1.明神宗調兵遣將
島山大戰失利之後，明軍進入了一個多事之秋，壞消息接連不斷。其中最令人痛心的是李如鬆殞身沙場。
第一次東征之後，李如鬆被明神宗冷落五六年之久。萬曆二十五年(1597)冬，遼東禦倭總兵官董一元赴朝作戰，朝中大臣推薦了好幾位接任者，但明神宗念念不忘李如鬆，特旨起用。盡管大臣屢屢反對，但明神宗主意已定。次年正月初九，明神宗任命李如鬆為遼東總兵兼備倭總兵官。
遼東，九邊之首，北京肩背，對防禦蒙古、女真和拱衛北京具有重要的戰略意義。遼東總兵兼備倭總兵官無疑是征倭的後備統帥。明神宗再次起複李如鬆，令其萌誓死以報之誌。
四月，韃靼進犯遼東，李如鬆率精騎五六千，輕敵冒進，被韃靼數萬兵誘至撫順渾河太清堡，初六中伏身亡，副將以下參將、遊擊共五人，及千總、把總二十四人，士卒三千餘人陣亡。
噩耗傳來，明神宗如斷一臂，不勝哀痛，加祭塋葬、諡忠烈，祭十九壇。
朝鮮人民緬懷李如鬆的光輝戰績，五月二十四日，國王李昖下令在平壤設
下祭堂，掛上李如鬆的遺像，讓朝鮮人前去吊唁。明朝人見了遺像，遙想將軍當年雄姿，無不谘嗟歎息。
十八世紀的朝鮮哲學家李德懋寫下《碧蹄店》一詩，憑吊這位抗日名將：
天兵癸巳齒倭鋒，鐵馬啼勞膩土濃。
未抵輕儇蝴蝶陣，臨風痛哭李如鬆。
李如鬆的悲痛還沒過，明神宗又聽到心煩的消息：初八，水師統將陳璘的廣東兵在山海關嘩變。
但最讓皇帝憂心的還是遼東，蒙古人和女真人正虎視眈眈。十三日，明神宗讓尚在朝鮮征戰的李如梅回到遼東，以代其兄。二十日，明神宗任命李如梅為遼東總兵兼備倭總兵官，董一元為禦倭總兵官，兼任征倭中路軍統帥。
當明神宗正為遼東、朝鮮忙得焦頭爛額的時候，邢玠的奏報又使他沉浸於極度的悲痛之中。就在董一元被任命為中路軍統帥的同一天，副總兵李寧遇襲陣亡①。這是兩次東征期間明軍陣亡的最高級別將領。
當時日本人瘋狂侵掠居昌等地，李寧率騎兵兩千，自安東城向居昌進軍，遏製日軍北上。這時李寧也犯了李如鬆式的錯誤，聽到日本人從山陰來犯，隻率領一百三十餘人，長驅直入，在鹹陽沙斤驛洞口與日本人遭遇。日本人在山丘背後埋下伏兵，將李寧誘至埋伏圈。結果李寧輕敵中伏，遂遭不測。親兵把總李欒率家丁六百，前去援救，也僅以身免。消息傳來，朝鮮上下震驚。
一個多月之間，兩位總兵犯下同樣的失誤，這讓明神宗意識到將帥的重要性。再加上楊鎬革職而去，朝鮮將帥緊缺。明神宗不得不把精力集中在東征一事上。
六月初九，明神宗特令給事中徐觀瀾查勘東征軍務，監督明軍，緊接著旨令朝臣推選楊鎬的繼任者。在十三日的九卿科道會議上，產生了一份候選人名單。吏部兩位：萬世德與梅國楨；兵部三位：汪應蛟、李植、王見賓；風力科臣一位：侯慶遠。最後由皇帝聖裁圈定了汪應蛟一人。四天後，汪應蛟升任經理朝鮮軍務。
① 此次東征將領中有兩個李寧，一個是副總兵李寧，一個是參將李寧。
汪應蛟，字潛夫，江西婺源人，擅長水利治理。
二十三日，正當這個農田水利學家整裝待發時，一道聖旨又下來，改天津巡撫萬世德接替楊鎬，讓汪應蛟去當天津巡撫。明神宗的反反複複，表明了他的極度焦慮。
萬世德，號震澤，山西太原偏頭關人。史稱他在青海湟中治兵，多建功績。萬曆二十五年(1597)九月十日，萬世德擔任抗倭的後方基地、兵工廠——天津的巡撫。治津期間，萬世德開墾農田，增收賦稅，鞏固海防，有力地支援了朝鮮前線的抗日鬥爭。由於他在陸地防禦、海上作戰、後勤供給方麵經驗豐富，所以被明神宗重用。
經略邢玠也從島山戰役中吸取教訓，認為明軍此役戰敗，缺乏水師支持，李舜臣也沒有應約赴戰，讓日本人橫行大海，隨意增援。而朝鮮水師雖然英勇善戰，但僅兩千餘人，隻能進行一些騷擾。要想徹底消滅日本水師，還需從明朝調去大量的戰船和兵力。邢玠上了一道奏折，讓明神宗作出了一個扭轉第二次東征戰局的英明決策——派遣水師入朝作戰。
國內的增援部隊源源不斷趕往朝鮮，都督陳璘的廣兵，鄧子龍的浙、直兵，劉給廷的川兵。據楊鎬開出的增援部隊名單，連原先駐朝明軍，一共八萬七千四百八十人。其中水師部隊六千一百八十人：福建遊擊許國威，領兵一千一百八十，總兵陳璘本營，領廣東兵五千。
陳璘，字朝爵，號龍崖，廣東翁源縣龍田鋪人。璘少懷大誌，身材魁梧，膂力過人。《明史·陳璘傳》稱：“陳璘有謀略，善用兵。”陳璘二十一歲即奉命平亂，三十年間身經數百戰，大戰大勝，小戰小捷，鮮有敗績。萬曆二十一年(1593)，明神宗命他統薊、遼、保定、山東軍，禦倭海防。後封貢議起，改調協宗漳、潮，實任南澳島副總兵。後被奏劾，複罷官歸。陳璘是東征明軍中作戰經驗最為豐富的將領之一，堪稱明朝水師第一悍將。