閑山島慘敗之後，朝鮮水師殘餘人員紛紛逃散西南海域各個島嶼。於是，李舜臣派遣部下，到各個島上招集失散的水師將士，人們又紛紛聚集在李舜臣的旗幟之下。從此，一支強大的朝鮮水師又活躍在朝鮮西南海麵上，不斷地襲擊著日本人的運輸船隊……
6.九月獄案潮
得到南原敗訊，豐臣秀吉背棄和議，再次悍然入侵朝鮮，殘殺官兵，荼毒朝鮮，如同洪水猛獸，明神宗赫然震怒，下旨避正殿、減膳、撤樂，自我貶責，以期消災彌難。
至此，明神宗一改第一次東征時期遊移和戰、搖擺不定的態度，抗戰立場更加堅定，不惜傾全國之力，務必要剿滅倭患。
明神宗首先賦予前線將帥專斷的權力。
萬曆二十五年(1597)五月，經略邢玠上奏朝鮮軍情。明神宗敕諭回複：
朕以東事專付於卿，決不中製，亦不為語言所惑。中外各衙門都要協心共濟以圖成功，探報但求的確，不必拘定日期，一應兵糧事宜，上緊題複，無得輕聽讒言，致令掣肘誤事。
然後就是大發援兵。
九月初九，明神宗命陳璘為副總兵，統領廣東營兵五千赴朝。次日，又命浙江道禦史陳效為朝鮮監軍，取代蕭應宮，記錄明軍征伐功次。
最後，對主和派進行徹底的大清洗，懲治出兵不積極或推諉不力的大臣。萬曆二十五年九月，成為東征以來熱鬧非凡的一個月。
明朝因朝鮮之事，先後處罰了幾位重臣。朝中大臣如多米諾骨牌似的，一個接一個倒下，九月獄案潮拉開帷幕。
九月獄案潮是從蕭應宮、沈惟敬案開始的。
七月初七，楊元親自押送沈惟敬到朝鮮王京，並準備把他送回明朝。沈惟敬是投機無賴之徒，料想回到明朝，必受重責。
一個將要淹死的人，連一棵水草也不會放過！
於是，他四處活動，百般騰挪，以求脫身。可是，沈惟敬通敵賣國，明軍將士以及朝鮮君臣對他恨之入骨，都想把他烹熟了吃，有誰願意替他求情？
正當沈惟敬為脫身之計急得團團轉時，山東按察使蕭應宮來到王京。沈惟敬眼睛一亮，救星來了。
蕭應宮，號觀複，江蘇常熟人，與沈惟敬的老家嘉興甚近。第二次東征時，明神宗任命蕭應宮為征倭大軍的監軍①。沈惟敬自以為找對了人，就向蕭應宮行賄，求他上奏折一封，為自己脫罪。
眼睜睜看著老鄉去死，不管怎麼樣說，總不好過。拿人錢財，替人消災。於是，蕭應宮以監軍之名，給仍在遼東的經略邢玠寫了一封信，信中說：“經理楊鎬認為，他可以擔保沈惟敬無過錯，即將上奏朝廷。”
邢玠覺得很驚訝，沈惟敬之惡，世人皆知，蕭應宮竟然為沈惟敬辯白脫罪。那就叫蕭應宮把奏疏寫出來吧。蕭應宮卻陰得很，自己不寫，而是叫同黨、邢玠帳下的兩個參謀人員——讚畫楊位、丁應泰極力為沈惟敬救解。
楊位、丁應泰二位給邢玠寫了封文書：“蕭應宮說，沈惟敬的事，他已經查出，倭將加藤清正與朝鮮僧將鬆雲惟政曾於書信往來中提到，朝鮮舊時常常向日本關白進獻方物。所以，議和之時，關白責怪朝鮮，並且索要王子與陪臣。朝鮮的每一個人，沒有一個可以擔當重任，但是朝鮮王子、陪臣又不肯去日本。朝鮮使臣就愚弄中國去跟倭奴拚命。朝鮮人甚至儲存糧餉，卻故意隱藏起來；有貨物，卻故意捐棄掉。使得明軍深入朝鮮國千餘裏，而三軍缺乏糧餉，束手無策。我仔細審查朝鮮的情狀，不能不可憐沈惟敬，也不能不對朝鮮動怒。之前屢次批說邢總督杜絕部下進言，就是想讓邢總督好自為之，不要到了朝議時眾口責斥的地步。果然，最近屢屢有上疏言事的。現在事態急迫，我敢擔保沈惟敬，已經把擔保狀書給邢總督和楊經理了。假如肯定無法挽救沈惟敬，我當自己去救他。”
最後一句：“倭子並沒有其他意圖，沈惟敬也沒有其他的隱情。其他人都是無端揣測的。”
蕭應宮簡直中了沈惟敬的魔道，不顧一切，瘋狂地為他辯誣。
沈惟敬還與蕭應宮晝夜相會密談，威脅朝鮮大臣李德馨，要朝鮮同日本人講和。蕭應宮給李德馨一張字條，上寫：“貴國不審時度勢，隻想讓天兵出戰。戰而獲勝，三年之內，朝鮮必亡國。戰不勝，那麼禍害就在眼前。”並急催李德馨回話。