魏晉天師道的另一個趨向，是自發地向士族社會發展，沿著士族神仙道教的軌道演變。一些世家大族如琅玡王氏、義興周氏、高平郗氏、吳郡杜氏、殷川庚氏、泰山羊氏、會稽孔氏、陳郡殷氏、吳興沈氏、譙’國桓氏、晉陵華氏、東海鮑氏、陽夏謝氏以及丹陽葛氏、陶氏、許氏，還有北方的清河崔氏、範陽盧氏、馮翊寇氏、京兆韋氏、天水尹氏等都世代信奉天師道，成為著名的天師道世家。晉王室司馬氏也信奉天師道，服食養性，修長生術，和天師道徒往來不絕。天師道在門閥士族中間廣泛傳播開後，還出現了不少士族家庭自主經營的教團。這些士族天師道徒以自己的宅邸作治，自己管理道室，在家族中進行道教活動。例如錢塘杜明師經營的杜治，就是以士族家庭立治獨立經營的天師道教團，在當時頗有影響。著名書法家王羲之一門世代奉道，其子王凝之便在自己家中設立道室進行道教活動。這些上層士族天師道徒，不僅沿襲天師道的那些上章、祈禱、服符水、讀《道德經》等舊道法，而且還把神仙道教的采藥、辟穀、服食養性等黃老之術融合進去。他們在名山築宅清修，使天師道沿著神仙道教的軌道發展。
魏晉時期，上層天師道逐漸發展為士族神仙道教，下層天師道也在民間流傳不熄。晉惠帝太安元年（302），巴蜀地區又暴發了李特、李雄領導的流民起義，流民領袖多為張魯天師道徒的後裔，以及世奉巫鬼道的少數民族首領，因之天師道成了這支流民軍隊的宗羲信仰和旗幟。他們得到隱居青城山的道教領袖範長生的支持，竟於永興元年（304）在蜀郡建立政權，國號大成。範長生在光熙元年（306）勸李雄稱帝，被封之為“四時八節天地太師”，天師道遂成了成漢政權的國教。東晉永和三年（347）桓溫伐蜀，成漢才亡，這是繼張魯之後四川出現的又一個延續了四十三年的道教王國。這說明巴蜀地區天師道在民間的影響力一直很大，直至《隋書·地理誌》，仍記載漢中之人，好祀鬼神，“崇重道教，猶有張魯之風焉。”
東晉時，錢塘杜氏世奉天師道，杜子恭（杜炅）為東晉天師道著名高道。杜子恭以道術通靈，江南子弟多奉事之，建立了多達萬戶的天師道道團。其家族中又有高道杜叔恭（杜炅），自稱夢感張魯親授道法，以章書符水為人治病，能知人禍福，組成龐大天師道教團，世稱杜明師。杜子恭去世後，教權落入琅玡孫氏手中。孫泰習養性之術，百姓敬之如神，遂不斷擴大教團，結交王侯，私集徒眾．聲言晉祚將終，竟被司馬道子所誅。其侄孫恩逃於海島，糾合徒眾數萬人，於隆安三年（399）興兵複仇，殺會稽內史王凝之，旬日之間四方應者眾數十萬，利用民間天師道組織了一場農民起義。孫恩於元興元年（402）兵敗赴海自沉後，其妹夫盧循又率眾轉攻廣州。義熙七年（411）盧循和徐道覆率兵北上，後被劉裕擊敗。這場農民戰爭曆時13年，殺死了一些充任朝廷官吏的士族天師道徒，加速了晉王朝的滅亡，民間天師道亦因此一蹶不振。孫恩教團號其徒眾日“長生人”，投水而死者稱“水仙”，這說明晉代民間天師道亦接受了神仙道教的長生成仙信仰。琅玡孫氏所傳天師道雖遭鎮壓，但杜子恭後世子孫如杜道鞠、杜京產，仍為著名高道，世傳天師道不絕。