但盟軍沒有這樣做。9月9-12日，德軍以迅雷不及掩耳般的速度，輕鬆地占領了很多小島。同時，駐紮在主島羅得島上的一個師的德軍，通過一係列的軍事和政治談判，迫使該島的意軍投降。
由於德軍兵力太少，不敢占領勒羅斯島。勒羅斯島是防禦力量較強的海軍基地，該島附近的科斯島、卡利姆諾斯島、斯塔姆帕利亞島、帕特莫斯島、尼卡裏亞島和薩莫斯島，德軍也不敢去占領。
9月13日，德軍用無線電與勒羅斯島、科斯島、卡利姆諾斯島、斯塔姆帕利亞島、帕特莫斯島、尼卡裏亞島和薩莫斯島的意軍聯係，希望派代表團赴島談判關於意軍榮譽投降的問題。
勒羅斯島的基地司令意海軍少將馬斯凱帕拒絕投降。一旦德軍調來了足夠的兵力，他們肯定會盡全力來進攻這些島嶼。馬斯凱帕顯然明白這一點，但他決定率領部隊保衛這些島嶼。
勒羅斯建有24個海軍炮台，裝有大小不同的火炮近百門，最小的是76毫米的高射炮，最大的為152毫米的重型海岸炮。島上的海軍約有5500名，其中一半為炮手和機槍手，分布在各個工事。另一半為行政人員和後勤兵。
勒羅斯島上的陸軍很少，隻有約1000名的步兵營，武器破舊。水兵和步兵都來自後備役。他們在意大利參戰後始終沒有作戰，大部分兵力分散在島上的各孤立據點裏，生活條件很苦。
顯然，島上被圍困的意軍若得不到海上的充分支援，或者來自空中的充分支援，那麼長期的堅守是不可能的。島上的炮位盡管完好，然而都是老式的炮台，炮台完全是暴露的。德軍可以把巴爾幹戰區的所有空中力量調來轟炸勒羅斯。馬斯凱帕隻能利用科斯島上的一個臨時機場和4架飛機。勒羅斯全島到處是山，無法建飛機場。勒羅斯島隻有1艘舊驅逐艦、少量魚雷快艇和一些小艇。
羅得島、勒羅斯島和科斯島是愛琴海的重要堡壘，長期以來就是重要戰略目標。羅得島是這些島嶼的鑰匙，因為它擁有良好的飛機場，由德意軍隊駐守著。如果盟軍占領羅得島，盟軍飛機就可從羅得島起飛，以保衛盟軍占領的其他島嶼，並使盟國的海軍完全控製愛琴海。
丘吉爾認為，若不搶占這些島嶼，會失去天賜良機。一旦盟軍奪取了愛琴海的製空權和製海權，就能對土耳其產生威懾。意大利崩潰後，土耳其已經受到了巨大的震動。
盟軍如果控製了愛琴海和達達尼爾海峽，那麼盟軍就能開辟海上通往蘇聯的通道，就不需要組織風險很大、代價過高的北極護航運輸隊或者維持通過波斯灣的漫長的供應線。
然而，因為英美兩國的意見不統一，直到9月上旬才由一個特殊空中防務團在德軍後方三四百公裏處對德軍的機場進行了一係列的空襲。9月9日晚，該防務團的一個小隊用降落傘在羅得島著陸，想迫使德軍投降。
若盟軍從海上快速派援軍前往羅得島，這就能夠激勵該島的意軍控製人數少得可憐的德軍。德軍瘋狂地攻擊盟軍防務團的小隊，意軍卻屈服於德軍的權威而不敢走出軍營。盟軍防務團的小隊被迫撤退。後來，德軍向羅得島不斷增兵，兵力達到6000人。現在盟軍要想去占領羅得島，比原先困難多了。
德國統帥部料定盟軍將在愛琴海對德國形成致命的威脅，因此感到十分驚慌。9月24日，希特勒召開軍事會議，陸軍和海軍都極力主張從克裏特島和多德卡尼斯群島撤退。他們認為，以前占領那些島嶼，為的是在東地中海地區發動進攻，現在德國采取守勢不需要那些島嶼。他們認為必須避免兵力和物力的損失，這些兵力和物力對防守歐洲大陸有很大作用。
希特勒狠狠地訓斥了他們一頓。他認為絕不能從克裏特島和多德卡尼斯群島撤退，因為這樣做會引起東南歐盟國的強烈反應。希特勒說：“德國的東南歐盟國的態度和土耳其的態度，完全取決於他們對德軍實力的信心。如果撤離這些島嶼，那麼就會產成一係列嚴重的後果。最令我擔心的是，這樣會使剛成立的意大利法西斯共和政府瓦解。”
為了控製愛琴海，9月底，在英國驅逐艦和潛水艇的護送下，盟軍3個營分別占領了科斯島、勒羅斯島和薩摩斯島，一些小規模的盟軍小分隊占領了其他島嶼。科斯島有一處飛機場，盟軍的戰鬥機能夠利用該機場轟炸德軍。科斯島成為德軍發動反攻的目標，從9月18日起，德軍頻繁的空襲科斯島。盟軍偵察機報告，德軍的一個護航運輸隊正駛向科斯島。10月3日拂曉，德軍傘兵部隊突然在科斯島降落，趕走島上的英軍，奪回了科斯島。
10月3日，英國海軍部出動強大的登陸艦隊，從馬耳他島駛往愛琴海。艾森豪威爾出動兩大隊的遠程戰鬥機臨時調往中東地區，支援愛琴海作戰。它們到達愛琴海後顯示了威力。10月7日，德軍一支運送援兵的艦隊前往科斯島，在盟軍海空軍的夾擊下被殲滅。