此外，葡萄牙人更明目張膽，驅逐明朝派往澳門的市舶司官員，拒絕繳納該年的租金和稅收，此時的明朝正是平倭的關鍵期，特別在意葡萄牙每年繳納充做軍費的銀子，如此1來自然大怒。明朝兩廣總兵俞大猷雄心勃勃，葡萄牙人倒黴撞到這位手裏了，欲1舉將當地葡萄牙人剿滅。
明軍先行行動，派水師將澳門沿海外圍封鎖，進出澳門船隻1律扣押，隨時準備發動攻擊。這1來把葡萄牙人嚇壞了，深知大明朝不好惹，連忙求見明朝廣東海道副使莫吉亨，先誠心悔罪，又給大筆金銀孝敬，接著主動提出，不但補繳往年拖欠的租金，更把之後每年的租金和稅收提高1倍。
看在錢的份上，莫吉亨做主，寬恕了葡萄牙的行為，而“聖母踏龍頭”的塑像，也被葡萄牙人主動搗毀，明朝更警告葡萄牙，如果當地葡萄牙人再有違法行為，將以“連坐法”論處。
至於牛皮圈地的說法，純屬子虛烏有。他們敢拿牛皮圈地，大明9敢讓他們站在牛皮繩上。
經此一鬧，直至現在，葡萄牙人基本上老實了。值得1提的是，雖然日常行為“睜1隻眼閉1隻眼”，但主權問題，明朝毫不含糊，雖然葡萄牙人早就在澳門設立“總署”，派駐官吏，但澳門一直被明朝劃歸在廣東香山縣治下，尤其是司法權方麵，在澳門當地大至人命官司，小至家長裏短雞毛蒜皮，皆要由明朝香山縣縣令審理解決，葡萄牙人毫無司法權力。
同時1旦葡萄牙人拖欠貿易稅賦和租金，明朝通常會采取包圍，斷水斷糧等懲罰性措施。因此明朝的澳門，絕非割讓領土，而是明朝治下的1塊“經濟特區”。
葡萄牙真正得到澳門的主權，是在清朝入關後，先是趁明末變亂之際，取消了每年應向中國繳納的商稅，僅交租金。接著在清朝嘉慶年間，又向澳門派駐法官，將澳門的司法大權拿到手中，到了鴉片戰爭後，他們更趁清朝積弱之時，強迫清政府於1887年簽訂《中葡會議早約》和《中葡友好通商協定》，正式確立了澳門是葡萄牙領土。丟失澳門的罪責，確實應由滿清政府承擔。
但在明朝中後期，澳門這個“經濟特區”，對明王朝的意義卻是重大的，不但東南沿海貿易日益繁榮，日益劇增的貿易稅收充實了國庫，成就了嘉靖朝之後的“隆萬中興”。而且東西方文明的交往也從此開始日益擴大。
大批的西方傳教士經澳門紛紛來華，而中國士大夫與西方學者的交流也日益頻繁，西方的天文，數學，水利，曆法等思想進入中國，明末科學家徐光啟正是在澳門認識了傳教士利瑪竇後，2人合作翻譯了西方經典數學《幾何原本》，今天中國學校裏數學，物理，化學的各類名詞，皆最早來自此書。
而對西方來說，東方文明的輸入，影響更為深遠，此時已然流行的儒家哲學思想西傳，被後來的西方啟蒙思想家們所推崇，掀起了影響整個歐洲文明進程的“中國熱”。毫不誇張的說，小小的澳門，是打開東西方文化壁壘的1扇門。
必須要再聲明1次，明朝時澳門主權一直在手，明朝廷對外原則是極為敏感的，誰也不敢搞割土、賣土的買賣。頂多裝糊塗當作不知道，但絕不會有人來搞什麼賣國條約或和談。
在司法方麵，明政府采用符合澳門實際情況分別對待的方法。當澳門葡萄牙人觸犯中國政府的法律規定時，予以治罪，驅逐澳門。立於澳門議事亭中的《海道禁約》，就是針對葡萄牙人曆來的違法行為，於萬曆42年製定的，其第1款明文規定：禁止蓄養倭奴；中國官員發現違反此條款，“勒令盡數驅除”，逐出澳門，當澳門葡萄牙人自相侵犯時，明政府允許澳葡依照他們本民族的法律來審判治罪。