麵對強敵，羽柴軍也毫不示弱，羽柴秀吉共調集了5萬將士迎戰。羽柴軍剛經曆中國攻略的嚴酷考驗，都是百戰精兵。再加上織田家老臣丹羽長秀，池田恒興，細川藤孝等的支持，使得羽柴秀吉在這場內亂中始終占有上風。
已經向羽柴軍投降的長浜城城主柴田勝豐也被秀吉充分利用。雖然柴田勝豐病重不能出戰，但其部眾作為第一線部隊，全部成為賤嶽之戰的首批炮灰。據說，柴田勝豐雖然是柴田勝家的親外甥，後收為養子，但一直被柴田勝家冷遇。不然也不會作為棄子，被派到遠離領國的長浜城做城主了。
3月19日，兩軍布陣完畢，對峙於賤嶽，大戰一觸即發。如右圖所示。
由於柴田軍善於山地戰，柴田勝家充分利用柳瀨的險要地勢，命令軍隊把守住各處山隘。主力柴田勝家本部7000人駐守柳瀨山上的內中尾嶺，扼守北國街道。佐久間盛政8000人駐最高峰行市山，而前田利家，前田利長父子率5000人馬駐守前線的別所山。
而善於平地戰的羽柴軍則沿餘吳湖岸布陣，陣容比柴田軍強大得多。主力部隊羽柴秀吉，羽柴秀長兩兄弟3萬多人馬駐守木之本，壓住全軍陣腳，部將高山重友，中川清秀像兩尊門神，分別把守陣前的岩崎山和大岩山。堀秀政所部5000人駐守東野山，從高處監視柴田軍的一舉一動。丹羽長秀7000餘騎則鎮守賤嶽山上，警備琵琶湖東岸。另有細川忠興率別動隊從丹後藩國出海，攻擊越前藩國海岸，以擾亂柴田軍後翼。
兩陣對圓，但除了小規模衝突以外，雙方主力都按兵不動，如同兩匹狩獵的惡狼，耐心地等待一擊咬碎對方咽喉的機會。就這樣相持一月有餘。出乎眾人意料，引燃決戰之火的，不是賤嶽戰場的哪位將領，而是遠在岐阜，已經歸降秀吉的織田信孝。
原來織田信孝早先迫於羽柴秀吉的兵力，不得已投降，但他從未放棄過待機再戰的念頭。此時，羽柴軍主力和柴田軍對峙於賤嶽，後方空虛，織田信孝決心把握“良機”，起兵響應柴田勝家。4月初，織田信孝軍豎起反旗，縱兵劫掠了稻葉一鐵的曾根城和氏家行廣的大垣城周圍民居。羽柴秀吉見後院又著火了，隻得從賤嶽戰場撤回。4月17日，羽柴秀吉本部2萬人進駐大垣城，並將織田信孝的母親等諸位人質全部斬首。
愚蠢的織田信孝並不清楚，羽柴秀吉第一次放過他並不是因為菩薩心腸，隻因為信孝是織田信長的親子。看在前主公的麵子上，秀吉才放其一馬的。但這次織田信孝悍然撕毀和約，在秀吉看來，已經失去了出兵的大義名分。
但是羽柴秀吉本部撤離賤嶽戰場，立刻打破了兩軍之間搖搖欲墜的平衡。首先有異動的是處於羽柴軍最前線，柴田勝豐的舊部山路正國。作為原柴田軍部將，秀吉對這些降將不信任是極明顯的。而山路正國也不想與以前的戰友以死相拚，做秀吉的第一批炮灰。在秀吉離開賤嶽不久，山路正國就帶數十名親信逃離羽柴軍，投到佐久間盛政的營裏，並報告了羽柴軍最新的動向。
佐久間盛政聞報，覺得消滅羽柴軍的天賜良機終於來了。原羽柴秀吉本部駐守木之本，居中聯係賤嶽山，大岩山和岩崎山各部，互為犄角，堅如磐石。但此時羽柴秀吉已不在，正是分割消滅這幾個山頭駐軍的絕好時機。但此機會稍縱即逝，待得羽柴秀吉回兵，再想破陣就難上加難了。佐久間盛政立刻麵見柴田勝家，要求出動。經反複軍議，柴田勝家采納了佐久間盛政的建議。會議決定，佐久間盛政所部，率不破勝光軍共8000人突襲大岩山的中川清秀軍，徹底斷開賤嶽山和岩崎山之間的聯係，並將其守軍分割圍殲。作為接應部隊，柴田勝家本部突入狐塚，牽製東野山的堀秀政軍，右翼柴田勝政並前田利家父子則佯攻賤嶽山，牽製丹羽長秀和桑山重晴兩軍。
