初露鋒芒
劉裕初為北府舊將孫無終的司馬，事跡不顯。安帝隆安三年(399)十一月，孫恩從會稽（今浙江紹興）起兵反晉，東南八郡紛起響應，朝野震驚。晉廷忙派謝琰、劉牢之前往鎮壓。謝琰是著名的陳郡謝氏家族中的人物，劉牢之則為淝水戰役中大破前秦苻堅的北府名將。大概因為孫無終的薦舉，劉裕轉入劉牢之的麾下，當了一名參軍。在轉戰三吳的幾年中，劉裕屢充先鋒，每戰挫敵，其軍事幹略得到初步顯露。他不僅作戰勇猛，披堅執銳，衝鋒陷陣，且指揮有方，富有智謀，善於以少勝多。當時諸將縱兵暴掠，塗炭百姓，獨有劉裕治軍整肅，法紀嚴明。因討亂有功，劉裕被封為建武將軍，領下邳太守。他率水軍繼續追討孫恩，迫使其投海而死。
平定桓玄之亂
孫恩起兵，消耗了晉廷兵力，造成京防空虛，這給盤踞長江上遊軍事重鎮荊州、虎視三吳、伺機而動的桓玄以可乘之機。元興元年(402)，桓玄舉兵東下，攻入建康，殺司馬元顯，收奪劉牢之兵權，以其堂兄桓修代之。劉牢之懼禍而逃，後自縊身亡。劉裕審時度勢，暫投桓玄以行韜晦。由於劉裕屢建軍功，於北府舊部中頗有聲望，故桓玄也不敢小視他。次年十二月，桓玄篡位，更對劉裕款待備至，恩寵有加。桓玄的妻子劉氏頗能識人。她多次對其夫說：「劉裕行止有龍勢虎誌，看問題不同凡響，不會久居人下，宜盡早除之。」桓玄卻說：「我欲蕩平中原，非此人不行，怎好殺他？等關隴平定，再作計議。」正在桓玄盤算之際，劉裕也在暗中圖謀桓玄了。他約何無忌、劉毅等人於廣陵（今江蘇揚州）、曆陽（今安徽和縣）、京囗、建康四處舉事，克期齊發。元興三年(404)二月，劉裕以打獵為名，聚集百餘人首先在京囗發難，殺死桓修。劉毅也於廣陵得手，誅桓修之弟桓弘。接著，眾人推劉裕為盟主，傳檄四方，各地紛起響應。桓玄見情勢不妙，挾持晉安帝，輕舟逃逸江陵。三月，劉裕率兵進入建康，坐鎮京師，指揮各路人馬乘勝西進。經過一個多月的激戰，桓玄被逼逃往西川，為益州都護馮遷所殺。
掌握大權
次年三月，劉裕迎安帝複位。為獎勵劉裕再造晉室之功，安帝進劉裕為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事，掌握朝政。
鏟除異己
408年，襄城太守劉敬宣，受劉裕之令，率兵5千攻後蜀。秋七月，兵入三峽中，遣巴東太守以2千人出外水（今岷江）；他與鮑陋、文處茂、時延祖等率主力由墊江（今合川）走內水（涪江），轉戰至黃虎（今射洪一帶），離成都隻有500裏。這裏，後秦姚興也遣平西將軍姚賞，南梁州刺史王敏將兵2萬人入援；譙縱也派輔國將軍譙道福，率眾拒險死守。兩軍相持60餘日，晉軍不能進，且軍中食盡，又疾疫流行，“死者大半，乃引軍還”。409年，譙縱接受後秦的封賞為蜀王。次年，譙縱以桓謙（桓玄族黨）為荊州刺史，以譙道福為梁州刺史，起兵2萬攻東晉的荊州。後秦姚興也令前將軍苟林統騎兵前來相助。並派人與東麵盧循相通。譙道福攻破巴東（今奉節），殺死晉的守將時延祖等。桓謙率兵進入荊州，招集舊部，得2萬餘人，進駐江陵西北的枝江。苟林的騎兵在尋陽擊敗入援建康的司馬鎮之，進軍到江陵東南的江津。晉的荊州、江陵處於兩麵夾擊之中；晉都建康又受到戶循的進攻，不但沒有援兵，音信也阻隔不通；守嘉陵江的荊州將士也在另謀去就，這個形勢對晉軍十分不利。守嘉陵江的劉道規首先安定部眾，他向眾將士說："吾東來文武足以濟事，若欲去者，本不相禁。"他這樣一講，反而沒有人走了。恰好，這時雍州刺史魯宗之率數千人由襄陽南下援江陵。有人還懷疑魯宗之有異圖，劉道規則單騎往見，並委之以守江陵的重任。他則率統全軍之眾，首先攻擊西北的桓謙。迅速戰敗桓謙，回師打敗苟林，取得了這次反擊戰的完全勝利。譙縱經此失敗後，再也無力向東晉進攻了，後蜀也就很快的走向了它的末日。編輯本段統一南方西滅西蜀
411年後蜀軍敗回四川。412年，東晉劉裕又籌劃取蜀，以西陽太守朱齡石為益州刺史，率寧朔將軍臧熹、河間太守蒯恩、下邳太守劉鍾，起兵2萬攻後蜀。出發前，劉裕與朱齡石根據前次劉敬宣走內水相持失敗的教訓，訂下誘蜀人防內水，主力走外水的速戰之策。為了防止風聲早播、蜀人審得虛實，劉裕具一錦函，旁書“至白帝乃開”。東晉朝廷對譙縱割地稱王非常仇視，三次派大軍征討。義熙二年(406年），東晉大將毛修之率兵入蜀，在今渠縣一帶被譙縱部將擊退。義熙四年(408年）東晉大將劉敬宣率大軍再次入蜀，在離成都500裏的黃虎被譙縱部將擊退。義熙九年（公元413年），東晉大將朱齡石再率大軍入蜀征討譙縱，這一次晉軍終於一直攻到成都。譙縱雖組織軍民奮力抵抗，但晉軍勢大難敵，成都被朱齡石攻破，譙縱自縊而亡。