雖然自威懾紀元以來的六十多年裏，黑暗森林理論已成為人類曆史的一個大背景，但學術界對它的真實『性』的質疑一直存在，直到廣播紀元開始時，一直沒有一個能夠從科學角度證明它的確鑿證據，已有的幾個證據都缺乏堅實的科學基礎。
疑點一：羅輯的黑暗森林試驗導致187j3x1恒星係被摧毀。該星係是否真是由外部的智慧力量所摧毀一直存在爭議。最大的質疑來自天文學界，主要觀點有兩種：一種觀點認為，所觀察到的擊中恒星的光速物體不足以摧毀恒星，187j3x1星係的毀滅可能是一次自然的超新星爆發，由於之前對這顆恒星的參數掌握不足，無法確定它是否具備新星或超新星爆發的條件；但也無法證偽，考慮到由坐標廣播到恒星毀滅的時間跨度，這種可能『性』是相當大的。第二種觀點承認該恒星是被光速物體摧毀，但認為光粒可能是銀河係中的一種自然現象。雖然迄今為止沒有觀察到第二個光粒現象，但確實觀察到大質量物體被自然力量加速到極高速度的例子，曾經觀測到有恒星被星團的引力以極高速度甩出銀河係，有學者認為，銀河係中心的超級黑洞完全有可能把小質量物體加速到極接近光速，這種光速物體可能在銀心大量產生，隻是由於其體積很小難以發現。
疑點二：三體世界對黑暗森林威懾的恐懼。這是迄今為止對黑暗森林理論最有力的證明，但三體世界本身所掌握的證據和其論證的過程一直不得而知，所以在科學上也無法被視為直接的證明。三體世界有可能因為別的未知原因同人類建立起威懾平衡，並且最終放棄對太陽係的占領。對這種未知原因的假說有許多種，雖然沒有一種有絕對的說服力，但也都無法證偽。還有學者提出一種“宇宙迫害妄想”學說，認為三體世界本身也並沒有掌握黑暗森林理論的確切證據，隻是由於其長期所處的極端險惡的環境，使其對宇宙社會產生了一種群體的迫害妄想，這種群體妄想類似於地球中世紀的宗教，被大多數三體人信以為真。
疑點三：“魔戒”對黑暗森林理論的確認。“魔戒”顯然是從發給它的羅塞塔係統中人類曆史資料的最後部分得知“黑暗森林”這個詞的。這個詞在人類威懾紀元的曆史資料中頻繁出現，被其引用是可以理解的。但在“魔戒”與探險隊的對話中，這一部分十分簡短含糊，不足以證明“魔戒”確實理解了該詞的含義。
威懾紀元以來，對黑暗森林理論的研究已成為一門獨立的學科。除了理論研究外，還進行了大量的宇宙觀測和計算機模擬，從不同角度建立了眾多的數學模型，但在大部分學者眼中，該理論還隻是一個無法證實也無法證偽的假說。真正相信黑暗森林理論的是政治家和公眾，而後者顯然更多是根據自身所處的境遇，選擇是相信還是否定它。在廣播紀元開始後，大眾越來越傾向於認為黑暗森林理論真的是一個宇宙迫害妄想。
隨著一切都塵埃落定，人們的注意力從宇宙廣播轉移到對威懾紀元結束至今的整體事件的回顧和反思上來。對執劍人的指責和聲討開始鋪天蓋地地出現，如果在事變之初執劍人就啟動宇宙廣播，至少可以避免後來的移民災難。但輿論的主要抨擊焦點集中在對執劍人的選擇上。這是一個十分複雜的過程，由世界民意形成的政治壓力促成了當時聯合國和艦隊國際的最後決定，人們激烈地爭論著該由誰負責，但幾乎沒有人提出這是所有人的群體意誌導致的結果。輿論對程心本人還是相對寬容的，她美好的公眾形象為自己提供了一定的保護，同時她作為一個普通移民經曆的苦難也博得了同情，人們更多地把她看做一個受害者。總的來說，執劍人在最後時刻的放棄使曆史繞了一個大彎，但並沒有改變總體的進程，宇宙廣播終究還是啟動了，所以對那段曆史的討論很快平息下來，程心也漸漸淡出了人們的視野，畢竟這時最重要的事情還是享受生活。