和物理學有關的化學，是另外一門重要的學問。近代的化學揚棄了以前三個元素、四個元素，甚至中國人所謂五個元素（五行）的說法，提出了分子和原子的概念，才使我們能夠真正認識物質的本質。玻意耳[3]、卡文迪許[4]和拉瓦錫[5]在實驗中找到分子，作為物質元素的最小單位。化學家能夠在實驗中分離出氫和氧。他們開始理解一種種元素，理解它們如何互相組合而構成化合物。當時人類的知識能夠編製元素周期表，將各種元素按照其性質排成行列，並且預留一些位置給還沒發現的元素。這種分類法，是真正科學思考的結果。過去有“地水火風”或中國的“金木水火土”之類的粗糙分類法，經過實證的分類，它們終於完全被推翻。也因為有了這一套現代化學觀念，才有後來一步步開展的化學工業。也因此，人類開礦得來的許多自然資源，能夠經過分離還原成元素，經過再次合成後成為新的產品。直到18世紀以後化學工業才大量影響我們的生產業，今天我們的日常生活中無處不是化學合成的產物。
生命科學方麵，也是在16世紀，哈維[6]通過人體的解剖，實際考察了人類的身體結構，能夠完全清楚地了解血液的循環。哈維的實證工作，在當時是甘冒生命危險的嚐試，因為教會不允許任何人進行屍體解剖。哈維以後，醫學的進步和對人體的了解是同步進行的，對人體多一點實證的了解，醫學才多一分進步。列文虎克[7]對細菌的研究，也在生命科學中開啟了另一個重要的領域，讓我們了解到那麼微小的微生物對我們人體有多大的影響。
我剛剛說到，幾個重要的科學領域都在16世紀奠定基礎，發揚光大則是在18世紀以後。總結來說，伽利略的“日心說”、牛頓的經典力學三大定律，玻意耳尋找分子的化學研究以及生物方麵經過人體解剖而獲得的知識，這幾個領域合在一起奠定了近代科學最重要的基礎。從此以後，人類放棄了過去形而上學的思考方式，走入了科學宇宙觀、科學生命觀和科學人生觀的廣大天地。培根指出，這一切新的思考方式，不外是實證和歸納。
歐洲近代科學和中國傳統學術在宇宙觀上的差異
將歐洲近代科學和中國的傳統學術思想對比一下，中國確曾有過許多很重要的科技貢獻，但這些貢獻，常常是從經驗之中來，為了實用的目的逐步發明。例如，在數學方麵，中國古代的算學，大多是為了實用的計算而發展——怎麼量麵積、體積，怎麼計算數字，怎麼編製曆法，這些算學方麵了不起的成就，都是從實用的觀點著手，並不注意以理性為基礎的理論研究，也沒有嚴謹的歸納實證。中國的傳統醫學，也是累積經驗進而歸納出若幹病征的特點，也尋到若幹可用的草藥，但是每一樁都是個案，很少人能通過個案總結出一個通論，像張仲景《傷寒論》[8]那樣的思考其實是不多的。中國藥學方麵最重要的著作是各種《本草》。明朝時，李時珍綜合前人知識，編成《本草綱目》，是中國藥學史上最重要的著作。可是李時珍的分類和歐洲林奈[9]的植物學研究成果相比，就有很大的差距。林奈的植物學是從植物本身的形狀、性質、成長過程等入手，分出若幹不同的綱、目、科、屬、種，這種植物科目的分類奠定了後世植物演化譜係研究的基礎。再以各種《本草》和林奈的植物學對比，我們也可以看見歐洲近代科學和中國傳統學科之間的差異。有些人也把中國的儒學，尤其是理學中的“理”，比作西方世界的“reason”，尤其是培根所說的“reason”，其實兩者並不完全契合。中國的“理”，是天造地設的，由宇宙本身的“道”呈現為“理”，因此有點像宇宙律。中國古代的觀念，“道”不受人力約束，所謂“天法道，道法自然”，“不為堯存，不為桀亡”，乃是超越地呈現宇宙本體。宋代理學成為儒家正統，卻將人際關係的倫理說成是這一超越的“道”和“理”，竟限製了“道”和“理”的超越意義。