謝安搖搖頭，輕聲道：“性命都沒有了，還怎麼拱衛晉室，匡複朝綱呢？”
王坦之隻得戚然長歎一聲：“恨我無縛虎擒狼之力。”
謝安坐在那裏，好一會才說道：“桓公如此行事，恐怕江左大半名士世家會與其結怨，加上前麵強征糧草民夫一事，桓公這是在玩火自焚，自斷羽翼呀，他到底想幹什麼？”
王坦之也默然許久，最後也是茫然地點點頭。
第二日，新蔡王司馬恬到西堂叩闋自首，說自己與武陵王司馬晞及其子司馬綜、交州刺史庾蘊、著作郎殷涓、太宰長史庾倩、掾曹秀、舍人劉強、散騎常侍庾柔等人謀反，牽連數百人。消息震驚了整個朝野，而十幾日前趕到建業的大司馬桓溫立即下令，將所有涉案人員全部收監，交由廷尉處置。
而晉帝司馬昱接到西堂報告，心裏透亮的很，可是卻無計可施，隻是淚流滿麵，不敢一言。桓溫趁機請晉帝下詔，先殺有關聯的廢帝東海王的三個兒子以及他們的母親。
第五日，廷尉審案完畢，提交了上表奏章。禦史中丞司馬恬立即上書，要求依律將武陵王司馬晞等人盡數誅殺。晉帝詔曰不準，令從輕處置。桓溫接著上表，措詞嚴厲地要求晉帝誅殺逆賊。晉帝無奈，隻得手書一詔，遣人送給桓溫：“如我晉祚靈長，請公照行前詔，如我晉運已去，我當避讓賢路。“
桓溫看完後流汗變色，要是這晉帝真的撂挑子，北府會第一個找他算賬。於是乃改奏廢晞及三子，家屬皆徙新安郡，免新蔡王晃為庶人，徙衡陽；殷涓、庾倩、曹秀、劉強、庾柔皆族誅，庾蘊飲鴆死。庾蘊兄東陽太守庾友的兒媳是桓豁的女兒，所以得到****。庾蘊長兄，前北中郎將、徐州刺史庾希聞得消息，立即與弟弟會稽王參軍庾邈及子庾攸之在錢塘避入北府商船，北遁青州，轉碾洛陽。
桓溫誅滅殷涓、庾蘊等人後，滯留建業，其威勢翕赫，滿朝文武莫敢忤逆其意。謝安對這種情況感到深深不安，於是想辦法將桓溫回去姑孰。
鹹安元年冬十月，殷、庾兩家被誅半個月後的一天，桓溫剛從殿中下朝，走到殿門口看到侍中謝安在那裏等他，看到桓溫走來，立即肅立道邊，遙施大禮。桓溫不由驚歎道：“謝侍中這是如何？”
謝安淡淡地答道：“隻有臣子先施禮，不敢讓君上先拜禮。”
桓溫大愧，汗流滿麵，第二日便避到建業城外白石渡，並上表請回姑孰。晉帝詔不準，並進桓溫丞相職，大司馬如故，留建業輔政；溫固辭，仍請還鎮。第五日，晉帝詔準。
桓溫卻在臨行前又上了一表，說廢放之人隻能遠辟它地，不能留居京師，所以廢帝東海王應該效仿前漢昌邑王故事，在吳郡辟府邸收禁。這件事晉帝就不好說話了，隻得由太後出麵發話了：“同是大晉宗室，雖然廢帝已經被廢放，但是與情與理不能直接被貶為庶人，還是要保持宗室王爵位待遇。”
桓溫開始還價了，封王不行，隻能封海西縣侯，而知道底價的太後幹脆就直接封廢帝為海西公，逐放吳郡，終於與桓溫達成共識。
做完這些事情後，桓溫這才心滿意足地回去姑孰，留郗超以中書侍郎隨侍晉帝左右，弟桓秘以中領軍領內衛宿衛。
而經此大亂，晉帝身體更差，幾乎是罷朝不理事，天天在宮中休養。鑒於這種情況，謝安、王坦之、王彪之請晉帝詔明立儲之事。
不知是不是司馬家遺傳有問題，晉室曆代皇帝的子孫都多多少少有問題，不是體弱多病，難以長大，就是年輕短命。當今晉帝司馬昱也不例外，子嗣艱難。
司馬昱原為會稽王時娶王述從妹為妃，生世子司馬道生及弟司馬俞生。司馬道生疏躁無行，母子三人皆因此被幽廢處死。其餘三子，鬱、硃生、天流，幼年便早夭，而十幾年來府中諸姬侍妾又一無所出，司馬昱身邊隻剩下王氏所出的新平縣主和徐貴人所出的新安縣主兩個女兒，寵愛不已，後來新平縣主加桂陽郡主爵遠嫁給曾華，新安縣主嫁給了桓溫的二子桓濟。
後來司馬昱請卜者扈謙算了一卦，說應該有一個地位卑微的宮女能為其生下子女，並且都能茁壯成長。於是司馬昱便將宮中所有洗衣做飯掃地的宮女都弄出來，請扈謙一個一個相麵，最後一個皮膚黝黑叫李陵容的紡織宮女“脫穎而出”。雖然長相實在不敢恭維，但是司馬昱為了能延續子嗣，隻得捏著鼻子納其為王妃。說來也怪，李陵容為妃後真的就生了兩子一女，是為司馬曜、司馬道子和潘陽縣主。
謝安等人上書請晉帝立不到十歲的長子司馬曜為皇太子。而知道消息的郗超代桓溫上表，提出異議，請立不到八歲的司馬道子為皇太子，兩派相爭，糾爭不已，晉帝左右為難，幹脆不做聲不表態。直到冬十二月，北府曾華上表，請立司馬曜為皇太子。
晉帝有了女婿的支持，立即行詔天下，立司馬曜為太子，封司馬道子為會稽王。