過了兩天，王允又與士孫瑞商議，想先將其軍隊全部解散之後，再誅殺李榷等人，但是士孫瑞仍是持著不同意見，勸道：“涼州人一直害怕劉備、袁紹，畏懼關東大軍也。如今若是一旦解散軍隊，打開函穀關，董卓部下一定會人人自危。以瑞之間，可任命皇甫嵩為將軍，率領董卓舊部，並留駐陝縣以進行安撫。”
王允則不以為然道：“不然，關東義兵將領與吾等一致也，皆是忠君報國之士，現在如果再將大軍留駐陝縣，扼守險要，雖然能夠安撫涼州人，卻會使關東將領起疑，此舉將失關東諸侯之心也。”
這時，又出了一件事情，使得王允的威望幾乎一下子降到了冰點，那就是殺了海內名儒蔡邕。
董卓的屍體被陳屍西市，多天來無人過問，以至於屍體漸漸腐爛，臭不可聞。本來，蔡邕也明白董卓乃禍國之人，理應被誅殺，但是思及董卓對自己還是有知遇之恩，心下不禁有些悲傷，竟然為之落淚。偏偏這個時候，蔡邕是在王允的府上做客，而且是在下人剛剛稟告過董卓屍體腐爛之後，自然是引起了王允的大怒，斥責道：“董卓乃國之賊也，幾乎滅亡漢室之大統，汝乃漢室大臣，理應同仇敵愾，然汝卻懷念董卓之四人恩惠，反為之悲痛，此豈非是與之共同為逆乎？”當時就下令將蔡邕逮捕，送交廷尉，當時在坐的還有許多大臣，皆是出來為蔡邕求情，然王允卻是不允。
蔡邕下獄之後，上了一張表，承認自己有罪，說道：“雖然邕身處一如此不忠之位也，然對古今之君臣大義，耳所厭聞，口所常玩，吾怎會叛國而袒護董卓乎？邕願黥首刖足，繼成漢史，以為補過也。”許多士大夫同情蔡邕，紛紛設法營救他，在王允跟前進言，卻都沒有成功。太尉馬日說道：“蔡伯喈乃曠世奇才也，對漢室之史事典章知之甚多，不如讓其完成史書，此將為一代大典也。而且，其所犯之罪本為微不足道，若是殺之，豈非讓天下士人失望哉？”
王允道：“昔年武帝不殺司馬遷，使其所作謗書《史記》流傳後世。方今國運中衰，兵馬就在郊外，如何能讓奸佞之臣在幼主身邊撰寫史書耳，此既無益於皇帝之聖德，亦會使吾等青史留惡名也。”馬日聞之，知道再勸無用，便退了出來，對別人說道：“王公強橫專勢，不納忠言，必與董卓同尾也。善人乃國家之楷模，史著乃國家之經典，王公如此毀滅楷模，廢除經典，國家如何能夠長久？”當天，蔡邕就被王允賜死在獄中。
幾天後，不知從哪裏散播了一個消息，說是王允不同意赦免李榷等人，更要將所有的涼州人都殺死，董卓舊部的將領自然驚恐不安，全都控製好自己的軍隊，一旦事情惡化，能求一個自保。而且，他們之間還互相傳言：“蔡邕乃海內大儒，在天下士子中威名極高，隻因受過太師之信任與厚待，尚且被牽連至死，何況吾等。眼下，王允既不下令赦免吾等，又欲將吾等之軍隊解散，一旦如此，明日便是人為刀俎，吾為魚肉也。”
呂布派李肅率軍前往陝縣，宣布皇帝詔命，誅殺李榷三人。李榷等如何肯引頸受戮，於是便率軍出擊，李肅兵少，如何會是其敵，一戰而敗，逃回弘農。呂布本欲除掉李肅，趁機將之斬首，以示三軍。
李榷等人雖然小勝一場，卻是聽到呂布已經率領大軍到了弘農，不日就會兵臨陝縣城下，登時皆是惶恐不安。他們昔者盡為董卓手下大將，雖然李榷等人也自負勇武，但是他們知道呂布的武功不但勇武兩字能表達得清，隻能用可怕二字形容，是以西涼軍將領無有不怕呂布者。
經過一番商議，不等呂布進軍，李榷等人便又派了使者前往弘農，麵見呂布，請求赦免。呂布雖然有心同意，奈何眼下朝中大權在王允手中，呂布隻能是暫緩進軍，派人將使者護送到長安城，靜待王允的命令。
王允的回答也很幹脆：“一年之內，安能頒布兩次赦免令也？”拒絕了李榷等人的請求，更是催促呂布抓緊時間進軍。原來，董卓被殺之後，王允曾經頒布了一道赦免令，將呂布、李儒、李肅以及一些附會董卓的大臣盡皆赦免。
使者無奈，王允不殺他已經是感天謝地了，哪敢多言，隻能倉惶回到陝縣複命。這使者回來不久，李榷等人便聽到呂布進軍的消息，心中更是害怕，不知該如何是好。最後商議之下，決定解散軍隊，個人分別走小路逃回家鄉，他們以為，或許沒有了軍權之後，王允就不會咄咄逼人地非要他們的項上人頭不可了。