此時，後金軍入鴉鶻關，攻下了清河城，副將鄒儲賢等戰死，遼東地區更加不安，而杜鬆等尚未出關，調各鎮兵馬也多數未啟程。
萬曆皇帝特賜楊鎬尚方劍，總兵以下不用命者，得以軍法從事，聽說靉陽、寬甸群眾望風奔逃，因靉陽千總陳大道等擅離職守，即斬首以徇。
重開遼東海運，自山東至蓋州並娘娘宮，再轉陸運至廣寧、遼陽。作了如此部署，朝野人士仍然擔心遼東局麵難以應付。
正如朝鮮使者所通報的那樣，奴爾哈赤還要進攻遼陽、廣寧，直抵關門，而明朝統治者忐忑不安的也莫過於此虜深入之念，時刻不忘。
對於遼東戰事，朝廷在困難的情況下，仍然想盡辦法解決軍餉糧草裝備。
五月二十四日，總督倉場戶部尚書張問達奏言：今倉儲空虛，京倉每年支放為二百三十餘石，現在倉之糧為五百八十六萬一千五百餘石，僅有二年之積。
通州倉每年支放七十二萬餘石，現在倉之糧為三十六萬五千八百餘石，不過半年之儲。
所在皆入不敷出，平時已不可支，若有急需更難濟事。額之虧，皆由於積弊日久；用之不足，則由於弊之未清。
五月二十九日，戶科給事中官應震奏：太倉之積，初年尚稱充足。
自征播州楊應龍、征東抗倭、征寧夏哱拜三大役費銀多達一千二百餘萬兩之後，漸告空虛。
近來又因皇太後李氏逝世、福王赴封地、瑞、惠、桂三王婚禮等共費銀至七十餘萬兩。
太倉每年所入止三百七十餘萬兩，正額原以供邊餉，而今諸費皆取於此，加以災傷減免救濟，太倉豈能不匱！
六月初八日，因軍餉缺乏，外解之銀不至，戶部商議向工部、太仆寺各借現銀五十萬兩，以濟九邊軍需。
工部、太仆寺各以庫貯無幾為由，拒絕借給。萬曆皇帝令工部與太仆寺各借給二十萬兩應用，其餘陸續給發。
六月二十一日，戶部尚書李汝華說：太倉每年收入三百八十九萬兩，支出邊餉三百八十一萬兩，其餘庫局內外等用又約四十萬兩，出大於入。
以內供而言，萬曆六年進過大工舖宮各庫監局錢糧共計八十七萬六千三百七十五兩。
二十七年至三十年共進過諸王冊立分封冠婚典禮各錢糧共二百五十五萬七千二百四十七兩，幾乎為一年之收入。
再以邊餉論之，九邊十三鎮邊餉，隆慶間每年共為二百三十九萬左右，今增至現銀計三百八十一萬九千零二十九兩。
加以各省直奏留賑濟災民，仃征減免，太倉虧額尤不堪言。
六月戶部奏：遼東兵餉，經議需用銀三百萬兩。今內庫已發一百萬兩、南京戶、工二部五十萬兩、太仆寺及水衡八十萬兩，總計二百三十萬兩。
但因此中未解者尚多，而數月以來調兵遼東安家諸費已達五十三萬餘兩。
以前科臣曾建議用俊秀監生捐官納錢，此辦法在山東救荒時曾經實行過；再用裁減衙門役夫工食之半，此在以往東征抗倭時亦一度實行過，請依故事予以允行。萬曆皇帝下詔從其議。
八月十一日，戶部議改折南京倉糧充邊餉，已報行。而南京戶部則隻同意以今年倉糧之半改折濟邊，另一半留給軍士。
戶部說：萬曆三十五年南糧，今始動支，則實有九年之積，改折二年何損，萬曆皇帝命下會議，至同年十月十七日經會議定改折南京倉糧一年助邊。
明朝初期曾行海運，通餉遼東，後一度停止，至萬曆四十六年八月，以遼東形勢日趨危急，兵餉缺乏，又議開海運餉遼。
當時議行登、萊海運，山東巡撫李長庚說：自登州望鐵山西北口至羊頭凹，曆中島、長行島抵北信口，又曆兔兒島至深井，至蓋州，剝運一百二十裏，至娘娘宮登陸，至廣寧一百八十裏，至遼陽一百六十裏，每石所費不過銀一兩。
戶部會議以為便，萬曆皇帝於該月十六日下詔行之。
九月二十三日，萬曆皇帝命令戶部發銀二十萬兩，慰勞遼東前線吏卒。
萬曆四十六年十二月二十五日，兵部員外郎董承詔認為明軍在遼東的戰事有六個困難：
一、將多而難調。
二、兵弱而難用。
三、餉久而難繼。
四、後金狡猾而難製。
五、地險而難攻。
六、助寡而難恃。
其中將多而難調，從曆史上看可以唐代九節度的軍隊潰敗於相州為證。時人鹹以為董承詔所論至為切中要害。
但是董承詔也沒有提出什麼解決問題的具體辦法，何況馬上就要進行一場決定性的會戰，軍隊的這些改革也非數個月可以達成目標的，而萬曆皇帝也置之不理。