但是加設新的機構，重新審定編製和官名、劃分權限，便又繞不過這些問題，讓趙昺也十分頭疼。宋朝在宮城內設置中書門下，作為中樞部門的首腦官署和正副宰相集體處理政事的最高權力機構，或稱政事堂。中書門下的長官在北宋前期稱同中書門下平章事。為分散宰相的事權，增設參知政事，作為副宰相。
神宗趙頊元豐官製改革，撤銷中書門下，將其職權分歸門下、中書、尚書三省，以尚書左、右仆射各兼門下、中書侍郎為正宰相，再設門下、中書侍郎各一人，尚書左、右丞各一人為副宰相；哲宗時，設平章軍國重事或同平章軍國事，以處“老臣碩德”，位居宰相之上，每數日一朝，非朝日不到都堂；徽宗趙佶時，蔡京為相，自稱太師，總領門下、中書、尚書三省之事，改尚書左、右仆射為太宰、少宰，作為宰相。
南渡後，又改左、右仆射為左、右丞相，複以參知政事為副相；宋寧宗時，韓侂胄任“平章軍國事”，每三日一朝，宰相不再掌印。南宋末年，賈似道專權，任“平章軍國重事”，左、右丞相實際上屈居於類似副宰相的地位。
趙昺知道每一次官名的更改，其實就是政治鬥爭的結果，官製的一次更迭，權力的重組。而由此引發的混亂都會導致國家動蕩，而非僅僅是官名的變更。此外宋朝為了加強中央集權和皇帝的權力，還對相權進一步進行分解。
宋初便設置樞密院，作為主管全國軍政的最高機構，與中書門下對掌文、武大權，其長官稱樞密使或知樞密院事，副長官稱樞密副使或同知樞密院事等；另設主管財政的最高機構，宋前期稱“三司”，即鹽鐵、度支、戶部三部。其長官稱三司使，號稱“計相”；神宗改革官製，撤銷三司，將三司的大部分職權歸戶部和工部。南宋增設總領所，負責供應數路或一路各軍錢糧，並參預軍政。其長官稱“總領某路財賦軍馬錢糧”，簡稱總領。
所以，北宋前期，宰相主管民政，樞密使主管軍政，三司使主管財政。神宗官製改革後，宰相實際兼管財政。南宋時，宰相又兼任樞密使，兼管軍政。這樣，宰相再次握有民政、財政和軍政的大權。
此外，宋朝設有獨立的監察機構——禦史台，其長官稱禦史中丞，副長官稱侍禦史知雜事，主管糾察百官，肅正綱紀。台官有彈劾權，可以上疏言事，評論朝政，彈劾官員，還準許“風聞”論事。而仁宗又有專管規諫諷諭的機構是諫院，設知諫院事或左、右諫議大夫，凡朝政缺失、百官任非其人、各級官府辦事違失，都可諫正。台、諫官都以言事彈劾為責，其職權其實並無多大差別，也導致後世台、諫的合流。
中書本是有製定詔令之責，可宋朝另設翰林學士院作為替皇帝起草製誥、赦令、國書和宮廷內所用文書的機構，設翰林學士承旨、翰林學士、直學士院等。翰林學士與中書舍人或知製誥分掌“內製”和外製”，總稱“兩製”，翰林學士等還侍奉皇帝，充當顧問，涉及朝政了，侵占中書的權力。
宋初的最高司法機構是大理寺和刑部。太宗時加設有“審刑院”，其長官稱知審刑院事，官屬有詳議官。各地奏案先經大理寺裁決，報告審刑院複查，寫出奏稿，上呈中書。中書申奏皇帝論決，神宗改革官製，審刑院並入刑部。
還有宋朝同樣繼承了唐朝的寺監，設置有太常、宗正、衛尉、太仆、大理、鴻臚、司農、太府九寺，國子、少府、將作、司天、軍器六監。北宋前期九寺六監中，除大理寺、國子監、司天監、都水監、軍器監外，與三省六部情況相仿，名存實亡，職權被其他機構奪取。
元豐改製後，撤銷司天監，另設太史局，九寺五監始各專其職，設官職掌。到了趙昺主政，這些寺監也進一步被縮減，隻保留了國子監、將作監、軍器監、都水監及宗正寺和大理寺。但他一直把持著宗正寺，而將作監和軍器監也劃歸內府管轄，成了內廷體係。
這也不是趙昺愛管事，是當初實在分不清內外，而當初的形勢也亂成了一鍋粥，混亂之下他也就怎麼方便怎麼來了，到如今也沒有人提出異議，似乎也成了定製一般……