**、“四人幫”利用“化大革命”篡黨奪權，他們的首要一著，是打倒一切黨政機關領導人。因此，保護領導幹部還是打倒領導幹部，是當時極為尖銳的鬥爭焦點。在這暴風雨般的年代，周恩來身處央崗位，他殫精竭慮，努力保護一切他力所能保護的同誌。
1965年11月《人民日報》被迫轉載姚元的《評海瑞罷官》後，周恩來一而主張要說理，一麵曾對吳晗說：“吳晗老，我給你換個工作怎麼樣？”這種保護措施，後來由於形勢迅速發展而未能實現。“化大革命”之初，周恩來就指示北京衛戍區司令傅崇碧對羅瑞卿要“保護好，要保密，不要被人搶走”。他指示吳法憲把羅瑞卿安排到空軍醫院，吳法憲卻請示群後予以拒絕。羅瑞卿隻好送到另一家醫院。當有人要羅瑞卿參加批鬥會時，周恩來指示：手術期間不能批鬥。有人要把羅瑞卿揪走，周恩來說：“絕不能讓抓人。”當一些人還是把羅瑞卿揪走後，周恩來反複做工作，終於把人要回。“化大革命”周恩來對於老帥們的保護，更是人所周知的。他很少考慮自己，但對戰友們卻關懷備至。從1966年12月到次年1月底的50天，周恩來接見外交學院造反派五次，累計20多小時，其有一半是說服他們正確對待陳毅的。12月31日．各軍事院校“造反派”把幾位老帥列為全軍資產階級反動路線代表，周恩來就向他們做工作，說：陳、兩副主席和劉、徐、聶三位副主席，是擁護**的，“以他們做為全軍資產階級反動路線的代表，是不符合實際的”。“反擊二月逆流”後，陳伯達、戚本禹煽動群眾攻陳毅，周恩來指示北京衛戍區布置保護陳毅安全的措施。他堅決反對“打倒陳毅”的標語和口號。“造反派”每次批鬥陳毅，周恩來都要親自參加，這是極有力的保護，但又等於陪鬥。有一次，他在連續工作18小時後又因遭到一夥人長時間圍攻，而心髒病發作。對賀龍的保護，周恩來也是作了最大的努力。1966年7月，康生誣陷賀龍等在北京“調動軍隊搞二月兵變”。8月，**指使吳法憲編造誣陷賀尤的材料。12月，周恩來為了賀龍能正常工作和休息，幫他移住國務院新所。月底，**煽動群眾造賀龍的反。
1967年1月9日．**親自攻擊賀龍。接著，賀龍家被抄。周恩來把賀龍移住到南海西花廳。不久，南海也分成了兩個群眾組織。周恩來對賀龍說：現在南海也不安全，我另外給你找個安靜地方，休息一下，秋天再接你回來。他把賀龍移住到西山某處。對外，他不斷囑告國家體委“造反派”：總理不同意批鬥賀龍同誌。2月22日，**要周恩來表態“把賀龍揪出來”。遭到周恩來嚴辭拒絕。但後來**、**偵知了賀龍藏身之處，把他作了轉移，周恩來再也找不到他了。直到**摔死，周恩來才得知賀龍已去世；他派人專程接回賀龍夫人薛明，失散五年的孩們也團聚了。彭德懷是1966年12月被**指使“造反派”從成都劫往北京的。彭德懷所在單位向央請示，周恩來下達二條指示：（一）由成都軍區派出部隊與紅衛兵一道護送彭德懷同誌到北京。沿途不許任何人截留，不得對他有任何侮辱性的言行，絕對保證他的安全。（二）不坐飛機，由成都軍區聯係火車來京。（三）由北京衛戍區派部隊在北京站等候，並負責安排彭德懷同誌的住宿和學習。紅衛兵把彭德懷劫持到北京火車站後，立即向戚本禹報告，成本禹眉飛色舞地在“革”碰頭會上通報這個消息，恰好周恩來在場。他立即站起來說：這事由我來處理，由我派人去接。隨後他就離開會議室，親自去安置。彭德懷暫時被“監護”期間，從年底到1967年7月由專案組管理之前，他沒有受到後來那種非人的折磨和摧殘。
