多措施觸及了封建守舊派的觀念和利益，因此，這些引起了他們的恐慌和憤怒，他們鼓動慈禧太後堅決地消滅改革。
慈禧太後對改革本身不同意，她是封建守舊派的代表，根本就沒有改革的思想和素質。更重要的是，她絕對不願意放棄權力，如果光緒的改革繼續深入發展下去，取得了一定的成效，在朝野之上贏得了人心，她就再也無法控製朝政了。因此，慈禧太後決不允許光緒的改革獲得成功。
在“百日維新”中，許多守舊大臣拒不執行維新措施，不僅當麵“勸諫”光緒皇帝，還壓住詔令不往下傳，或是扣住奏章不送上達。一怒之下，光緒就罷了許多人的官。在處理一次扣壓奏章不報的事件之中，光緒一下子就罷了六個大臣的官，造成了轟動一時的“罷黜六堂官”事件。
當然，慈禧太後一刻也沒有放鬆對光緒的警惕，她躲在頤和園裏，對光緒的一舉一動全都清清楚楚。早在下達《定國是詔》的時候，慈禧就連下三道“上諭”，罷了翁同龢的官，使光緒失去了左膀右臂，並命凡二品以上的大官均須到太後麵前謝恩，牢牢地掌握了人事大權。
在“六堂官事件”之後，慈禧更是加緊密謀，準備以武力挾製光緒。她命掌握軍隊大權的榮祿調派軍隊，包圍北京。於是，榮祿把當時清朝最為精銳的幾支陸軍調到了北京的周圍：聶士成的武毅軍調駐天津，董福祥的甘軍調駐長辛店。慈禧還派親信重兵嚴密護衛頤和園。這樣，慈禧就有恃無恐了。
有意思的是，相對於慈禧太後的十萬雄師，光緒的改革者隻是幾個文弱書生。在“百日維新”期間，光緒授予了譚嗣同、劉光第、楊銳、林旭等人四品官位，擔任軍機處章京，做文書工作，人稱“軍機四卿”，再加上康有為、梁啟超，也不過六人。而這些人一點兒軍政實權都沒有，隻能今天上一個奏章，明天上一個奏章，連光緒的麵也見不上。而光緒呢？今天一個詔令，明天一個詔令，至於能否實行，天才知道。這種變法在思想文化上的影響固然是巨大的，但在實際操作上，無異於兒童過家家，大人一來，小孩就隻有散夥了。
光緒對於慈禧太後的陰謀一無所知，隻是從每日朝見慈禧太後的感覺中，覺察到大事不妙，於是，他寫了幾道“密詔”，要康有為到上海辦報館，實是要他去避難。等光緒密召楊銳入宮，向他說明緊急情況，要他設法時，楊銳驚慌失措，竟冒出了一句書生氣十足的話：“這是陛下的家事，應當同你家裏人商量。”至此，光緒已完全絕望，他慌亂、焦躁、憤怒，但卻一籌莫展，知道自己隻能坐以待斃。
但他還想作一番努力。當時，袁世凱正在北京，光緒就於9月16日召見了袁世凱。在光緒看來，袁世凱對維新變法一貫表現得較為積極，他想爭取袁世凱的軍隊，也許會有挽回敗局的希望。在與袁世凱麵談時，光緒對他備加稱讚，並大升其官。袁世凱先是一驚一喜，隨後就恍然大悟，明白了光緒是想利用自己。袁世凱權衡了各方力量之後，跑回天津駐軍所在地，向榮祿告密。榮祿得訊，當晚就乘火車從天津趕往頤和園，向慈禧報告。
9月21日，慈禧太後從頤和園回來，光緒慌忙跪地迎接，慈禧太後聲色俱厲地把他訓斥了一番，以光緒的名義下了兩道“上諭”，宣告光緒退位，自己重新訓政。慈禧把光緒囚於瀛台，又抓捕了康廣仁、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等人，並將他們斬於北京菜市口，這六人史稱“戊戌六君子”。
從1898年6月11日光緒發布《定國是詔》始，到9月21日慈禧重新執政，變法前後共一百零三天，史稱“百日維新”，又因光緒二十四年是戊戌年，故又稱“戊戌變法”。
這場維新變法運動就像變戲法一樣失敗了。帝國主義列強看到這種情況，知道中國政治更加腐敗，便繼續大舉進攻，而國內反帝愛國的義和團運動也轟轟烈烈，在這兩股力量的夾擊之下，慈禧集團無力應付，但又對列強宣戰，後來被迫逃出北京。這時的光緒帝雖是囚徒，對時局卻有清醒的認識，他仍希望暫時穩住帝國主義列強，待國力強盛之後再圖良策，但終未被慈禧接受。1900年8月，八國聯軍兵臨城下，慈禧隻好慌忙逃走。出逃時，她挾帶光緒，把光緒最為寵愛的妃子兼同道者珍妃活活推入井中害死。第二年，慈禧又挾持光緒從西安返回北京。這時的光緒，在經曆了大風大浪之後逐漸地成熟起來，更加堅信中國隻有變法圖強才能免於被帝國主義列強滅亡的命運，他念念不忘變法，並一直希望在慈禧太後死後自己能重掌大權，重行新法。但是，曆史始終沒有給他機會搬倒慈禧這座壓在頭上的大山。