最大的悲劇是意大利戰列艦“羅馬”號的損失。15時50分，當意艦隊駛入科西嘉島以西的阿齊納臘島附近海域時，看到一些飛機飛來。意艦隊以為是盟軍的飛機，因此並未采取防空措施。
沒想到那些飛機是德國的，德國飛機第一次使用了火箭炸彈。“羅馬”號的前部火藥艙中了一彈，引起了大火災。20分鍾後，火藥艙爆炸。戰列艦緩緩下沉，該艦上的全部軍官和大部分的水兵都與艦沉沒。“意大利亞”號也受傷了，但並未受到重創，因此繼續前進。
意大利海軍部一接到艦隊被空襲的消息後，馬上請求英軍駐馬耳他島的飛機掩護艦隊撤離。然而，由於事先並未安排，來不及派飛機前來護航。另外，驅逐艦“維瓦耳迪”號和“達諾利”號奉命前來與艦隊會合，但它們通過博尼法喬海峽時，遭到德國炮兵的攔截。經過激戰後，“達諾利”號沉沒，“維瓦耳迪”號不久也沉沒了。
意巡洋艦“雷果洛”號、3艘驅逐艦和1艘護航艦將“羅馬”號、“維瓦耳迪”號、“達諾利”號的幸存者救上船。這些救生艦在兩艘護航驅逐艦和3艘登陸艦的護送下，向巴利阿裏群島的馬洪港駛去。在抵港以前，“佩加索”號和“因佩圖奧索”號護航驅逐艦遭到德軍的幾次空襲，兩艦受到重創，艦員們放水自沉。
從塔蘭托港撤離的戰列艦“多利亞”號、“杜裏奧”號，巡洋艦“卡多納”號、“朋佩奧”號和1艘驅逐艦在9月10日安全到達馬耳他島。在馬耳他島，它們與主力艦隊以及其他軍艦會合。
這些艦船在駛抵馬耳他港時，英軍按海軍禮節歡迎意大利海軍，意大利海軍司令以下的軍官均獲禮遇。在瓦萊塔港碼頭，意艦隊司令達紮拉受到地中海艦隊司令坎寧安的參謀長的熱情迎接。達紮拉檢閱了英海軍儀仗隊。隨後，坎寧安上前與達紮拉握手寒暄。
9月10日，德軍占領羅馬附近的3個海軍無線電中心。意大利海軍部通過電台，繼續安排各艦隊和商船執行停戰協定。
9月11日，德軍派衛兵在意大利海軍部門口站崗，並未進攻海軍部。因此，意大利海軍部人員繼續工作。9月12日下午，代科爾坦海軍上將從布林迪西港發來電報：“我已直接行使對海軍的指揮權。”意大利海軍部立即停止了工作。
在意大利北部各港口，有很多小艦艇反抗德軍。這些艦艇努力衝出港口或者向南方的馬耳他島駛去時，遭到德軍飛機、港口岸炮、海岸炮和各種武器的攻擊。這些遭遇戰，使雙方都付出了慘重的傷亡。
意大利護航驅逐艦“阿利塞奧”號在科西嘉島附近遭到德國10艘小艦的圍攻。在激戰中，“阿利塞奧”號把德艦全都擊沉，他們把德艦的幸存者打撈上來，繼續向馬耳他駛去。
在皮昂比諾港的意大利水兵擊沉了該港的所有德國小艦後，立即撤退。在斯塔比亞港，意大利水兵在激戰中陣亡多人。在卡塔羅港，水兵們用光了彈藥後，向德軍投降。在克法利尼亞，大多數意大利水兵在激戰中陣亡。在勒羅斯島，意海軍的抵抗達50日之久。
在中國上海的意大利炮艦“勒龐托”號和“卡洛托”號放水自沉，在日本神戶的快船“蘭姆二世”號放水沉沒，在沙璜的潛艇“卡佩林尼”號和在日本各港的11艘商船都放水自沉或破壞。另外，意大利潛艇“卡格尼”號從印度洋駛回意大利。“厄立特裏亞”號衝過日海軍的封鎖，駛入英國的科倫坡港。
不久，意大利艦隊奉命去守衛塔蘭托港和布林迪西港。9月12日，在卡普裏港的意大利魚雷快艇群和其他輔助艦艇奉命接受英美海軍的指揮。
9月13日，英國人問達紮拉，能否派兩艘驅逐艦赴阿雅克肖去幫助意法部隊進攻德軍。達紮拉馬上出動“勒季翁納裏奧”號和“奧裏昂尼”號執行任務。由於當時的意大利政府隻是個空架子，結果在前線以南的軍政組織全都接受意大利海軍的領導。
意大利塔蘭托港的造船廠對盟軍的貢獻較大，它是當時除直布羅陀以外地中海惟一完善的造船廠。該廠獲得了盟軍的書麵讚揚。從1943年9月至1945年6月，塔蘭托港造船廠共修複1600多艘盟軍艦船，其中600多艘是軍艦。另外，該廠還修複了本國的200多艘商船和幾百艘軍艦。
由於盟軍隻占領了意大利南部，意大利海軍不僅保衛南部各海軍基地和海岸的防禦工事，而且還要訓練地麵部隊以保衛受到德軍威脅的南部各軍區。意大利海軍加強了新的防禦工事和組織大量的勤務部隊。意大利海軍重點加強了防空炮火，其中有很多防空炮是盟軍提供的。
意大利海軍迅速訓練了大批防空炮兵，讓他們使用這些新式防空炮。
在美國第1空降師登陸塔蘭托港時，所有的重裝備都由巡洋艦“阿布迪埃耳”號運送，該艦在進港時觸雷沉沒。意大利海軍馬上用倉庫中的機動炮、重機槍、反坦克炮和噴火器等武裝第1空降師。