如果涉及中國人，不論屬被告還是原告，都由中國官員審理。特別是發生殺害中國商民的人命重案，就要將殺人凶犯帶往廣州，按律處決。
在貿易稅收的管理上，設立“澳關”，負責盤驗，征收稅銀。萬曆2年，明政府在蓮花莖設立關閘，凡省城供應澳門的酒米船隻，以及澳門運往廣州的香料船等，必須經香山縣令親驗抽盤，防止違禁物品混入，並查對報稅。
正德十2年，明政府已確定船貨十分抽2的“抽分”方法。這對當時各處3稅1而言，是整整翻了6倍的重稅。
針對葡萄牙人勾結中國奸商，買通“抽分”官員，造成關口執法不嚴，隱漏稅大量增加的現象，明政府采取了由市舶提舉司、海道衙門及香山縣令1同對商船進行“丈抽”的收稅辦法，按船隻大小和載貨多少伯驗收稅，若發現船上有“走匿”貨物，除補征稅銀外，“仍治以罪”。依據征稅標準，澳葡每年應向廣東市舶司納稅兩萬6千兩，後增至4萬6千兩。
在軍事戌防方麵，明政府設置廣東香山備倭參將直接管理澳門水陸防務。天啟年間兵部題行稿載，該官管轄“陸則雍陌、塘基灣、澳門、前山等處。水則十字門、9洲潭、石龜潭、虎跳等處”。
此外，廣東巡視海道史也負有“馭澳防矮”的重任，對“與奸徒私通，按濟夷倭等，輕則量情懲治，重則參奏拿問”。還有廣州海防參將，“統領水兵3千名”，擔負著“彈壓香山、澳門等處夷船，並巡緝接濟私通船隻”之責任。
萬曆2年，在澳門與大陸相連的咽喉要道蓮花莖的中央，修建關閘1座，派有把總1員率官兵把守。為加強澳門防務，萬曆年間，明政府將廣州海防同知衙門設在距澳門僅有1日路程的雍陌，調兵千人成防並設參將。
天啟元年又把參將官署移至蓮花莖西麵數裏的前山寨，戍守官兵大大增加，這樣水陸兩棲都可以任意出入澳門。澳門成為明政府軍事防務的1個特殊地區。
在司法、稅收、軍事上，大明說了算，這不是主權是什麼？
新稅製頒布，重在商稅，而朝鮮、日本先後落在大明手裏，葡萄牙人的貿易成本上升，滋生不滿。
澳門現在已經是火藥桶，作為徐光啟的弟子，侯峒曾來澳門當知縣，就是要穩住這個火藥桶，給征日大軍爭取時間，也是徐光啟1係的投名狀。
隻要顏思齊的水師到位，澳門就是開頭菜。
侯峒曾剛剛上任，就要麵對1個問題，葡萄牙人開始增修防禦工事，是按律拆除，還是忍耐不管，不刺激這些人？
廣東可以壓死澳門，否則葡萄牙人不會乖巧至今。而且人都是一樣的，有了穩定的定居點，又有固定的貿易收入，9失去拚命鬧事的勇氣。
幾代人下來，澳門不論漢夷，吃的滿口流油，就算鬧也是有底線的鬧，又有幾個敢向他們先輩那樣做不文明的事情？
侯峒曾與何士晉有信心將葡萄牙人綁了送到礦山裏，可皇帝的意思是綏靖，誰敢動手？
於是，侯峒曾2月初，獨自1人9任澳門，開設衙門募集司吏，召集當地夷目，夷目是專設給澳門的小吏職稱，即夷人頭目的簡稱。由當地葡萄牙人市民議會選出的議長報備香山縣，再由香山縣任命，拿大明的俸祿。