佐助的消失仿佛沒有任何影響，該發生的事情還是照常發生了。
春野櫻拜綱手為師，一身力量得到了長足的發展，她也算是完成了自己的夢想，成為了一名強大的女忍者。
鳴人則成為了自來也的弟子，並且他還得到了村子裏所有人的認可，因為他在曉組織襲村時，成功的以一己之力擊退了敵人，並且感化了曉組織的首領長門，長門最後使用了輪回天生之術，複活了這場戰鬥中的所有死者。
結局可謂是皆大歡喜，就是不知道雨之國的百姓失去了“神”的守護之後，將會走向何方。若是他們得知自己國家的首領為了複活其他國家的忍者而自我犧牲時，又會作何感想呢？
五代火影綱手身受重傷昏迷不醒，在木葉高層的推選之下，誌村團藏成為了代理火影。
不久之後，五影大會召開，五影齊聚鐵之國商議如何解決曉組織的問題，可惜在場的眾人各懷鬼胎，會議過程無比坎坷。
最終鐵之國首領三船提議建立忍者聯合軍，大家共同出力消滅忍界毒瘤。
然而五影接下來又為了“誰來當聯軍之首”這個問題而爭執不休，三船極力推舉誌村團藏，卻又被霧隱忍者青用移植的白眼揭穿了團藏擁有寫輪眼的事實，而且那隻寫輪眼屬於幻術高手宇智波止水。
三船已經在不知不覺間被團藏的寫輪眼幻術控製了，就在眾人質問團藏之時，空間中突然出現了一道漩渦，帶著橘色麵具的奇怪男人出現在了五影大會的現場，並向他們提出了月之眼計劃。
這種一聽就很不靠譜的東西，自然是遭到了眾人的一致反對，然而麵具□□本無所畏懼，順便還通知自己即將發動第四次忍界大戰。
隨後麵具男便囂張離去，這下子五影不得不成立忍者聯合軍了，戰爭一觸即發！
由於某位無良穿越者帶來的蝴蝶效應，很多事情都已經變得麵目全非，鼬為了尋找佐助，不得不想方設法治療自己的絕症，拖著病弱的身軀活了下來；
誌村團藏也沒有受到追殺而死，他依舊在考慮應該如何成為火影；
大蛇丸還在追求永生和真理，他的最佳助手藥師兜也沒有喪心病狂的瘋狂盜墓，重吾、香燐、水月等人也都老實的呆在蛇窟中；
宇智波帶土親自去捕捉八尾人柱力奇拉比，然而卻隻抓走了八尾的一根觸手。
四戰打響後，帶土這邊並沒有鋪天蓋地的穢土轉生軍隊，隻有數之不盡的炮灰白絕，而忍者聯合軍這邊，鼬和誌村團藏也算得上是高端戰鬥力，特別是團藏，他本身就實力不俗，而且還移植了木遁細胞以及整整一手臂的寫輪眼。
手臂上的寫輪眼被團藏當成了複活幣使用，再加上根部忍者從旁協助，誌村團藏在這一戰中大出風頭，隻是他的出彩程度依舊比不過漩渦鳴人。
四戰從一開始就呈現出了一邊倒的局麵，宇智波帶土手下的白絕軍隊被打的節節敗退，直到夜幕降臨，忍者聯合軍陷入疲憊，傷員逐漸增多時，白絕依靠連查克拉都能偽裝的完美變身術，成功騷擾敵後，令忍者們互相防備猜疑。
這種情況直到漩渦鳴人的分|身到來時才得以緩解，完美的九尾人柱力可以感知到白絕的惡意。
忍者聯軍再次扳回一局，宇智波帶土的麵具已經被打落，他現在正被卡卡西、邁特凱以及漩渦鳴人三人聯手牽製。
敵方首領陷入僵局，忍者們以為很快就能結束這場戰鬥，然而在黑絕悄悄的用穢土轉生將宇智波斑召喚出來之後，局勢瞬間發生了驚天逆轉。
五影聯手對戰宇智波斑，結果輸的很慘烈，在原本的時間線中，洗心革麵的大蛇丸會帶著香燐等人及時救治五影，然而現在的大蛇丸從沒接觸過宇智波佐助、更沒有經曆過死而複生，思想從未發生過蛻變，他才不會多管閑事去幫助五影，他隻會坐上觀壁，伺機獲取更多利益。
隱藏在戰場上的幾條小蛇已經觀察到了宇智波斑的眼睛，那是傳說中的輪回眼，與長門一模一樣的輪回眼，大蛇丸對輪回眼的來曆有了些許猜測，不由得更加覬覦著宇智波的力量。
年老體衰的三代土影大野木很快就重傷不治身亡，其他四影也是奄奄一息，斑已經召喚出了十尾，無人能掠其鋒芒。
四位先代火影的靈魂因屍鬼封盡之術被困在死神的肚子裏，就算使用穢土轉生也無法將其召喚出來。原本該是由宇智波佐助要求大蛇丸將他們從死神腹中釋放，可惜此時的大蛇丸還沒來得及做這件事。