同年四月，安邦彥準備再次圍攻貴陽，王三善見此連忙派遊擊祁繼祖、參將王建中先後在蓮花堡、青岩、八菇阻擊叛軍，小勝數場。
同年五月，烏撒安效良投降，六月，貴州總兵張彥芳率軍在羊耳擊敗叛軍。
同年九月，雲南明軍兵分兩路支援貴州，解除安南之圍，……這個安南不是猴子，別搞錯了。
同年十月，明軍收複普安、新興，打通了貴州上六衛的通道。
王三善於是親率六萬大軍，渡陸廣河、略地300裏，斬首叛軍一萬八千，直搗大方。
水西宣慰使安位，也就是安邦彥的侄子，趕忙放棄棄大方，逃往火灼堡，安邦彥則逃往織金。
王三善率軍在大方駐紮了三個月，終究因為糧草斷絕，不得不率軍撤退，哪知道叛軍見狀緊追不放，就是死命吊著王三善。
最終於，這支糧草斷絕，又麵臨追兵追擊的明軍慘敗收場，貴州巡撫王三善被生擒斬首，明軍將領戰死百餘人。
天啟四年四月，雲貴總督兼貴州巡撫蔡複一派總理魯欽、參將尹伸等人在凱裏、普定先後擊敗叛軍。
同年十一月，安邦彥又帶著三萬大軍攻打普定，蔡複一派魯欽等人在汪家衝、蔣義寨再次大敗叛軍。
天啟五年正月，魯欽率軍返回的時候，遇上了王三善曾經遇到的問題，叛軍死命在後麵吊著，不跟明軍正麵硬拚，隻是一個勁的消耗。
最終，魯欽兵敗自殺，明軍戰死兩千多人，雲貴總督蔡複一也因此被免職。
同年三月，明朝派大臣王瑊為貴州巡撫，實際卻依舊讓蔡複一、巡按監軍傅宗龍主持貴州軍務。
多次大戰，兩方互有勝負，蔡複一等人覺得實在拖不起，於是兩個在各個渡口修建營寨駐兵，就地屯田，準備徹底封鎖水西。
天啟六年三月，安邦彥為了擺脫日益困難的處境，率軍數萬渡江入犯威清、威脅貴陽，結果大敗逃回水西。
這次大敗後，安邦彥老實了兩年時間，兩年內，他休養生息，蓄積力量，再次將兵馬擴充到十萬以上。
崇禎元年六月，眼見奢安之亂遲遲得不到解決，急性子的崇禎朱由檢決定再次起用朱燮元。
朱由檢任朱燮元為兵部尚書，讓他全權總督雲、貴、川、湖、廣數省軍務，同時兼任貴州巡撫，移駐貴竹司，招撫流民，廣開軍墾，恢複經濟，據守險要，多立營壘，充實軍隊。
崇禎二年四月，朱燮元派貴州總兵許成名從永寧出兵收複赤水衛，拉開了跟叛軍主力決戰的序幕。
同年八月，安邦彥分兵守陸廣、鴨池、三岔等軍事要地，同時率軍進攻遵義，自稱四裔大長老，奢崇明稱大梁王，合兵10萬進攻赤水。
朱燮元密令許成名假裝敗逃，將奢、安引誘到永寧一帶，隨後在五峰山、桃紅壩、鵝項嶺，數敗叛軍，斬首數萬級，安邦彥、奢崇明一路敗退。
崇禎二年八月十七日，明軍將領李仕奇率軍在紅土川設伏，成功阻擊到了奢崇明、安邦彥，一舉殺了這倆禍害，由此，奢安主力基本被消滅。
奢、安皆死，當時貴州這地方就剩下安邦彥的侄子安位還在帶人負隅頑抗，朱燮元采取四麵迭攻，漸次蕩滌的作戰方針。
在險要地帶駐兵，將安位四麵包圍，逐步壓縮安位的生存空間，銷毀安位的物資儲備。
經過一百多天的圍剿，明軍斬首叛軍萬餘級，崇禎三年春，安位遣使投降，平叛戰爭到此徹底結束。
奢、安之亂，從天啟元年一直打到崇禎三年，戰爭波及川、黔、雲、桂四省，死傷百姓百萬以上。
戰亂中，四川巡撫徐可求被殺，貴州巡撫王三善被殺，被稱作西南大將之冠的總理魯欽兵敗自刎，貴州總兵也陣亡在貴陽城下。
最後被四川巡撫朱燮元、石柱總兵秦良玉、四川總兵杜文煥等人聯手平定，數年的戰亂，至此終結。
這一場大亂中，明軍一共擊斃叛軍近三萬人，俘虜一萬兩千多人，招降叛軍頭目134名，官軍陣亡2688人，傷194人。
戰爭結束後，明朝貶了水西安氏的官職品秩，削減安氏土地，劃歸州府治理，同時，水西這塊地盤上，明朝要增設驛站，最後，殺貴州巡撫王三善的人，得償命！
這些談好的條件實行沒幾年後，安位死了，還無嗣，朱燮元於是上奏說，不如拆分水西土地，賞賜有功的漢人，讓他們世代鎮守這裏！
朱由檢表示同意！西南因此終於安定下來，並源源不斷的為明朝提供續命物資。
話說，南明永曆小朝廷最應該謝謝朱燮元，假如這位猛人不把奢、安之亂摁死，讓他們持續坐大，那最後等待永曆小朝廷的大概就是清兵和土司兵的兩麵夾擊。
那場景，想想都慘！