他即位當天，就下令釋放被關押在死牢裏的諫臣海瑞。
其後對嘉靖一朝因諫言得罪諸受迫害人員進行平反翻案，並優予褒恤錄用，比如曾銑。
同時懲辦一些在嘉靖朝諂媚助惡的宗室，如遼王朱憲㸅，以及一些文武官吏。
同時，拆毀道觀神壇，禁止齋醮，逮治方士王金等人，追奪邵元節、陶仲文等方士的官爵。
還下令取消自己祖父睿宗朱祐杬配天的資格，以迎合反對世宗追尊其父的輿論……大孝子！
見此，他手下官員膽子逐漸大了，大臣王治甚至上疏請求將睿宗牌位逐出太廟。
朱載坖沒同意，但也僅僅是沒同意，對於大臣們想扔他祖父牌位的事，他完全沒啥反應。
據說，朱載坖上朝很有意思，就跟個木偶一樣，杵在龍椅上不說話，大臣們要是不問啥，他能保持整個朝會不說話。
更絕的是，他經常免朝，也不按禮儀去拜祭自家祖宗，逮著機會就往後宮跑……顯然，美女比政務、祖宗更有吸引力。
朱載坖垂拱而治，朝廷的運轉就全部落在了內閣幾位大學士身上……之後內閣權壓六部，顯然朱載坖要負很大責任。
隆慶朝內閣有九名大學士，分別是徐階、李春芳、高拱、郭樸、陳以勤、張居正、殷士儋、趙貞吉、高儀。
其中最重要的是徐階、高拱、張居正三人，三人皆有才幹，但互相傾軋。
隆慶朝初期，徐階與高拱爭權，徐階利用言官的聲勢迫使高拱及其同黨回家養老。
不久，徐階因為勸諫朱載坖得罪了不少宦官，加上張居正與高拱聯手對敵，於是徐階下線，李春芳成為內閣首輔。
隆慶三年十二月，高拱複出，立刻開始報複徐階，他指使言官上疏攻擊徐階起草的世宗遺詔有問題，又揭露徐階三個兒子在鄉間橫行霸道，為惡一方。
徐家兼並田畝達數萬頃、高息放貸，獲取暴利虐民等事，自己也連上《正綱常定國是以仰裨聖政》及《辯大冤明大義以正國法》兩疏。
指責徐階欺謗先帝，假托詔旨！
對此，朱載坖的處理辦法是嘉獎高拱，但不處理徐階……據說是因為沒聽懂高拱的奏疏裏說了啥。
高拱：……我的母語是無語！
隆慶五年五月，李春芳致仕，朱載坖任命高拱為內閣首輔。
他和張居正同心輔政，創造了一係列重大業績，比如重用明朝水利大師潘季馴興修水利，治理水患，大名鼎鼎的束水衝沙法就是潘季馴的得意之作。
另外，高拱、張居正都認為，能否進行改革，改革能否奏效，成敗的關鍵首先在於用人。
於是將整頓吏治放在最重要的地位，要求自六部至地方各級文武官員，處事辦案均定有程限限製。
必須按期準確辦完上報，而且必須卷牘清楚，冊檔登載詳細，以備檢閱查核。
在高拱的建議下，朱載坖改革人事考績製度，強調因事用人，不能因人設職。
強調惟才是舉，因才酌用，不許庸碌貪婪者濫竽充數，渾噩官場。
強調嚴功罪以定遷黜，提倡以實心行實政，辦實事。
不以科目等級名次作為用人的主要標準，根據業績破格用人，他官不得與之同論俸資。
凡領憑而不到任之官，一律免職降用，對經查實有據的貪婪官員不許再朦朧複職，而對於雖被科道彈劾之員，仍必須核實證據然後再作處置。
對冒牌偽官一律拿解嚴懲；對冗官冗吏一律裁革。
甚至於，對世襲山東曲阜知縣的孔氏後人，高拱、張居正也敢下手，同樣革免世職特權。
另一方麵，高拱又多次專疏奏薦賢能，如請起用原禮部尚書高儀、原工部尚書朱衡及名將譚綸、戚繼光、王崇古等。
同時，頒行《考察論劾事例》，規定凡官員貪酷異常者提問，才力不及者分別等第或調簡僻，或調閑散，或降級或改教，二次不及者以罷軟論。
這些規定比原來的處分均有加重。對於寄生於各衙門的冗官冗吏大力裁斥，對於衰疲老邁之員，分別安排退休。
明朝首輔，張居正稱第一，高拱不說二三，至少也能占個第四。
可惜，朱載坖死後，兩人爭權，最終高拱失敗回家，終老鄉野。