慶州原為古代新落都城，地控慶尚道要衝。
而此時的慶州，卻因為原府使被撤，新任的尚未到任的原因，處於群龍無首的狀態。當地朝鮮人民聞聽倭寇來攻，自動聚集守城者數千人。
二十一日，加藤清正開始攻城，在倭寇的火器攻擊下，毫無訓練，也毫無作戰經驗的守城軍很快潰散了。加藤帶隊衝入城內，大肆殺戮。
之後，加藤找到僑居朝鮮三十五年的平戶人德五郎為之帶路，得以順利北進，沿途未遭遇激烈抵抗，即於二十六日在聞慶與第一隊會師。
第三陣在黑田長政的率領下，於四月十八日攻陷金海，二十日進軍至星州，接著向京城方向推進。
四月二十二日，豐臣秀吉去名護屋行至名島，接到小西行長的捷報，十分欣悅。他欣然傳命嘉獎，但同時也警告各支進軍隊伍既要迅速推進，又要千萬小心，切勿輕舉妄動，反而貽誤軍機。
四月二十七日小西行長進攻忠州。忠州守將申立率騎兵八千迎戰，但麵對倭寇的火器，朝鮮軍依舊是一觸即潰。申立策馬衝殺，往來數次也未能組織潰勢，最後終至絕望，於是投江而死。其餘守將亦力戰而死。
忠州雖然也是很快就失陷，可朝鮮軍隊的表現卻總算是令人感到硬氣了一回兒。
至此，倭寇已打開通往朝鮮京城的大門。小西與加藤分兵二路逼近京城，同時命在尚州所俘虜的倭學通事景應舜，攜豐臣秀吉的親筆信至朝鮮京城，麵見朝鮮國王宣祖李日公勸降。
也是同在四月二十七日，李溢尚州兵敗的消息傳到朝鮮京城，全城驚懼，宣祖聞聽之後，已無守城之意，開始做撤退準備。自倭寇侵入後，京城征集的守城軍民隻有七千餘人，且鬥誌不堅，隨時都有潰散的可能。宣祖也知道事不可為，也是存了隨時準備逃走的心。
正在驚慌不安之時，景應舜帶著小西行長勸降書來了。宣祖令李德馨隨景應舜去小西行長處議和，以延緩倭寇進攻的時間。二人在去小西行長處的途中，不知因為什麼原因，景應舜被加藤清正部所捕殺，而李德馨卻得以逃亡。
四月二十八日，有一個噩耗傳來。忠州失陷的消息傳至京城時，全城再次被震撼。宣祖決意北撤平壤，同時派出柳夢鼎為請援使，赴大明王朝求援。同時，宣祖與王世子冒雨北撤。
當李朝君臣倉皇北撤時，小西行長和加藤清正所率倭寇，一路未遭遇任何激烈抵抗，分別於五月二日和三日進入朝鮮京城。七日，第三陣黑田長政軍亦進入朝鮮京城。
從小西行長攻入釜山，到朝鮮京城陷落，為期不過二十天，朝鮮大半河山即為倭寇占領。
倭寇在朝鮮京城，大肆劫掠，史書記載是“焚宗廟宮厥、公私家舍，括索駑藏，日輸其國。”倭寇在朝鮮，著實發了一筆大財，小西行長和加藤清正等侵略軍的大小頭子，更是為自己所取得的戰果得意非常。