不過就算沒有佐助，大蛇丸依舊會聯合砂忍襲擊木葉，這個蛇一樣的男人，腦子裏總是充斥著很多瘋狂的想法，雖然他與砂忍表麵上聯手了，但他卻在私底下殺害了四代風影，又假扮風影的模樣參加木葉的中忍考試。
在聽說“宇智波末裔已經離開木葉”這件事之後，大蛇丸心裏感到了一陣惋惜，轉生容器竟然就這麼沒了，可這並不影響他繼續執行自己的木葉崩潰計劃。
他甚至以穢土轉生之術召喚了初代火影和二代火影出來作戰，可惜最終卻被三代火影猿飛日斬以屍鬼封盡之術封印了兩位先代火影的靈魂，同時大蛇丸也遭受到了重創。
可三代目也為此而付出了生命的代價，這個慈祥的老人或許並不是個完美的政治領導，但他卻是木葉當之無愧的精神領袖，前幾任火影早已成為了曆史，三代火影的執政時間太長了，村子裏的兩代人都是在他的看護下成長起來的，他的死對木葉的忍者來說是一樁沉重的打擊。
新上任的五代目火影是三代目的弟子綱手，同時她也是木葉的創始人、初代火影千手柱間的後代。
有了新的火影，木葉的混亂逐漸平息了下來，隻不過綱手也有頭痛的地方，她的權力受到了兩位顧問以及團藏的掣肘，每天還要處理一大堆的文件，再也沒時間去輸點小錢錢了……
佐助被列為叛忍後，最擔心他的可能就是宇智波鼬了。三代已經死了，知道當年那件事的人隻剩下那幾個老家夥，鼬曾威脅過團藏，如果敢傷害佐助，他就會把村子的情報出賣給敵國。
然而這隻能是個威脅而已，在他將這個威脅說出口的時候，木葉恐怕就在防備這種事了，況且鼬離村多年，曾經在根部服役的時間也並不長，以木葉高層對宇智波的防備，他實際上根本接觸不到太機密的情報。
現在佐助是自己離開的，而且他應該還好好的活著，木葉也不算違反約定，鼬如果真的翻臉了，隻會讓情況變得更糟糕，萬一觸怒了村子高層，他們非要把佐助抓回來殺掉怎麼辦？
就算木葉真的傷害了佐助，鼬捫心自問，自己真的會為了弟弟而損害村子的利益麼？這是個兩難的抉擇，幸好情況還沒有到那種地步，他不必再做一次二選一的選擇題。
“當務之急，還是應該先找到佐助的蹤跡再說。”鼬冷靜的想著。
他心裏十分擔心佐助，他知道佐助在很小的時候就擁有強大的力量，幾年前他不放心佐助一個人留在村裏，曾用烏鴉暗戳戳的關注著心愛的弟弟，然後烏鴉很快就被發現了，再然後他就眼睜睜的看到佐助|虐|殺了好幾個木葉忍者，並嫁禍到了那隻烏鴉的身上。
鼬當時很是不安，佐助的能力明顯超出了他的預期，而且性情還那麼殘忍……
宇智波一族的憎恨越強烈，力量也就越強大，鼬猜測佐助的內心必定充滿了極端的恨意，所以才擁有了不同尋常的力量。
隻是鼬一直都希望佐助日後能成為村子的英雄，讓宇智波永遠都是木葉的宇智波，可一旦殺害同村忍者的事情被曝光，佐助很可能會永遠失去這個機會，所以鼬當時想方設法的將那幾個被害者的死亡線索扯到了自己的身上，讓村子以為這件事是自己幹的。
鼬因此不再被村子信任，雖然他本來就是不被信任的，隻是此後連唯一信任他的三代都開始懷疑他了。
可鼬不得不為弟弟承擔這種責任，佐助的突然離村與他詭異的性格變化都已經嚴重脫離了鼬的計劃，為了讓佐助回歸正途、也為了防止情況進一步惡化，鼬已經考慮再見到佐助時，是否要對他使用別天神。
別天神是宇智波止水的萬花筒瞳術，可以悄無聲息的扭曲一個人的意誌，本就是鼬為佐助準備的後手，萬一滅族的真相被揭露，為了防止佐助走上與木葉對立的歧途，可以用別天神修改他的思想意誌，讓他永遠充當村子的守護者。
可鼬卻覺得現在就有必要使用別天神了，佐助幾年前就敢濫殺同村忍者，這種性子必須得到及時的糾正，否則後果不堪設想！
雖然被強行扭曲意誌是一件很冷酷的事，但這一切都是為了他好！
此時的鼬從未想過，自己終其一生都沒能再見佐助一麵。