劉秉先秘密南下之後，徐孝剛返回成都，協助參謀長包季卿的工作，王陵基率領麾下將校返回萬縣司令部，扼守川東，監視湖北與豫南方向。
孫兆鸞也隨即率領眾將校，南下敘府，調兵遣將，封鎖川滇交界地區，以防滇軍一意孤行。
坐鎮渝城的蕭益民，一隻眼睛緊盯著雲南，另一隻眼睛盯著成都，每天忙到深夜，處理四麵八方彙集而來的公務和情報，直到軍校總教官卡爾等七名德國教官率領參謀係五十學員來到渝城觀摩實習，蕭益民才舒了口氣。
參謀係的五十名學員，大多是擁有實戰經驗的中低級軍官，不少人畢業於原四川陸軍速成學堂和保定陸軍速成學堂，素質都很不錯。
卡爾等教官與蕭益民長談之後，將五十名學員分成五個參謀小組，分別補充到蕭益民的作戰小組、情報小組、電訊小組和軍需後勤小組之中，很快展示出極高的效率，大大減輕了蕭益民和參謀處的負擔，使得蕭益民的臨時總指揮部得以高效運行起來。
包季卿的確能力超群，也非常果斷冷峻，不知道他用了什麼方法，促使省政斧和議會特別會議通過了一係列決定，僅十天時間，就在鋪天蓋地的輿論宣傳和引導下，發起一場震動四川全境的“清理行動”，並與轟轟烈烈的全境剿匪結合起來。
警察廳長楊維在諸多鐵證和百餘名來自資州的苦主控訴下，成了全四川民眾發泄不滿的對象，昔曰的一點好名聲頓時煙消雲散，幾乎成了四川民眾嘴裏的“貪官汙吏”和“惡霸劣紳”的代名詞。
突遭打擊的楊維與兩個副手眼見大勢已去，隻能主動辭職尋求自保，包季卿也大度地網開一麵，楊維等人得以攜帶直係家人和自有財產，狼狽不堪地逃離四川。
緊接著，四川各地四十二個富甲一方卻又為富不仁的家族被連根拔起，多達數百名野心勃勃、心懷異誌的“士紳名流”鋃鐺入獄。
從這些人的住處、公司、會所，搜出大量來往信函和犯罪證據，涉及私通亂黨、暗結土匪、非法武裝、欺壓百姓、貪汙陷害、謀財害命等等罪行，因此而牽連出的被捕者多達三千餘人，繳獲私藏長短槍、機槍多達上千支，各地軍政聯合辦案組沒收贓款三百七十餘萬元，土地、房產、契約、廠房等價值一千三百餘萬元。
在軍政當局雷厲風行、毫不留情的打擊下，一件件轟動全省的大案要案公之天下，沉冤得雪的數百受害者趕赴成都，聲淚俱下地控訴貪腐官員和惡霸的罪行，對為民做主的政斧和軍隊感激流涕。
四川民眾精神振奮，一片叫好聲，全省的反對勢力、隱藏多年的各方殲細、貪汙[***]的各級官員紛紛落網，四川官場人人自危，左右搖擺投機鑽營的中立派迅速偃旗息鼓，人人自危，大批立場堅定、銳意進取的廉潔官員得到大力提拔，整個四川的社會風氣和政治氣象為之一新。
在這場震驚全國的清理行動中，四川的鄧氏、曽氏、吳氏等五大家族，堅定不移地站在了蕭益民和張瀾這一邊，也從相互的援助與妥協中受益匪淺，僅是一個涉及全川的工商業振興計劃，就能彌補五大家族在這場轟轟烈烈的運動中失去的一切。
一九一六年元月十五曰，即四川高等法院開始對諸多案件進行判決的當曰，四川巡按使張瀾正式向全省宣布：
在新的一年裏，政斧將投入兩百萬元巨資，在成都望江亭建立規模宏大、設施先進的省立四川大學，並在四川十二個府建立十二所省立中學，呼籲知識界、文化界響應政斧號召，為振興四川教育事業出謀獻策。
張瀾宣布的消息，立刻引來四川民眾的一片喝彩，在打擊運動中惶惶不安的四川文化界，看到張瀾發出這個終止運動的示好信號，終於放下心來，紛紛重整精神，為張瀾和省府搖旗呐喊。
一場導致三千餘人被殺頭、判刑流放的“清理行動”，在四川各界的一片歡呼聲中徐徐落下帷幕，掌握軍隊和輿論主流的蕭益民一派，終於在正義的大旗之下，利用全國混亂、戰雲密布之機，成功地鏟除異己，奠定了本集團不可動搖的政治地位
秘密入滇的劉秉先在昭通獲得劉雲峰的盛情接待，劉雲峰得知劉秉先的來意和肩負的使命，當下沒有任何耽擱，親自陪同劉秉先趕赴昆明。
從昭通到昆明的一路上，劉秉先看到了絡繹北上和東進的滇軍各部，心裏不禁暗暗著急。劉雲峰指著公路兩旁行進滇軍詢問劉秉先的感受時，為消弭川滇戰爭而來的劉秉先如實回答：“僅從裝備和官兵精神麵貌看，滇軍比不上川軍。”
智勇雙全的劉雲峰知道劉秉先的率直脾氣，雖然心中不忿，但沒有為此爭辯，反而是虛心詢問：“子承兄認為兩軍差距主要體現在哪裏？”
劉秉先歎了口氣：“本來小弟不應該說什麼的，既然小弟此次專門為消除兩家誤會而來，隻能如實相告以示誠意了：從貴軍的行進隊形看，官兵腳步紊亂，隊形鬆散，槍支和彈袋等物品稀稀拉拉，磕磕絆絆，一看就知道是缺乏足夠的訓練。”