不過，在這麼一片讚成的呼聲中，唯有日本支支吾吾、躲躲閃閃的始終不願意表態。對於日本來說，細菌戰雖然讓自身士兵也產生傷亡，但是卻讓俄軍傷亡更大。已經沒有任何戰略縱深的俄軍，在遭遇細菌戰時幾乎等於坐地等死。
日軍參謀部相信，最多一個月，如果俄國得不到大量疫苗或抗病毒血清，整個斯大林格勒包括其周圍近200萬平方公裏，將變成一片恐怖的死域。同時，幾乎沒有更加經濟有效的戰爭方式，比細菌戰更讓拮據的日本財政欣喜的戰爭手段了。
此時，長時間戰爭以及高死亡率，讓日本青壯死亡比例非常高，而日本國內經過中國那次極端打擊以及規模越來越大的戰爭消耗，幾乎已經成為赤貧國家。如果不是占據了富饒的東南亞以及物產豐富的印度，並征調部分印度人加入軍隊和販賣勞工，石原莞爾相信此時日本早已不戰自潰。
正因如此，細菌戰彬山元借機發起細菌戰，獲得了日軍參謀部以及日本內閣的一致同意，而隨後的戰果更是讓日軍參謀部上下欣喜若狂。此時，在日本參謀部和陸軍士官眼中，那些可以大量衍生複製的細菌，以及那些攜帶這些“看不見的士兵”的老鼠都顯得那麼“可愛”。彬山元為慶祝勝利，甚至特地製作了一頓小白鼠宴席，犒勞那些參與細菌戰的士官。
因此對於來自中國的聲明，已經嚐到甜頭的日軍當然極為反對，不過因為其前線補給受製於中國，而中國也擁有大量疫苗和防疫手段，還可以直接對日本本土實施打擊，並不懼怕來自日本的這種威脅，迫不得已，日軍參謀部這才以拖延、沉默、不合作以示反對。
然而，日本的這種反對很快就引起羅斯福的強烈不滿。9月6日晨，再一次致電日本天皇沒有獲得答案後，憤怒的羅斯福當即直接命令駐阿拉斯加的轟炸機大隊，出動5架遠程轟炸機轉場至更接近於日本本土的阿留申群島一處軍事基地，於此同時，一架負有特殊使命的運輸機從紐約越大西洋向非洲飛去。
此時日本雖然已經建立了比較全麵的防空網，但缺少雷達等探測設備，對趁著夜色而來的美軍遠程轟炸機依舊防範不足。7日淩晨，5架自阿留申群島前沿基地起飛的遠程轟炸機，經過將近5000多公裏長途飛行，出現在東京上空。
經過一場異常慘烈焚毀的東京，此時剛剛有所恢複，並且也建立了比較周全的消防措施，然而此次美軍投下的並不是凝固汽油彈！美軍遠程轟炸機在確定目標後，根本沒有進行俯衝攻擊，十幾枚標誌特殊的炸彈瞬間從高空投入東京市區的懷抱，隨後這5架轟炸機一個盤旋，月光下約十餘束“傘花”隨即向東京飄落。
當夜，石原莞爾在睡夢中被叫醒，東京警視廳廳長、東京防衛廳長麵色極為沉重，不等石原問話即向其鄭重彙報：
“閣下，敵遠程空軍突破東京防空，帝國首都受到敵軍幾十枚劇毒化學彈攻擊，並且，敵機在已經在首都空降大量攜帶未知病毒的病原體！懇請閣下請示陛下，準許警視廳立刻對東京實施戒嚴，調動防疫部隊立刻對可疑地區采取搶救措施，同時請盡快轉移我皇陛下！”
冷汗當即從石原莞爾額頭冒出。
“攻擊來自何方？”
“閣下，根據降落傘上的標誌，應該是來自美國，我已經通告其他城市進行防備，各地飛行大隊已經快速升空，並對敵展開搜索！”
“美國？你們做的很好！命令防疫部隊立刻全員出動，我這就去懇請陛下暫時離開東京！”
打擊並沒有就此停止，在東京投下生化炸彈的5架美軍遠程轟炸機，因攜帶彈yao過多、燃油不足以支撐其向回飛行，最終穿越對馬海峽向已經在中國控製之中的朝鮮半島飛去，而清晨，總計50餘架攜帶生化炸彈的中程轟炸機配以各式戰機，齊集土耳其東部各隱蔽機場，正等待命令準備對彬山元部發起空襲。
羅斯福需要日本清楚的認識到，進行生化戰，其缺少戰略縱深的本土更容易成為生化戰的祭祀品！