對其他老帥，周恩來也倍加關注。在“化大革命”混亂期間，他曾在夜深人靜的時候，帶著傅崇碧等，到幾位老帥的住地，視察那裏的警衛工作。1967年2月上旬，“造反派”在三座門鬧事，矛頭指向徐向前。周恩來對此極為重視，並通報給聶榮臻、劍英，楊成武、肖華、傅崇碧等。**、**一夥反“二月逆流”，抓“軍內一小撮”，一些群眾組織要衝擊老帥們住地。周恩來專仍找衛戍區領導人研究保護措施，要他們把老帥們安排在安全地方，加強警衛，並研究了萬一老帥們受威脅時需要采取的應急措施。這年八一建軍節，**、**等堅決反對徐向前、聶榮臻、劍英出席招待會，周恩來決定直接向**請示，得到**同意，三位老帥仍舊出席了招待會。周恩來為了避免意外，還布置了老帥從住處到人民大會堂的行車路線。10月，老帥們都住在西山，**指使群眾組織去搜山。周恩來知道後，馬上指示傅崇碧派兩個團前去勸阻、警衛。
1966年12月，當周恩來得知彭真、劉仁、萬裏、夏衍等被揪走後，立即令傅崇碧、周榮鑫把人找回。他說：“不能開這個先例，不能隨便把人抓走”。並指示要保護好他們。後來，衛戍區找回了人，報告了周恩來，周恩來批評了抓人的組織。當一些人要揪鬥薄一波時，周恩來批示薄“休養個月”。去了廣州。12月下旬，國家經委“造反派”赴廣州揪薄一波，**廣東省委報央辦公廳，周恩來指示：應由軍區派隊伍按彭德懷的三條，乘火車護送來京。後來，薄一波在被“監護”期間，備受折磨，周恩來指示把他送進醫院，進行治療和保護。當康生煽動一些人製造所謂“十一人叛徒案件”時，周恩來親自起草電報給**央西北局和吉林省，指出劉瀾濤、趙林的出獄問題央是知道的，同時寫信給**，明確提出他們的出獄確為“央所決定，七大、八大又均已審查過，故央必須承認知道此事”。
“化大革命”**、**煽動群眾打倒**、鄧小平，周恩來則千方百計關懷他們，花了大量的精力。1966年8月召開的**八屆十一全會，原定從1日到5日開五天。到8月4日，決定延長，開央政治局生活會。**在底下布置要大家批判**、鄧小平。生活會一開始，打頭陣的是謝富治，幾次會上隻有周恩來、陶鑄始終不發言。9月間在北京先農壇體育場召開的紅衛兵萬人大會上，周恩來正在講話時，會場的一角突然喊出了“打倒**”的口號。周恩來聽到後，立刻轉過身去，背向會場，表示反對。直到會場平靜下來他才繼續講話，說：即使是犯了路線錯誤的同誌，也不能說他是不革命的，更不能說他是**革命的。10月旬，有的學生在**張貼“打倒**”的大字報，周恩來派童小鵬等去布置勸阻。這時，清華大學“造反派”要王光美去聽取批判，周恩來批示：“我準備派人去錄音，帶回給王光美同誌，而不要她去參加會議。”11月，央政法學院群眾組織要開會批**北京市委第一書記李雪峰，從他上追**、鄧小平。周恩來得知後通知新華社：劉、鄧問題央已經解決，不要在群眾搞，央不支持他們開這樣的會，新華社、人民日報社、廣播電台都不要派人去參加。他給鄧小平打招呼，要他盡量少出南海。12月，清華大學的群眾組織又提出要揪王光美回清華檢查，請示“央革”。“央革”回答：凡是革命的行動都支持。周恩來知道後囑咐，如來要人時必須向他請示，他們揪王光美就與劉、鄧聯係起來，對劉、鄧不宜采取揪鬥辦法。1967年1月，在**慫恿下，蒯大富用謊言企圖把王光美誆出南海，周恩來得知後迅速驅車到**家，可惜王光美已被劫持到清華園。