織田信雄和織田信孝都以繼承人的身份自居，兄弟倆鉤心鬥角，皆欲置對方於死地。（織田家的光榮傳統，都得老父真傳。）同時，織田家最有影響力的兩位重臣，柴田勝家和羽柴秀吉早就彼此心存芥蒂，這次更為繼承人的人選徹底翻臉。柴田勝家提議三子織田信孝，認為信孝有膽有識，是繼承人的不二人選。但羽柴秀吉卻借口信雄信孝兄弟都已過繼他家，為維護織田家純正的血統，主張立織田信忠的長子，信長的嫡孫，年僅3歲的織田秀信（乳名三法師）。柴田勝家在家中資格最老，而羽柴秀吉卻是功勳卓著，一時間家中群臣也不知該支持誰比較好。（秀吉不保織田信雄，卻立織田秀信，用心可說是司馬昭之心，路人皆知啊。3歲的娃娃當然比25歲的好控製，可以更方便篡奪織田家大權呀！）
柴田羽柴兩方各執己見，互不相讓，漸漸動起手來，大有劍拔弩張之勢。眼見清洲城就要變成春日山城第二，丹羽長秀站出來說了句決定會議結局的話：“在座諸公誰有象秀吉一樣討滅明智光秀，為主公報仇雪恨的功勞？”池田恒興等聞言皆服。於是織田三法師就成了織田家合法的繼承人。
之後，清洲會議的參與者們重新分配了現有織田家的領地：
新家督織田三法師領有近江藩國阪田郡的安土城。
織田信雄領有尾張藩國，居城清洲城。
織田信孝領有美濃藩國，居城歧阜城。
羽柴秀勝領有明智光秀的舊領，丹波藩國。
丹羽長秀除原有的若狹藩國外，加增近江藩國高島，誌賀兩郡。
池田恒興加增攝津藩國大阪，尼崎，兵庫三郡。
柴田勝家除原有的越前藩國外，還得到羽柴秀吉的舊領長浜城。
羽柴秀吉除領有自己辛苦打下的中國各藩國，另加增山城藩國，勢力躍居織田家之首。
瓜分完畢。（右為清洲會議後織田家各家臣勢力範圍示意圖。）
但是以織田信孝柴田勝家為首的反秀吉派對此次“分贓”不勻皆感不公。特別是織田信孝，家督的美夢被無情打碎，更是恨秀吉入骨。而柴田勝家也對秀吉成為織田家第一大勢力耿耿於懷。會後，有著共同敵人的信孝和勝家秘密結盟，對抗秀吉。為了籠絡勝家，信孝還把孀居在家的姑姑，淺井長政的妻子阿市，改嫁給了已經60歲的勝家。（娶了小自己20餘歲的戰國第一美女為妻，勝家喜樂的心情可參見楊振寧的新婚感言。）
表麵上仍是團結一致的織田家，地下卻湧動著分裂的暗流。清洲會議，隻是織田信長死後利益重新分配的前奏。