除了製度這種客觀必然的異化之外，還存在一種異化現象，這就是由於製度主體之間的不平等所導致的製度異化。對於一部分製度主體來說，他們發現遵守製度不是為人自己遵守製度，而是為另外一種與自己不平等的主體在遵守製度，或者說是為遵守製度而遵守製度，這個時候人就會發現自己遵守製度的效益不為自己所有，而是為要求自己遵守製度的別的主體所有。那麼這個時候，遵守製度對於人來說就是一種苦惱，這種活動就必然給別的什麼人帶來享受和歡樂。如果說人自己本身的活動對人來說是一種不由自主的活動，那麼，這是因為人自己本身的活動是替別人服務的、受別人支配的、處於別人的強迫和壓製之下的活動。在這樣的情況下，製度就不再是促進人的發展的中介物，而是維持一部分人的發展以另一部分人的受壓製為代價的這樣一種狀態的工具。這個時候，製度就走到了自己的對立麵，製度異化就形成了。
其次，製度從形成秩序走向破壞秩序。
在製度實施過程中，極容易形成一種“製度悖論”。所謂“製度悖論”是指社會現實中的製度規則既是秩序之源，又是混亂之源。其實這就是製度異化的一種表現。比如為了建立市場經濟秩序，需要一係列的強有力的規章製度作保障。但當我們賦予這些製度以足夠的權威與力量的時候，卻發現這些製度規則會發生一種質的變化，一種與其出發點截然相反的變化，“異化”成為某些社會群體和某些人“卡、管、要、罰”，去壓製別的群體，形成部門壟斷的工具。社會市場經濟秩序不僅沒有得到維護，反而更加紊亂。
製度規則是確定的，但規則的運用是有空間的，尤其是當規則與不同對象結合的時候，就會表現出不同的意義。按理說，規則麵前人人平等，規則對任何人都是有約束力的。但是在現實社會中，往往會形成規則的行使者與規則的受約束者兩個群體，而且這兩個群體在很多的時候是有一條清晰的、凝固的界限的。規則行使者認為它永遠是規則的行使者，規則也永遠不會約束到自己身上。所以就不斷地強化規則，甚至希望進一步擴大規則的使用範圍和使用強度；而規則的受約束者同樣也形成了一種心理，這就是所謂規則就是用來約束我的，遵守它對自身沒有一點效益。總是希望去規避規則、破壞規則，直至取消規則。在這樣的情況下就出現了規則導致衝突，進而使社會失去秩序。
以現實社會中維護社會市場經濟秩序的一些製度為例。在轉型社會中，有一些製度不是市場主體各方博弈的產物，而是帶有“維護”行政壟斷等舊體製的痕跡，或者過於“精英化”的理性建構和設計。加之這些製度又有著明確的執行主體，就是政府部門和政府部門的官員。當政府自身行為不規範時，行政權力往往把監督規則的執行與實施演變為“收費站”。所以，行為主體一方麵感到製度規則是“外在”於他們的，並不反映他們的利益，因而無法或無“激勵”遵循；另一方麵又認為自己的行為不在於違規或循規，而在於罰款交費，罰款交費就可以違規。根據新製度經濟學基本原理，製度能形成秩序，規則能降低交易成本，為行為主體形成穩定的預期，減少不確定性。但製度安排的過渡性與“蛻變”後的製度規則反而增大了預期的不確定性，行為主體在不斷地“繞過”、“收買”和變通製度規則的過程中增加了大量的交易費用。