朱厚熜以興王的身份接見了使團並接受了太後的詔書，在王府接受諸臣行禮，隨後同使團前往京師。
當隊伍到達北京城外的良鄉時，衝突爆發了，大臣們要求朱厚熜尊明孝宗朱祐樘為皇考，也就是法理上的老爹，改稱自己親爹為皇叔父。
前麵說過，朱厚熜很聰明，且熟悉朝廷的各種禮儀製度，對於大臣們要他換爹的行為，他自然不願意，於是矛盾就此爆發。
他對興王府右長史袁宗皋說：遺詔以我嗣皇帝位，非皇子也！
遺詔是讓我來當皇帝的，可不是來當太子的！
楊廷和讓他聽從禮臣所出具的禮儀，由東安門入居文華殿，擇日登極，朱厚熜也不同意，因為那不是皇帝登基的路線。
雙方互不妥協，就此僵住，搞到最後，朱厚熜甚至準備啟程原路返回。
這就尷尬了，憲廟以下，就你朱厚熜最有資格繼承皇位，你不當這個皇帝，難道楊廷和就能隨便換人？
眼看事情越鬧越大，朱厚照他媽，皇太後張氏坐不住了，下詔令群臣上箋勸進，退讓一局。
於是，朱厚熜在郊外受箋，從大明門入，隨即在奉天殿即位，擬定年號為——嘉靖！
朱厚熜繼位不久，下令讓大臣們一起商議興獻王的尊號，就關於以誰為法理上的父親一事展開議論。
史稱大禮議，議論時間長達三年半……
顯然，這不是一個單純的認爹問題，而是朝廷究竟是誰當家做主的問題，是一個徹徹底底的政治問題。
三年半的時間內，大明朝廷爭論得厲害，幾乎每月都有人因為建議朱厚熜認朱祐樘當爹而被打出朝堂。
與此同時，西南地區的三宣六慰逐漸被此時興起的緬甸東籲王朝吞並。
三宣六慰的土司們上奏雲南布政使司請求支援，甚至於還有人專程趕赴北京求援，奈何……朝堂上都在熱衷於給朱厚熜找爹，實在沒空搭理。
於是，東籲王朝趁機吞並三宣六慰，明朝在東南亞的霸權由此宣告結束。
練習時長三年半後，大禮議終於結束，朱厚熜靠著超級辨才張璁一番引經據典的鴻篇巨製，終於確定了繼統而不繼嗣的繼承法理。
也是因為大禮議之爭，朱厚熜爭取到了大量支持自己的人才，正式開啟嘉靖新政，領頭羊自然不必多說，舍張璁其誰。
因為要避朱厚熜名諱的原因，朱厚熜甚至親自給張璁改名，改稱張孚敬，可見寵信。
下麵看成果，嘉靖繼位後，雖然因為大禮議跟大臣們鬧得非常不愉快，但正德朝的舊人，他可沒留著礙眼。
正德十六年五月，朱厚熜罷大理銀礦，同月誅殺錢寧，六月誅殺江彬，同時釋放內苑的珍禽異獸。
正式掌握大權後，朱厚熜倚重張璁、桂鄂，整頓朝綱，推行新政。
先裁司禮監的權力，又撤鎮守太監，嚴肅監察製度，嚴分廠衛與法司職權，加強對宦官的管束，中央集權得到複興和加強，使朝政為之一新。
同時，用人也很有自己的一套，他比較注意以人品和才幹選拔官員，多次降旨，要兩京大臣、科道及在外撫按官詢訪賢才。
朱厚熜表示：如果有才識優異堪當重任的，應當不拘資格，從公舉薦，吏部如果遇到空缺，也應當酌情簡用，不許避嫌推托。
嘉靖八年，根據吏部尚書方獻夫的上奏，朱厚熜下令已經封爵的貴戚隻令其一人終身，其子孫不得再承襲爵位。
今後皇親、駙馬，都不得再請求冊封爵位。
這項製度經過朱厚熜裁定後成為永製，即便是他親娘蔣太後的娘家、老婆陳皇後的娘家也不準爵位世襲。
針對的就是從洪熙朝後，開始的外戚爵位世襲問題，畢竟，在他看來，朱家的人世世代代吃俸祿已經夠可怕了，連外戚也要跟著世世代代吃俸祿，這不扯淡嗎？必須撤。