1860年1月，李秀成出天京，在蕪湖召集李世賢和本部諸將會議。他在會上將洪仁玕所說具體化了，說，江南精兵均集中在天京外圍，餉源卻在蘇杭。現在天京外圍長壕犬牙交錯，敵軍內圍外禦，敵帥張國梁又善戰，攻打很難得逞；不如輕兵由小路直搗杭州。杭州危，蘇州也必震動，江南大營害怕我軍斷其餉源，必定分軍來援，我軍乘機回擊，打破大營，那末蘇杭也就在我們手掌了。與會的李世賢、譚紹光、陳坤書等一致表示讚同。
會後，李秀成等引軍七千由蕪湖南下，猛攻寧國；江南大營不明虛實，就分兵兩千來援；誰知李秀成星夜趕到廣德，並將州城攻破，在派陳坤書留守後，自帶譚紹光、陸順得等一千三百名先鋒，扮成清軍官兵，進入浙江，由泗安、武康來到杭州城下，因前隊兵卒搶奪馬匹，被城軍識破，未能進城。李秀成鏖兵城外，困其五門，在得悉江南大營已分軍一半前來援救，在到達杭州後的第八天，即3月19日，將清波門城牆轟倒，攻破杭州外城。
3月22日，由總兵張玉良率領的二萬人馬趕到了杭州武林門外。李秀成得報大隊清軍來到，為了確證是江南大營援軍，翌日，來到武林門上和來軍對話，來軍真的是遠道來的江南大營軍隊，他心裏真是洋洋得意。命令將在杭州新製造的旗幟遍插城垣，用以疑惑敵兵，第二天就全軍悄悄地由原路撤走了。張玉良見城頭旗幟飄揚，不敢進城，過了一日一夜進城時，方才知道太平軍早已撤走，便忙著搶掠民間財富，也不跟蹤追趕。
李秀成撤離杭州，晝夜兼程，由小路回到廣德，並於4月8日，李秀成、李世賢等和來自寧國的楊輔清等在安徽建平（郎溪）會議，商定集中各路人馬，合力分進殲滅江南大營的作戰方案。
會議結束後，各路太平軍即開始了大動作。
李世賢軍先後攻占江蘇溧陽、金壇、句容。直趨天京東北，攻江南大營東路；
楊輔清和定南主將黃文金等軍攻占江蘇高淳、溧水，直趨秣陵關、雨花台，攻江南大營南路；
右軍主將劉官芳和後軍主將陳坤書等部，自溧陽北上，直趨高橋門，攻江南大營北路。
李秀成自引本部人馬由溧陽，句容直趨淳化鎮、紫金山，和陳玉成軍合力攻打江南大營孝陵衛大營；當時陳玉成和前軍主將吳如孝、靖東主將劉昌林等部，已從安徽全椒南下，由西梁山陸續渡江，直趨板橋、頭關，會殲江南大營。
江南大營雖然龐大，其實乃是空殼子，領兵者層層吃空額，實際兵力不過隻有五萬多人，此時已有兩萬人馬為張玉良帶出援杭，留守大本營已不到四萬人眾，而且多不能征戰，將士散漫無常，久不訓練，酗酒嫖妓，花天酒地：能夠馳騁沙場的隻有張國梁和馮子材兩部。
5月2日，太平軍各路人馬十餘萬人同時出擊。張國梁等分督各隊抵禦。
兩日後，陳玉成軍冒著暴風驟雨，搭造浮橋，突破天京西南長壕，隨即從得勝門至江邊一線，攻破營壘五十餘座，各路太平軍緊接向孝陵衛發起總攻擊。大營統帥和春還熟睡未醒，幕僚奔進帳內，將他喚醒，告以危急情形，他仍躺在床上不肯起身，催促了幾次，方才感到事局嚴重，穿衣上馬出營逃跑。張國梁支撐不了，也跑到了鎮江。
江南大營終於被摧毀了。
天京軍事危機雖然暫時得到解脫，但曾國藩湘軍卻完全獲得了抬頭。鹹豐皇帝聽從寵臣肅順建議，破格授予曾國藩以大權。曾國藩自1853年組建湘軍出省作戰以來，始終沒有給他任以督撫重任，這時鑒於江南大營敗亡而用之，就在大營破滅後二十天，即6月8日，被任命為署兩江總督加兵部尚書銜。8月10日又實授為兩江總督，並以欽差大臣督辦江南軍務，節製江蘇、安徽、浙江三省水陸各軍。
徐佩璦用重金贖買了兩名幼妓，認為己女，喬裝打扮獻給李秀成，李秀成果然高興，給他以蘇州長洲縣管轄全權。
江南大營被打得落花流水。
李秀成、陳玉成等各路大軍乘勝追趕窮寇，在江蘇丹陽，張國梁慌不擇路，落水身死；和春走投無路，在滸墅關自殺。江南大營終於被剃了光頭，徹底完蛋了。
李秀成要開辟第三戰場，還要打到上海去。
洪秀全同意了，但作了時間規定，要他必須在一個月裏結束蘇南戰場戰事，不得耽誤。洪秀全雖然深居簡出，不離天京，但還有鞏固天京上遊觀點。他的戰略重點也是在安慶。
陳玉成在攻打江南大營時受傷，在江蘇常州稍作休養後，就渡江北去安徽，忙於對付湘軍西征了。李秀成會同陳玉成留下的劉昌林、賴文光等部隊，繼續擴大戰果，沿著大運河攻城略地。6月1日，打著“太平天國忠義宿衛軍”旗號的李秀成直屬部隊二百七十名將士到達蘇州城下，清候補道李文炳、候補知府何信義打開閶門投降，太平軍不損一兵一卒，進入了蘇州城。太平天國以蘇州為省會，設立了蘇福省，分兵占領周邊各州城。李秀成沿途收編了江南大營敗兵殘卒五六萬眾，加上新招的地方民眾，他的軍隊迅速膨脹，發展為一支擁有二三十萬的大軍了。