再說李鴻章議和的條約共計十二條，雖經告成，但還有許多的手續未曾完備。西太後隨即派了王文韶去繼李鴻章的任，終算將一樁大禍完全結束。等到雙方簽約的時候，西太後眼見得辱國喪權，自己責備自己時，也不覺流下兩行珠淚來。
卻說光緒帝被囚在流台的時候，一腔鬱憤本來無可發泄，到了聯軍進逼京城，太後倉皇出走。光緒聽得消息，便朝服整齊的要往使館中去。西太後大驚道：“你此時前去，豈不是送羊入虎口嗎？”光緒帝坦然說道：“他們是文明國人，對於鄰邦的君主決不至於加害的。而且經此一去，如議起和來也容易入手了。”西太後忙阻攔道：“你就是要去，也不應在這個時候，試問你這時就是到了使館，算去認罪呢，還是去議和呢？真是毫無理由，何必去冒險呢？”光緒帝不聽，當時認定要去。西太後謂皇上受驚，神經錯亂，命內監等擁著光緒帝強行登車。後來到了太原，西太後令西進長安，光緒很不願意。又經一番力爭，西太後隻說皇上神誌不清，叫內監們去好生看護，依然迫著上車。但車駕西發的時候，光緒帝尚垂淚不止。因為倘太後西去，留皇上居京，那京裏有了維持的人，何至受外人如此蹂晌呢？所以人謂德宗昏庸，那話未免冤枉他了。
不過自車駕到西安後，光緒帝終鬱鬱不樂，言語之間不時作憤激之詞。可是西太後卻不能見諒，強說皇上患心疾。她要使臣工們見信。一天，乘慶王長女元大奶奶隨侍在側時，暗中示意皇上，令取元大奶奶的倉具，把它藏過了；光緒帝不曉得西太後的用意，真個去做了出來。等元大奶奶梳洗時，尋不見倉具，瞧見皇上放在那裏，便問他取回。光緒帝不許道：“那是太後所賜，怎敢私下相授呢？”元大奶奶見說，也隻得罷了。及渴見西太後，把這事提起，西太後笑道：“堂堂帝皇竊人的倉具，他還不是患了瘋病嗎？”經這一度之後，光緒帝患心疾的話說，漸漸有人相信了。其時光緒帝何嚐有什麼病呢？無非西太後要埋沒他罷了。這且不提。
當下那和議告成，十二條中有懲辦罪魁一條，在回變之前，自然要實行的。於是就在西安下詔，載瀾、毓賢正法，端王遣戍新疆。剛毅得了信息，已急死在西安旅中。其他凡參與義和團的朝臣多半革職。諸事妥當，準備回變。後人有詩嘲西太後蒙塵西安道：烽火連天戰鼓驚，夷兵夜入燕京城；車駕匆匆奔城的房鋪，都懸燈結彩，十分熱鬧。這時比較來的時候，情形又是不同了。西太後又傳諭，把蠻輿的黃緞慢打起，任民間的婦女瞻仰聖容。當車駕未出城之前，由彈壓的兵丁執著藤鞭掃清了街道。後麵便是前導馬，一對對地過去；前導馬之後，是黃衣黃帽的內監和穿黃馬褂的官員；其次又是乘馬的太監。那步行的宮監都手提著香爐，香煙縹緲。街上寂靜得鴉雀無聲。隨駕左右的人，多半是繡服黃裳、王公大臣之類。禁衛軍過去，便是光緒皇上和皇後妃繽的車駕。後麵黃轎裏坐著大阿哥，並許多保駕的親王。西太後的蠻輿用三十六人抬著，都穿著團龍褂子，很整齊地過去。不料在這警衛森嚴的當兒，忽然街道上衝出一個赤身露體的大漢，揚著兩臂直奔西太後的駕前。