4月20日淩晨1時，柴田軍全軍出動。佐久間盛政一馬當先，成功偷繞過餘吳湖西岸，突擊大岩山。先鋒不破勝光等率先攻上山頭。自以為身處後方的中川清秀做夢也沒料到柴田軍如神兵天降，猝不及防之下，砦中一片混亂。麵對數倍於己的柴田軍，中川清秀隻得拚死抵抗，並同時向岩崎山守將高山重友，和賤嶽山上離自己最近的桑山重晴求援。不料高山重友見柴田軍來勢洶洶，不但見死不救，還撤下岩崎山，逃向羽柴秀長的駐地田上山。桑山重晴則借口自己也受到攻擊，抽不出兵力。中川清秀左等右等都不見援軍蹤影，終於死於亂軍之中，享年42歲。大岩山守軍隨之潰散。
此時戰場形勢對羽柴軍極為不利。由於缺少強有力的後援，中川清秀和高山重友兩部都已潰散，整個前軍已陷入柴田軍的半包圍之中。立下首功的佐久間盛政躊躇滿誌，打算擴大戰果，配合柴田勝家主力圍攻堀秀政軍，或者配合柴田勝政圍攻丹羽長秀軍，至少再吃掉羽柴軍一部。佐久間信盛還派出使者，企圖誘降桑山重晴和其他原柴田軍的諸位將領。但是大出佐久間盛政所料，柴田勝家卻在此時下達了全軍後撤的命令！
原來久經戰陣的柴田勝家看出了此時柴田軍表麵勝利後的隱憂。雖然羽柴軍中軍兩部被擊潰，但前軍與左右兩翼還是絲毫未損，反而形成了對孤軍深入的佐久間盛政部的反包圍。更奇怪的是，柴田軍右翼的前田利家部並未按照約定的計劃出兵。柴田勝家的傳令兵催了好幾次，前田軍還是紋絲不動。這不禁使柴田勝家暗暗有些擔心，難道戰前盛傳前田利家將背叛，轉而投靠幼時好友羽柴秀吉的謠言都是真的？由於前田利家按兵不動，右翼戰線的柴田軍明顯處於劣勢，假如此時羽柴秀吉忽然回軍，加上丹羽長秀，堀秀政封鎖餘吳湖東西兩岸，佐久間盛政就會成為打狗的肉包子，一去不回頭了。
但是，年少氣盛的佐久間盛政卻不是這麼想的。根據最新的探報，羽柴秀吉本部此時還在大垣城。就算秀吉聽到敗報，立刻趕回賤嶽戰場，也至少是兩天以後的事了。有此時間，柴田軍可能已經完全控製戰場形勢了。所以聽憑柴田勝家幾次催促，佐久間盛政就是不肯退兵，反而勸說柴田勝家本部應立刻大舉進攻賤嶽山，定能一舉擊潰羽柴軍。
佐久間盛政畢竟還是太嫩了，他完全忘記了羽柴秀吉“中國大返攻”時的神速。如果羽柴軍數個月以前能飛躍半個日本，大垣城和賤嶽戰場之間僅僅50多公裏又算得了什麼呢？原本為了鎮壓織田信孝反亂而回師大垣城的羽柴秀吉的確是準備盡快進攻岐阜城的，可是由於位於兩城之間的揖斐川因連降大雨而河水暴漲，羽柴軍不得渡，此時還逗留在大垣城。20日午前，忽然傳來了中川清秀兵敗身死的消息。幸虧老天爺的這場暴雨，羽柴軍還未深入美濃，才能及時趕回賤嶽戰場，更避免了從戰場匆忙撤退，被織田信孝從後麵追殺的危機。
兵貴神速，羽柴秀吉立刻組織回師賤嶽。下午2時，羽柴軍騎兵部隊首先出發，4時，步兵1萬5千跟著奔赴賤嶽。軍師黑田孝高更派快馬通知沿途百姓，多準備幹糧火把，接濟路過的羽柴軍，之後必有重賞。此計大大提高了羽柴軍進兵速度。百姓們聽說出身農民的秀吉即將成為天下之主，此乃日本民族亙古未有的奇跡，紛紛簞食壺漿，以迎“王師”。由於百姓們的接濟，僅5個小時，羽柴軍已全軍趕回賤嶽。
此時的佐久間盛政對羽柴秀吉的動靜還一無所知，但柴田勝家傳令撤軍的使者不絕於道。暴怒的柴田勝家甚至以自殺相威脅，命令佐久間盛政立刻撤兵！佐久間盛政這才借口屬下將士昨夜徹夜奮戰直到清晨，疲憊不堪，要求休息一夜再下山。柴田勝家不許，最後派出義子柴田勝敏催促退兵。柴田勝敏到達佐久間信盛營地時，羽柴秀吉本部也趕回了木之本，沿途羽柴軍的火把通明，宛如一條火蛇蜿蜒前進，刹是壯觀。