清鄉在日本侵略者和汪偽政府看來，不啻他們“強身健體”的良藥，實際上這是他們試圖抓住的救命稻草，他們是抱著必成的心態來推行所謂的“清鄉”工作的。所以日本人和漢奸們都對此極為重視，進行了相當周密的籌備工作。光是“清鄉委員會”的籌備談話會，就在李士群的主持下召開了八次。
鑒於以往的類似活動，如華中的“掃蕩清剿”和華北的“治安肅正”屢遭失利的情況，他們決定在“清鄉”中實行更為狡猾和毒辣的方式。李士群就叫囂，要“軍政並進、剿撫兼施、由城而鄉、遍及全區”。晴氣慶胤也強調，“清鄉”工作相輔而行，可謂三分軍事七分政治，以政治為中心而以軍事推動之，且特工又從旁協助。總而言之，就是要通過暴力和蠱惑兩大手段，來達到他們實現對占領區域牢牢控製的目的。
經過商議，他們確定了“清鄉”的步驟。第一步是“軍事清鄉”，辦法是所謂的分區肅清。第二步是“維持治安”，“在封鎖線內收編遊兵股匪，撫緝遊亡離散”，對抗日軍民“設法感化，令其誠服來歸，為政府效命”。第三步為“整理建設”。“嚴整保甲編織，整頓農村生產，推動教育發展，加強黨務活動及訓練民主，擴大宣傳，調整交通，調劑金融等”。準備通過蠶食的方式，一步步實現他們的目的。他們還確定了先從京（南京）滬線沿線展開的具體工作步驟，製定了大批法規，訓練了眾多的專門人員。
1941年6月，罪惡昭彰的“清鄉”開始了。李士群他們在蘇州設立了“清鄉委員會”辦事處，李士群自兼處長，副處長則由汪曼雲兼任。他們疊床架屋地設立了一大堆下屬機構，儼然一個小朝廷的規模。同時，南京的清鄉委員會的各機構也改歸辦事處指揮，除了留下少量秘書人員駐南京辦公外，其餘人員被李士群悉數帶往蘇州。實際上，“清鄉委員會”變成了一個空架子。
事實上，“清鄉”的一切活動都是在日本人的監控下進行的。在駐蘇辦事處成立的同時，日本侵略者的各路人馬也紛紛來到了蘇州。日本第十三軍團設立了由一名少將主持的“清鄉指揮部”；汪偽政府軍事顧問部也派出了由晴氣和小笠原負責的出張所（即支所，支部）；甚至一手策劃了汪偽傀儡政權的“梅機關”也拋頭露麵，設立了出張所，日軍的江蘇聯絡部則把常駐的聯絡官派進了各個區公署。這些機構名義上都是要負責日本有關方麵和“清鄉”各環節的聯係、聯絡工作，實際上是對“清鄉”進行指揮和控製。日本人所謂的“自治”、“全不幹預”等謊言不戳自破。
“清鄉”的第一階段於1941年夏至1942年夏期間在蘇南地區進行，主要包括蘇州、常熟、太倉地區和無錫、武進、江陰地區，共分三期。
第一期是在1941年7月至9月間完成，在吳縣、常熟、昆山和太倉幾個縣的部分地區進行的。日軍、偽軍和偽清鄉警察總隊向蘇、常、太地區的新四軍和遊擊根據地發起了猖狂的進攻。他們采用閃電戰術，從四麵八方分十幾隊、幾十隊，對這些地區進行梳篦、拉網式的進攻和搜索，試圖消滅地區內的新四軍部隊和中共黨政機關。緊接著，他們就設立了大量據點，構築電網、鐵絲網、竹籬笆，設置“檢問所”，設立碉堡、瞭望哨，對清鄉地區實行全麵封鎖，繼而進行“政治清鄉”，實行偽化統治。由於缺乏反“清鄉”鬥爭的經驗，該地區的新四軍部隊對敵情的判斷出現了失誤，僅以一般的“掃蕩”對待，結果蒙受了較大的損失。
第二期“清鄉”的目標為無錫、常熟、江陰三縣的部分地區，第三期移到昆山、吳縣、無錫三縣在京滬鐵路以南的地區，以及江陰、武進兩縣的部分地區進行。在這兩期的“清鄉”中，“清鄉”地區的抗日軍民吸取了蘇、常、太地區的反清鄉鬥爭經驗，準備充分，部署周密，基本達到了隱蔽和堅持的目的。
李士群竭力推行“清鄉”還有他不可示人的隱秘目的，那就是進一步攫取權力，而偽清鄉委員會的各項條例和法規為他打開了方便之門。根據相關規定，“清鄉”地區的行政、稅賦、教育、建設等諸項大權，不論原來是屬於中央還是地方，一並劃歸為“清鄉”機構，待“清鄉”完成後再交由原屬機構接管。如此一來，原屬偽江蘇省政府的大權實際上就轉移到了李士群的手中，使他成了另外一個江蘇省政府主席！
但李士群權欲熏天，不滿足於實際上的權力行使，他還要來個名至實歸！江蘇省政府主席高冠吾雖然隻剩下了一個空殼，但絲毫沒有讓出的意思。他又不好明搶明奪，隻好按捺住心中的癢癢，以待時機。