周恩來立即打電話批評蒯大富，指令他迅速送回王光美。蒯大富無視周恩來的指示，周恩來就派秘書到清華坐催，終於接回了王光美。同月，北京“造反派”在南海各門外叫嚷要揪鬥**、鄧小平和其他負責同誌，被周恩來斷然拒絕。7月，**、康生、陳伯達等趁**不在北京之機，策劃了100多個群眾組織共1．5萬餘人在南海西門外安營紮寨，要把**揪出南海，幾百個高音喇叭對準南海日夜狂吼。在這滔滔惡浪襲擊，周恩來獨撐危局。他親自打電話批評群眾組織頭頭說：“你們如果衝南海，就是錯誤的，錯誤的，錯誤的。”他堅定地說：“我就是大炮轟，也不能離開南海！南海是黨央所在地，你們要想衝進南海，除非從我身上踏過去。”他對身邊的人說：“隻要我住在這裏，高音喇叭隻能喊，“造反派”不敢衝。我要一走，他們衝進來怎麼辦？南海住著的老同誌怎麼辦？”他拚著一身，保護了**、鄧小平和許多掩藏在南海的領導幹部。1968年**病重，周恩來還動員了北京醫院的醫護人員去護建。他在當時環境下做了自己能夠做到的一切。
周恩來在“革”保護幹部，是寫不勝寫的。他以高超巧妙的鬥爭藝術，保護很多人過關：他在驚心動魄的風浪裏，使很多人得到安全。他一批又一批地接被批鬥的領導幹部住進南海或者安置在可靠地方：他一次又一次他說服紅工兵和“造反派”要尊重宋慶齡等著名人物；他勸“造反派”不要揪鬥，要鬥不要武鬥，他指示要保護政協機關、民主人士，並對一批上層民主人士直接采取了保護措施。他保護了班禪等宗教界領導人。他親自寫電報稿叫對少數民族代表人士賽福鼎等采取保護方針。他對不少著名的科學家如錢學森、季四光、華羅庚等也都想方設法保護過去。許多知識分、國家幹部甚至普通黨員、一般群眾，都深深記得在那驚濤駭浪周恩來對自己的關懷和愛護。對於被揪被鬥甚至被“罷官”的黨內外幹部，他批示工資待遇一律不變，保證了他們的生活。有時候，他根據**叫保護某人的批示，開列名單保護了一大批；有時候，他采取的保護幹部措施事後得到**的支持。例如，周恩來要傅崇碧把李井泉、王任重、江渭清等20多位大區和省、市委負責人送到安全住所保護起來，嚴格保密。**一夥當著周恩來的麵追問傅崇碧這些人的下落，追得緊了，傅說了句：“上麵知道。”周恩來則堅持不允許他們批鬥。當天，傅崇碧見到**時報告了此事，**讚同說：“總理做得好。”第二天，**一夥又拍桌追問，傅祟碧就說，“你們去問主席吧。”**一夥不敢再問了，後來，傅崇碧把見**的情況報告了周恩來，周恩來爽朗地大笑起來。
但是，盡管這樣，在“化大革命”，黨政領導幹部被**、**兩個**革命集團視為異己，仍受到了很大的損失。周恩來不可能一一顧到，顧到的也不可能一一如願。到批判所謂“二月逆流”以後，**央政治局停止了活動，“央革”取代了政治局，軍委辦事組取代了軍委常委會，**、**等攫取了黨、政、軍的極大權力。幸而政治局常委和“革”碰頭會還有周恩來參加，他在內部力排眾議，據理力爭，盡可能地減少損失，保護力能保護的一切，保存黨和國家的元氣。
“化大革命”起初是在化教育戰線進行的，但很快就波及經濟戰線。周恩來既要應付“革”帶來的種種衝擊，又要應付各部門各地方“造反派”的種種糾纏和**、****革命集團的陰謀暗箭，還要不分晝夜地了解和處理經濟方麵出現的各種問題。他曾對餘秋裏、穀牧等說：“經濟基礎不亂，局麵還能維持。經濟基礎一亂，局麵就沒法收拾了。所以，經濟工作一定要緊緊抓住，生產絕不能停。”