可趙昺還麵臨著一個時間的問題，他前世作為有經驗的工程師，知道一艘新船從設計、定型，到製造和試航需要一個較長的周期，甚至要消耗數年的時間。如今自己擁有龜船的船模，這是完全按照比例製作的，可以跳過設計環節，但要完全製造一艘新船仍需要時日，尤其是在當前製造技術和方式還處於全手工的時代，因而他對現有船隻進行改造是比較妥當的辦法。
現在趙昺的手頭有不少船，再不是在甲子鎮時擔心連自己這點人都拉不走的時候了，而到廣州後又抄沒和繳獲了一批船，如今大小都加上足有七百多艘，當然其中還有不少民船。但這個時代民船和戰船采用的船體基本相同，隻有上層建築和配置有所區別，甚至不需改造拿來便能利用，即便在朝廷所領水軍之中都有許多征用的民船和在泉州搶來的商船充當戰船。
帥府軍擁有的戰船基本上可以劃分為海上作戰船隻、內河作戰船和江海兼用戰船隻三大類，其中有海鶻、樓船、艨艟、魛魚船、海船、多槳船、多槳飛江船、赤馬、白鷂、千石船、戈船、馬船、海鰍船等等名目的戰船，還有些車船、無底船、火船等特種船隻。同樣這些船因為用途不同，結構也不同，並不是都可以用來改造成龜船。
趙昺首先將具有特殊用途的船隻排出在外，接著便是那些千石船和海船，由於在南宋後期水戰形式發生了變化，交戰各方都注重船隻的高大化，以便與搭載更多的兵員和增加衝撞能力。但體量太大使船隻的機動性下降和速度降低。而他們麵臨的戰鬥是以瓊州為基地展開攻防，龜船是以突襲為主要作戰方式，機動性強卻是必須的，因而隻能舍棄這些大型戰船。幾經篩選，趙昺手頭上隻剩下三種備選船隻：
其一是艨艟。其以生牛皮覆背，兩廂開擎棹空，左右前後有弩窗矛穴，使敵不得近，矢石不能攻，務於疾速，乘人之不及，速度快。可以看出此中戰船與龜船型製最為相似，背上有牛皮製成的‘裝甲’，以槳櫓為動力，四麵有箭窗用於攻擊。且速度快，以突襲為主要作戰方式。但由於強調船機動性，艨艟多是采用造型小巧的戰船，載重量有限；
另一種是多槳船。其樣式為湖船底，戰船蓋，海船頭尾。特點就是吃水淺，號稱雖尺水可運，可廣泛用於沿海和內陸水域。再有速度快，無問風勢，逆順捷急如飛的優點。
再有便是海船，身型高大，吃水深載重量大，可以搭載更多的兵員和武器及生活必需物資……