在傳統佛教理論中，“真如”、“如來藏”、“阿賴耶識”是三個不同的概念，三者意義也盡有不同。通常我們理解的“真如”是指諸法之本體，“如來藏”是標誌眾生本來藏有自性清淨的如來法身，“阿賴耶識”則是唯識學中的一個核心概念，它含藏一切諸法的種子，所以，三者不僅沒有直接的關聯，而其意義也是完全不同的。但是，在《楞伽經》裏，常常提到“如來藏藏識”（“藏識”即“阿賴耶識”），並強調“此如來藏藏識本性清淨，客塵所染而為不淨”，如來藏“為無始虛偽惡習所熏，名為藏識”。此說不僅融合了“如來藏”與“阿賴耶識”的思想，也認為“如來藏藏識”具有染淨二重性的特色，這一看法對後來的中國佛教思想影響甚為深遠。
南懷瑾先生指出，佛法所謂的識，相當於我們通常所說的精神。但以唯識的觀念來看，所謂精神，也是唯識的變相作用，因而不能完全依一般的認識稱它為精神。佛說三界唯心，萬法唯識，乃是指宇宙萬有的全體大機大用，隻是識的變化。
要想了解唯識，首先就要弄清楚什麼是識。簡要地說，唯識所談就是人的心識，即心靈，它把人的心識分成八大識，也就是把人的感靈分成八個不同的結構，即常說的八識：眼識、耳識、鼻識、舌識、身識、意識、末那識、阿賴耶識。前五識比較容易了解，也就是我們身體中的五種感覺器官，而第六識“意識”，就是我們平常可思考、可判斷、可分析的指揮中心，它接受前五識所輸入的信息做判別，分析、分析、運算後而決定行動，這就是意識。
第七識，末那識，就是一個執著於自我的識體，它是我執的最後根源，它會執著於第八識，阿賴耶識裏所見到、所聽到的，它會以為是“我”，產生我執。所以末那識又名“我愛執識”，意即它執著於第八識裏所貯存一切的種子內容都視為“我”，這基本上是一種我執的作用，由此而形成煩惱的根本。而第八識阿賴耶識，阿賴耶的意思是“藏”，儲存之意，所以又名“藏識”。阿賴耶識有如計算機的記憶庫一樣，會儲存所有數據，包括過去生中所有善、惡、業力以及所發生過、遭遇過、造作過的所有數據。它是一切業力寄托的所在，也是前七識所有的根本。前七識所輸入於阿賴耶識中的各種數據，會猶如種子一樣保存其中。
南懷瑾先生指出，世間種種色相，乃至如地下的礦物，林中的植物，天上的日月光華等等，追溯根源，也都是由如來藏識一體的變相。這些物體和藏識，在本質上並非相異，可是當它們形成為萬物之後，卻不能說與心識的作用是無異的了。譬如海水既然轉變成為波浪，波浪的形式與作用，和整個的海水便不同了；可是波浪的根本，還是由海水所轉變而來的。由物的方麵來說，萬類的分齊差別（分化和歸類）也都是從此一體所化生。由心的方麵來說，七種識的分別作用，也都是由如來藏識所轉生。又因心與物的和合，發生世間種種事情。因此說，藏識就是累積一切業力的根本，意識就是能廣為采集業力的先鋒。隻因自心執著成相，采集累積，便成為業力的依存作用。所以佛說一切無非是自心之所生。如果自心擺脫了能攝取和所攝取的作用，那便同大海中的波浪一樣，就會返本還原，自己歸還於清淨寂滅的大海水了。
世間的事物，並無一個另有包藏萬有之機的主宰存在，世界上也沒有一個實際可以被主宰的東西。所有事物的過程，雖有生起、存在、消滅的情形，但都隻是現象的作用，在真如自性的根本上，就本來無生，所以也無所謂有滅，一切都是自心內外的妄想所現。如果把妄想的因緣滅盡，遠離妄想，遠離能所等說，離能觀和所觀的作用，就可以明了身心及一切相依為命的物質形器世間，皆為藏識功能所顯現的境界。倘若能夠如此思維觀察求證，就能夠了解自心所生的依他起和遍計所執等分別心理現狀的作用了。