所謂“圓覺”者，圓滿之靈覺也。實為如來藏、真如、佛性、一切法界的別名。裴休說：“終日圓覺而未嚐圓覺者，凡夫也；欲證圓覺而未極圓覺者，菩薩也；具足圓覺而住持圓覺者，如來也；離圓覺，無六道；舍圓覺，無三乘；非圓覺，無如來；泯圓覺，無真法。三世諸佛之所證，蓋證此也，如來為一大事出現，蓋為此也；三藏十二部一切修多羅，蓋為此也。”“圓覺經”即是“了義經”，可以了結人生困惑的經典。
《圓覺經》的主要內容，是佛在境界中，也就是在“清淨覺”中為文殊、普賢、普眼等十二位菩薩宣說如來圓覺的妙理和觀行方法。一般分為序分、正宗分和流通分。
序分說佛入於神通大光明藏三昧，諸佛眾生清淨寂滅平等圓滿不二所現淨土，文殊師利等十二大菩薩為上首的十萬大菩薩眾，皆入此三昧，住於如來平等法會。
正宗分是此經的主體部分，以佛祖與文殊等十二位菩薩之間關於圓覺法門的問答形式，依次宣說圓覺的義理和觀行。因此分十二章，每章先以長行問答說法，後以偈頌重宣其義。其中：
文殊章是此經的宗趣所在。宣說有大陀羅尼——圓覺法門，流出一切清淨真如、菩提、涅槃及波羅蜜。闡明佛菩薩的因行果相都不外乎修證本有的圓覺道理。以下各章即說其觀行。
普賢章說的是圓覺境界的修行方便，遠離一切幻妄境界，知幻即離，離幻即覺。
普眼章說的是修習圓覺，應當正念遠離諸幻，先依奢摩他行，堅持淨戒，宴坐靜觀身心幻垢、人法二空，乃至幻滅垢盡，一切清淨，覺性平等不動。
金剛藏章說的是圓覺本性平等不壞，眾生有思維心，不能測度如來境界，故應先斷無始輪回根本。
彌勒章說的是愛欲為輪回根本，一切眾生由本貪欲，發揮無明，顯出五性差別不等，依事理二障而現深淺。應發大願，求善知識，漸斷諸障，證大圓覺。
清淨慧章說的是圓覺自性本無取證，但於除滅一切幻化修證位中，有凡夫隨順覺性、菩薩未入地者隨順覺性、菩薩已入地者隨順覺性、如來隨順覺性諸位差別。
威德自在章說的是修行的方便，依著眾生的根性而有三種差別：奢摩他，三摩缽提，禪那。此三法門亦名三止，或名三觀。若得圓證，即成圓覺。
辯音章說的是單修奢摩他或三摩缽提或禪那一法，乃至或先或後齊修二法乃至三法等二十五種清淨定輪的修行方法。
淨諸業障說的是覺性本淨，但由眾生從無始以來，妄執有我、人、眾生、壽命，認四顛倒為實我體，妄生嗔愛，生妄業道，不能入於清淨覺海。
普覺章說的是欲求圓覺，應除作、任、止、滅四種病相，以及去除諸病，求證圓覺之道。
圓覺章說的是修行大圓覺者，長期、中期、下期三種安居的方法，以及修習奢摩他、三摩缽提、禪那三觀等方便。
賢善首章說的是此經名《大方廣圓覺陀羅尼》，亦名《修多羅了義》等五名，並信聞受持此經的功德利益等。
最後一章賢善首章的後半部分為此經的流通分，敘述諸金剛、天王、鬼王等誓願護佑持此經的人。
南懷瑾先生認為，隻有看懂了經中十二位菩薩的排列，才有資格來研究《圓覺經》，因為經中的十二位菩薩各有不同的表相，也代表著十二種法門。
第一位大智文殊師利菩薩代表智慧成就，悟了道智慧成就以後，就要起“行”。光想自己入修，不入世，不修菩薩行，那是不對的。理入智慧成就以後，須入世修菩薩行。所以第二位便是大行大願普賢菩薩。入世須手眼通天，手是手段方便，眼是智慧方便，所謂“歸元性無二，方便有多門”，這就是普眼菩薩的道理。
有了普眼菩薩的境界以後，修持才能達到金剛藏菩薩顛撲不破的境界。金剛藏的意思一是不為外界所迷惑動搖，再就是粉碎外界的邪魔歪道。
再以後是未來繼承佛位的彌勒菩薩。彌勒菩薩在欲界天的中心——兜率天為天主。其中有座內院，《瑜伽師地論》便是彌勒菩薩在此內院說的。印度的無著菩薩夜晚入定上兜率天，聽彌勒菩薩說法，早晨出定，作記錄，如此寫成一百卷《瑜伽師地論》。彌勒菩薩下一生就要像釋迦牟尼佛一樣，剃光頭，以出世法表相，現出家相成佛。成佛須先得到清淨智慧，有了清淨智慧，才能威德自在。如文殊菩薩於釋迦牟尼佛上座即將說法時，引磬一敲說“說法竟”。釋迦牟尼佛一句話未說，又進去了。文殊菩薩此時說了兩句話：“我為法王，為法自在。”這就是大威德大自在；然後就是辨音菩薩，辯才無礙，法音清淨。辯才無礙，必須深入經藏，智慧如海，這是由多生累世說法之功德而來。並且還要淨諸業障，業障除淨後，才能普覺圓覺等妙二覺，等同於佛。成了佛之後如何？是否就不來了呢？不，還是“諸惡莫作，眾善奉行”。像賢善首菩薩所代表的意義。