不過好景不長，漢法派對於言利統統反對，沒有更好的方法也不想采取措施解決元政府麵臨的財政問題，他們與忽必烈的關係逐步疏遠。阿合馬等回回理財大臣則利用忽必烈的信任，拉籠理財之人，謀取個人私利、販賣官爵。這些行為與傳統漢族儒臣所理想的儒治完全相背，因此受到大部分儒臣的反對。
安童時任首相，能薦用和親厚儒臣，崇尚漢法，政刑寬平，故有賢相之譽。這些儒士集中在太子真金和丞相安童周圍，形成了一個主張漢法，反對理財之臣的政治勢力。至元二年到至元六年之間，儒臣支持和輔佐丞相安童，加緊製定完善各項製度，推動忽必烈在行漢法的路線上繼續前進，穩定漢法派在中書省的地位，與阿合馬集團形成對抗。
回法派和漢法派之間就此發生了激烈的衝突，而趙昺清楚回法與漢法的主要分歧其實還在於對理財的態度。
回法注重理財，符合了忽必烈在取得全國政權之後，為了解決財政問題而實行的“理財助國”方針，但是，回法在理財的過程中完全不顧民間的承受能力以及國家法度，並不利於元朝國家政權的運行和吏治的完善，漢法派對之極力攻擊，不是沒有道理。
可就漢法派來說，漢族儒臣雖在建立各項製度方麵可以說是做出了較大的貢獻，但是在國家政權建立之後，對於國家財政困難的現狀，他們的認識並不適應當時社會發展的需要，他們對於理財的觀點與忽必烈正好相左，這才是導致了忽必烈對他們的疏遠的主要原因。
阿合馬在政治鬥爭中被殺死後，忽必烈別無選擇的實行了二期儒治，但是儒臣們對於理財的觀點並沒有絲毫的改變，以至於阿合馬死後，朝廷之臣諱言財利事，皆無以忽必烈裕國足民之意。使得在阿合馬時以賄進的盧世榮得以為所用。其一上台，馬上就以阿合馬專政時所用大小官員，二期儒治旋即而亡。
趙昺清楚這種衝突的主要原因十分複雜，尤其是經曆了這個時代的洗禮後更是深有體會。蒙元兩派的爭執之所以難以調和，首先在文化方麵，此時期回漢民族所崇尚的兩種完全異質文化，漢族儒家文化和回回人的信仰之間存在隔閡，在其共處中，必然出現種種誤解和衝突。
文化的差異使得漢回兩者之間在統製政策上有著根本性的區別。回法主張個人擁有財富，創造財富，諸回回官員將其運用於國家之上，導致了他們對“包稅製”、國家壟斷等可以“開利源”政策的偏好；而這恰好和儒家主張的民本和“藏富於民”的思想相背離，因此兩者在對中原漢地如何進行統治時發生了尖銳的衝突。
再者，在官員自身道德修養上，崇尚程朱理學的漢人儒士主張“修身治國平天下”而以修身為本，但是大部分回回理財官員往往是“亦官亦商”，以官為商，因此食利是他們最大的追求，故回回官員多貪贓枉法、恃寵邀權、黨群為奸，這也是造成漢人漢法派官員和回回法官員之間水火不容局麵的一個原因。
此外有元一代的回漢衝突也是由於蒙古貴族的統治政策所決定的。蒙古人人數不及漢人的二十分之一，要完成對漢族地區的統治、保持自己的民族特點，蒙古人不僅需要漢族士大夫參與政權中，也需要用回回人來平衡漢人政治勢力，實施以回回人治漢地，而以漢人治回回地的統治理念卻貫穿了整個蒙元時代……